一、立法理由
財政部 97 年 10 月 17 日發布台財稅字第 09704552910 號函，規定有關公司已 股份為對價進行合併，其合併基準日在 98 年 1 月 1 日以後者，合併消滅公司所取 得之合併對價超過其全體股東之出資額，其股東所獲配該超過部分之金額，應視 為股利所得並課徵稅負，亦即對於併購交易發生之所得，財政部視同分配清算股 利予股東，欲消除稅負不確定風險，使企業及其股東在進行企業併購時有所依循。
二、相關法令規定
從股東所得稅角度觀之，其中備受爭議者，在於被併購公司之股東階段課稅 規定，以下係財政部作出之解釋函令：
（一）財政部於民國93年9月21日台財稅字第09304538300號函
公司進行合併，合併消滅之公司所取得之全部合併對價超過其全體股東之出 資額（包括股本及資本公積增資溢價、合併溢價），該超過部分並全數以現金實 現，其股東所獲分配該超過部分之金額，應視為股利所得（投資收益），依規定 課徵所得稅。
（二）財政部97年2月20日台財稅字第09704510660號令
公司依企業併購法或金融機構合併法辦理合併而消滅，由消滅公司於解散時 收回股東之股票辦理註銷並配發現金，該消滅公司依本部 93 年 9 21 日台財 稅字第 09304538300 號函規定計算個人股東之股利所得時，如該個人股東主張 其經收回註銷股票之取得成本高於依該函規定計算之出資額，並依個別辨認法提 示取得成本之證明文件者， 得以獲配現金超過股票取得成本部分之金額為該個人 股東之股利所得，並按前揭本部 93 年函計算股利所得所適用之稅額扣抵比率，
重行計算可扣抵稅額；個人股東獲配現金未超過股票取得成本者，其股利所得以 0 計算。
（三）財政部97年10月17日台財稅字第09704552910號函
公司以股份為對價進行合併，其合併基準日在 98 年 1 月 1 日以後者，以時價 或實際成交價格計算之對價超過全體股東之出資額時，股東所獲分配之金額視為 股利所得課徵所得稅。
（四）財政部97年12月8日台財稅字第09700212710號函
公司以現金或股份為對價進行合併時，消滅公司之股東屬總機構在中華民國 境外且在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之營利事業，於依本部 93 年 9 月 21 日台財稅字第 09304538300 號函及 97 年 10 月 17 日台財稅字第 09704552910 號令規定計算股利所得時，如主張其經收回註銷股份之取得成本高 於依上揭函令計算之出資額者，可委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業 場所之營利事業為代理人，向稽徵機關申請依先進先出法核實認定該註銷股份之 取得成本，其經提示該股份取得成本之相關證明文件，由稽徵機關查核屬實者，
得以所獲配現金或股份價值（時價或實際成交價格）超過該股份取得成本部分之 金額為股利所得，並申請退還溢繳之扣繳稅款。
三、衍生之爭議
（一）「視為」股利之疑慮
對於合併對價超過出資額部分，財政部將之視為合併消滅公司盈餘之分配，
其衍生出幾個爭議。首先是法律位階疑慮，所得稅法裡對於營利所得並未有「視 為」的概念，亦即法律明確規範股利所得來源為公司盈餘之分配，故在租稅法律 主義下，參與合併的消滅公司如實際上並未分配盈餘，則是否可以認為合併對價 有支付現金，或換股比率大於一，即「視為」有分配盈餘，而對股東課徵所得稅？
再者，消滅公司之會計帳上或許沒有盈餘可分配，縱然有未分配盈餘，其於 併入存續公司後，如未來存續公司又分配盈餘，此時可否認為該盈餘即原消滅公 司之盈餘，且已被視為盈餘分配而課徵稅負，故此次真正盈餘分配應為免稅，否 則政府就同一稅源課徵兩次，造成稅上加稅，有所不公。
（二）出資額之認定爭議
財政部早期係以面額作為出資額，被合併股東獲配之合併對價超過面額總額 之部分，即視為股利，課徵所得稅負，然此種作法衍生許多爭議，蓋面額僅是公
司法給予之價值，股東在投資時，其成本不一定等於面額總額，多半係溢價投資，
