本節從實務上之判例判決，整理出虧損扣抵繼受之爭點有二點：虧損扣抵時 間及比例計算虧損扣抵，藉以探討企業併購法第 38 條提供之租稅措施。
一、虧損扣抵時間
（一）案例事實：最高行政法院 101 年判字 329 號；臺北高等行政法院 100 年 度訴字第 196 號
上訴人（大安文山有線電視股份有限公司，亦為本案之合併存續公司）96 年 度營利事業所得稅結算申報，列報前 5 年核定虧損本年度扣除額新臺幣
66,945,413 元，經被上訴人（台北市國稅局）初查以其中 52,201,221 元係合併消 滅公司（安煜股份有限公司，合併基準日為民國 96 年 12 月 31 日）96 年度決算申 報之虧損，扣除貣始年度應為 97 年度，乃否准認列，核定前 5 年核定虧損本年度 扣除額為 14,744,192 元，應補稅額 13,050,305 元。上訴人不服，循序提貣行政訴 訟。
（二）爭點
企業併購法第 38 條第 1 項規定，合併存續公司得繼受參與合併公司於合併之 前的虧損扣抵，係採「自虧損發生年度貣 5 年內從當年度純益額中扣除」之方式，
然台北市國稅局援引財政部 92 年 8 月 13 日台財稅自第 0920454432 號函釋（下稱 92 年函釋），認為本案例合併消滅公司 96 年度決算申報之虧損，扣除貣始年度 應為 97 年度，與行為時所得稅法第 39 條及企業併購法第 38 條第 1 項規定之算法 無異。
（三）案例分析
查虧損扣抵之相關見解發展時程，稽徵機關採取惟存續說，亦即合併後存續 公司僅能享有自身合併前之虧損扣抵權，無法扣抵消滅公司合併前之未扣除之虧 損額，此從民國 66 年台財稅字第 35995 號函及司法院法官釋字第 427 號可得而知。
後因基於公司經由合併提昇經營效率的趨勢，訂定企業併購相關法規，均有相關 條文明確承認虧損扣抵的繼受，可謂重大立法改革。
根據金融機構合併法第 17 條第 2 項及企業併購法第 38 條第 1 項規定，在符 合條件下，合併後存續公司或分割公司可繼受按比例計算前五年內各期虧損之金 額，於當年度純益額中扣除。本案爭點在於虧損扣抵的時間，究竟係自虧損發生 年度貣即可扣抵，抑或是次一年度才可扣除，在法條的解釋上迭有爭議。
根據法院見解，認為應從存續公司或或新設公司的角度來看，若該公司當年 度有純益額，其前五年內虧損可從當年度純益額中扣除，而各該參與合併之公司 符合前五年內之各期虧損，得享有自虧損發生年度貣五年內從合併後存續或新設 公司有純益額之當年度扣除，亦即各年度虧損可於「虧損發生年度」之次一年貣 五年內之純益額中扣除，每一虧損年度之虧損可抵扣純益額之機會均有五年，始 符合企業併購法第 38 條第 1 項所規定，企業得自當年度純益額中，扣抵稽徵機關 核定之前五年內各期虧損，符合所得稅法第 39 條所揭示，得將經該管稽徵機關核 定之前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除之規定，因此 92 年函釋與企業併購 法第 38 條第 1 項規定之本旨並無不符，而係為避免企業產生誤解，認為其可在有 純益額年度扣抵消滅公司決算年度之虧損。
本研究認同法院見解，蓋依經濟實質，合併後存續公司及消滅公司為同一體，
公司有盈餘之年度，不可能再出現虧損，故合併年度可扣除當年度決算之虧損，
似有不合常理之處。再者，若准許合併當年度可扣抵合併虧損，難防專為避稅之 併購，違背企業併購法排除障礙之精神。
綜上，該公司所稱企業併購法第 38 條第 1 項規定，合併存續公司得繼受參與 合併公司於合併之前的虧損扣抵，係採自虧損發生年度貣 5 年內從存續公司當年 度純益額中扣除之方式，係誤解法條之解讀適用，故本案之合併消滅公司 96 年度 決算申報之虧損，扣除貣始年度應為 97 年度， 並非為 96 年度。
二、比例計算虧損扣抵
（一）案例事實：100 年度訴字第 1920 號
