企業併購法第 38 條規定，公司合併，符合下列條件，合併後存續或新設公司 於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽 徵機關核定尚未扣除之前五年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後 存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度貣五年內從當年度純益 額中扣除：
1. 會計帳冊簿據完備;
2. 均使用所得稅法第 77 條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證;
3. 如期辦理申報並繳納所得稅額者。
一、立法理由
公司併購前之虧損如一概不准扣除，將造成併購之租稅障礙，如完全許其扣 除而不予限制，則又難以防杜專以享受虧損扣除而進行之併購。為配合公司藉併 購提升經營績效之趨勢，與考量公司之盈虧係由各股東依其持有股份比例承受，
及基於公司併購適用虧損扣除之計算原則宜採一致性規範，爰參照金融機構合併 法第十七條第二項、促進產業升級條例部分條文修正草案第十五條第四項規定，
於本條明定公司合併、公司與外國公司合併及公司分割得適用虧損扣除之規定。
另外，公司分割時，既存或新設公司，得依上述規定，將各參與分割公司分割前 尚未扣除之虧損，按股權分割比例計算之金額，自其純益額中扣除。既存公司於 計算可扣除之虧損時，應再按各參與分割公司之股東分割後持有既存公司之股權 之比例計算之。
二、相關法令規定
（一）民國66年9月6號台財稅字第35995號函
依所得稅法第卅九條規定意旨，公司組織之營利事業前三年內各期虧損之扣 除，以各該公司本身有盈餘時，才能適用，旨在使三年經營發生虧損之公司，於 轉虧為盈時，可以其盈餘先彌補虧損，俾健全其財務。公司如因 消滅，合併後存 續之公司與合併而消滅之公司並非同一公司，自不得扣除因合併而消滅之公司前 三年內經該管稽徵機關查帳核定之虧損。
（二）司法院釋字第427號
營利事業所得之計算，係以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅 捐後之純益額為所得額，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算，所得稅法 第二十四條第一項及第三十九條前段定有明文。同法第三十九條但書旨在建立誠 實申報納稅制度，其扣除虧損只適用於可扣抵期間內未發生公司合併之情形，若 公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣 抵合併前各該公司之虧損。財政部中華民國六十六年九月六日台財稅字第三五九 九五號函與上開法條規定意旨相符，與憲法並無抵觸。至公司合併應否給予租稅 優惠，則屬立法問題。
（三）民國 92年08月13日台財稅字第 0920454432 號函
公司合併，依金融機構合併法第十七條第二項、企業併購法第三十八條第一 項及促進產業升級條例第十五條第四項，適用合併前五年虧損扣除規定時，合併 消滅公司依所得稅法第七十五條第一項規定辦理當期決算，經該管稽徵機關核定 之決算虧損，得按該公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，
於虧損發生之次一年度貣五年內，自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣 除。公司分割，依企業併購法第三十八條第三項適用分割前五年虧損扣除規定時，
分割消滅公司依所得稅法第七十五條第一項規定辦理當期決算，經該管稽徵機關 核定之決算虧損，得按股權分割比例計算之金額，再按該公司股東持有分割後新 設或既存公司股權之比例計算之金額，於虧損發生之次一年度貣五年內，自分割 後新設或既存公司之當年度純益額中扣除。為了更明確了解本條規定之適用，以 下就合併及分割各舉一個例示，來加以說明42虧損扣抵繼受。
1. 合併之虧損扣抵稅制
A、B 公司進行合併（A 公司為消滅公司，B 公司為存續公司），合併基準 日為民國 92 年 7 月 1 日。A 消滅公司辦理合併年度截至合併基準日止之當期決算 申報（92 年 1 月 11 日～92 年 6 月 30 日）產生虧損 120；B 存續公司 92 年度結算 產生所得。
(1) 合併股權資料：
42 財政部 92 年 8 月 13 日台財稅字第 0920454432 號函。
項目 合併前A公司 合併前B公司 合併後B公司 股權 1,000 2,000 3,000 合併後股權比例 1/3
(1,000/3000)
2/3 (2,000/3000)
100%
(4)Ａ、Ｂ公司分割前經稽徵機關核定尚未扣除之前 5 年內各期虧損與 A 消
司合併應否給予租稅優惠，大法官解釋則認為此屬立法問題。綜上，此階段可以 看出主管機關不願意讓企業合併時，承繼虧損扣抵。
然而，在通過金融合併法及企業併購法後，主管機關則改變作法，允許虧損 扣抵之繼續，不再爰用台財稅字第 35995 號函， 明確指出公司合併，適用合併前 五年虧損扣除規定，但為防杜租稅優惠之濫用，復規定經該管稽徵機關核定之決 算虧損，得按該公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，於 虧損發生之次一年度貣五年內，自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣除。
公司分割亦同，但於按股權分割比例計算金額後，頇再按該公司股東持有分割後 新設或既存公司股權之比例計算金額，自分割後新設或既存公司之當年度純益額 中扣除。
財政部已同意虧損扣抵之承繼，然對於全額繼受，刪除比例計算虧損的建議，
為了防杜專為享受虧損扣除而造成併購潮，仍維持按股權比例計算虧損扣 除規定，但可以依照經濟部的建議，由中央目的事業主管機關專案核准的 併購，既存或新設公司全額扣抵虧損，故維持現行條文。 因此，由前述例示 及衍生爭議可得而知，在併購交易過程中，企業面臨的問題，除了對稽徵機關核 定之決算虧損金額有疑義外，換股比例亦為應該要多加注意的地方，在決定換股 比例時，亦應考量合併前五年虧損可能帶來之稅負影響。