倘若稽徵機關以面額作為成本，並就超過部分課稅，實際上係對被合併之股東多 課徵稅負。有鑑於此，財政部另有解釋函令，讓被合併公司股東可提示證明文件，
依個別辨識法計算實際成本，計算股利所得課徵稅負。
四、小結
財政部曾於民國 97 年作出一解釋函令，規定公司採購買法之會計處理辦理合 併時，存續公司取得之固定資產，應取具評價報告、合併契約及股東會決議等證 明文件，依公帄價值入帳，並依所得稅法第 50 條規定提列折舊費用；消滅公司應 以該公帄價值作為實際成交價格，據以計算消滅公司處分資產之損益，依所得稅 法第 75 條規定辦理合併當期決算申報，然該號函釋備受爭議，已由台財稅字第 09704552910 號函廢止，避免稽徵機關援引該釋令核課消滅公司產生於合併存續 公司之無形資產或商譽之所得稅負，惟該函釋卻也將消滅公司原應負擔之所得稅 負，轉為由消滅公司股東來負擔，因此消滅公司股東未來更應審慎思考參與合併 對其本身稅負之影響，作出最佳判斷。
第肆章 研究結果與分析
第三章探討完相關爭議之法律規範後，本章主要延續前章提及之爭議問題，
從近幾年之判例判決中加以探討及分析，並彙總法律割裂適用、虧損扣抵之承繼、
租稅優惠之承繼、商譽攤提認定及視為股利之相關實務見解，研究企業併購爭議 在實務操作上，係如何處理此等爭議、提出之法律見解為何，並作詳細之歸納。
第一節 法律割裂適用
一、企業併購法之立法方式
企業併購法於立法之初係選擇以專案立法之方式為之，因此具有特別法的性 質50。專案立法有三個優點及兩個缺點。優點為：(1)在美國及全球經濟成長趨緩、
國內景氣低迷以及國人對政府期盼殷切之際，採制定新法之方式將予人耳目一新 之感，可提高社會大眾及立法委員對於推動本法案之接受度；(2)依「特別法優於 普通法」及「後法優於前法」之法理，可免除一一修訂相關法律之困擾而畢其功 於一役；(3)行政機關內部將由單主管機關負責草擬、跨部會協調以及主導立法遊 說之一貫作業，可免除個別修法需聯繫各部會共同協調推動之困難。缺點是：(1) 企業併購法將排除其他相關法律規定之適用，由於是制定一部新法，需花較多時 間在政策上說服主管各相關法律之部會接受；(2)需選擇由何部會主導或擔任主管 機關並說服其配合51。
二、爭點
在專案立法下，具有特別法之性質，故企業併購法在適用上，有與其他法律 重疊之可能，故於本法第 2 條規定，企業進行併購之交易，原則上係以企業併購 法為之，未規定者則依其他相關法律之規定行之，因此企業併購之法律適用順序 應無疑義。然專案立法仍有其爭議之處，蓋企業併購係一跨領域之工程，雖在立 法之初已同時修正證券交易法及公帄交易法，仍是有公司法、稅法及其他法律可 供適用，多種法律適用選擇下，企業是否可以選擇最有利之併購形式，迭有爭議。
50 王志誠、王絃如，同註 12，頁 7。
51 參照理律法律事務所，「公司法制有關併購、換股機制調整予修正」研究報告（委託單位：行政 院經濟建設委員會），2001 年，頁 6-7。
三、分析
經濟部持有大法官釋字第 385 號見解，認為法律不得任意割裂適用，然財政 部有其他不一樣的看法，其以一般法律適用原則為依據，即特別法優先於普通法，
故頒布台財稅字第 0910454829 號函。查該號釋字之解釋文，法律不得割裂適用之 判斷依據，在於權利義務之帄衡，以及法律整體性，易言之，企業在適用同一法 律時，不得只選擇對自身有利之權利，而不遵守相對之義務，必頇兼顧權利及義 務。探究企業併購法意旨，本是為了排除併購障礙， 提昇企業之競爭力，加速經 濟成長，故制定企業併購相關法律規範。若企業在進行併購交易時，不能選擇最 有利於己身之併購方式，或是利用多種併購組合，使企業稅負最小化，而遭到稽 徵機關認為有避稅之嫌，皆是阻礙併購交易之進行，違背立法意旨。因此，本研 究認同財政部見解，在一般法律適用原則下，企業併購當以企業併購法為優先適 用，未有規定者，可依照他法之規範，且在不違背法律的狀況下，企業可選擇最 有利於己的併購方式，使企業併購障礙最小化，促進併購之進行。