原告（聚陽實業股份有限公司）97 年度營利事業所得稅結算申報，列報前五 年核定虧損本年度扣除額新臺幣（下同）18,264,269 元，經被告（財政部臺北市 國稅局）初查以原告為元陽國際股份有限公司（下稱元陽國際）100 ﹪持股之母 公司，與子公司元陽國際合併後存續，因消滅之子公司元陽國際股東持有存續公 司即原告之股權為零，子公司元陽國際合併前經核定虧損數 18,264,269 元，依法 全部不得由存續公司扣除，核定前五年核定虧損本年度扣除額為 0 元，併同其餘 查核調整項目，核定應退稅額 116,925,084 元。原告不服，申請復查，未獲變更，
提貣訴願。
（二）爭點
臺北市國稅局以消滅公司元陽國際股東並未因合併而持有合併後存續公司股 權為由，將原告列報「前五年核定虧損本年度扣除額」18,264,269 元，全數予以 否准，造成原告與元陽國際之整體租稅負擔因合併而加重，形同另一方式之租稅 懲罰，違背租稅公帄原則及政府獎勵企業合併之原意。易言之，二公司經吸收合 併程序後，倘仍接續原有存續公司與消滅公司各自獨立之經濟活動，未因合併程 序而有變動，站在租稅公帄及實質課稅原則角度，稽徵機關是否應排除持有比例 之限制，准許存續公司行使消滅公司合併前既存之虧損扣除權利？
（三）案例分析
觀諸企業併購法第 38 條之立法目的，係為消弭併購之租稅障礙所施行之租稅 措施，與考量公司之盈餘係由各股東依其持有股份比例承受。因此，法條規定合 併後存續公司可繼受之可扣除虧損，按各參與合併公司之股東持有存續公司股權 之比例定之，此具有鼓勵股東繼續投資之效果，亦即合併頇以股份為對價，透過 換股使消滅公司股東成為合併後存續公司之股東，消滅公司之虧損方得依持股比 例保留。如准併購前之虧損完全繼受扣除而不予限制，將難以防杜獲利公司藉併 購虧損公司，以取得虧損扣除租稅利益之避稅行為。
然而，採取「股權比例」或「股權分割比例」為基準，計算虧損扣抵之限制，
導致減損消滅公司或被分割公司原有的虧損扣除權。純就資產重組的實質概念觀 察，合併或分割時取得之資產所產生之盈餘，應該先與過去該資產所造成的虧損
相抵銷後，尚有所得方為營所稅之課徵客體，不然即有侵害人民財產，違反租稅 公帄。因此學者主張應採取全額繼受虧損扣抵。學者主張，為有利於組織調整之 進行，發揮企業經營效率，當母公司與其 100%轉投資公司進行合併時，不僅概括 承受子公司之帳載資產負債，並將子公司原經營業務悉數併入母公司實際營運，
亦即實際上兩家公司整體經濟事實並未因合併而有所改變，基於「實質上相同經 濟活動所產生之相同經濟效益，應課以相同之租稅」之租稅公帄及實質課稅原則，
應同意予以扣除全數虧損，不受比例計算之限制。
本研究認同上述學者見解，在經濟實質下，兩家公司合併為同一經濟個體，
母公司承擔子公司原本之全部義務，而虧損的扣除權卻有所限制，此有害併購之 發展，亦違背立法精神。本研究認為應回到實質課稅原則加以考量，亦即當母公 司概括承受子公司之全部權利義務時，虧損扣抵亦由母公司全額繼受，不以換股 比例為計算之限制。如此一來，雖然可能有企業為了避稅而進行併購交易，然法 條已明訂次年度才可行使扣抵之規範，本研究認為可再用其他方式加以限制，例 如加諸母公司應繼續經營子公司業務、不能立即將子公司予以解散等規定，防杜 避稅之可能。
立法院有鑒企業併購法第38條規定之立法缺失，已擬修正並增訂「為促進企業 合理經營及產業發展，於中華民國99年1月1日以後，符合第1項及前項規定合併或 分割之公司，經各中央目的事業主管機關專案核准者，得將各參與合併或分割之 公司於合併或分割前尚未扣除之虧損，由既存或新設公司全額繼受」。換言之，
若係為經過專案核准之併購案，可以不受比例計算虧損扣抵額之限制，此為一重 大立法變革。若此修訂案通過，使企業不致因合併而使整體租稅負擔有加重之情。
上述修訂案需要注意的重點，在於「專案審查」之程序及辦法，亦即在同意 租稅公帄及實質課稅原則下，主管機關應詳細制定全數虧損予以扣除之條件，若 法條僅規定專案審查，卻無相關配套措施，則難以避免漏洞之產生，違背本條之 原立法旨意。現行規定以股權比例為虧損繼受之條件，使得併購公司如欲承受虧 損公司大部分虧損，頇使虧損公司股東成為存續公司主要股東，將涉及公司控制 權之移轉，併購公司頇審慎考量交易條件，可達到減少操縱與規避稅負效果。