行政院衛生署依《醫師法》第二十五條之二第六項規定授權訂有《醫師懲戒 辦法》，共二十五條，以規範醫師懲戒之程序。本法於醫師違反法定義務（《醫師 法》第二十五條），經行政處分而情節重大者，或違反法令經醫師公會依《醫師 法》第四十一條予以處分者，賦予行政院衛生署醫師懲戒委員會懲戒權。其處分 之型態有：警告、命接受額外之一定時數繼續教育或臨床進修、限制執業範圍或 停業一個月以上一年以下、廢止執業執照、廢止醫師證書，已如前述。以下簡要 介紹我國醫師懲戒罰之程序。
一、移付懲戒之機關
依《醫師法》第二十五條規定，由醫師公會或主管機關將違法之醫師移付懲 戒。此外，醫師公會或主管機關在將違法之醫師移付懲戒前，就該醫師之違法或 業務上不正當行為，可依法自行為相關之處分（《醫師法》第四十一條）。
（一）醫師公會：《醫師法》第五章即規定「醫師公會」之組織、運作等相 關規範，依本法第三十一條規定，醫師公會分直轄市及縣（市）公會，並得設醫 師公會全國聯合會於中央政府所在地。而醫師執業，應加入所在地醫師公會，且 該公會不得拒絕具有會員資格者入會（《醫師法》第九條）。
（二）主管機關：依《醫師法》第七條之三規定，所謂「主管機關」在中央
230 請見：葛 謹［撰］，〈我國醫師、律師、會計師懲戒制度之比較研究〉，2004，頁 104-105，
附錄一。
為行政院衛生署，在直轄市為直轄市政府，在縣（市）為縣（市）政府。
二、醫師懲戒委員會與醫師懲戒覆審委員會
就職掌事務方面，「醫師懲戒委員會」依《醫師法》第二十五條之二第一項 規定，負責處理醫師移付懲戒事件；而「醫師懲戒覆審委員會」依同法第三項規 定，負責處理被懲戒醫師不服醫師懲戒委員會之決議，而請求覆審之事件。
在組織方面，醫師懲戒委員會，由直轄市、縣（市）主管機關設置之。但醫 師、中醫師、牙醫師執業人數合計未滿一千人之縣（市），得由中央主管機關設 置。又，醫師懲戒覆審委員會，由中央主管機關設置之（《醫師懲戒辦法》第二 條）。醫師懲戒委員會置委員七人至十五人，其中一人為主任委員；醫師懲戒覆 審委員會置委員七人至十一人，其中一人為主任委員。前項主任委員、委員，由 各該設置機關遴聘之（《醫師懲戒辦法》第三條第一項）。此外，上開兩會之委員，
主管機關應就不具民意代表身分之醫學專家（含醫師、中醫師、牙醫師）、法學 專家學者及社會人士遴聘之，其中法學專家學者及社會人士之比例不得少於三分 之一（《醫師法》第二十五條之二第五項、《醫師懲戒辦法》第三條第二項）。而 醫師懲戒委員會、醫師懲戒覆審委員會所有之委員均為無給職（《醫師法》第二 十三條），上開兩會辦理事務所需經費，由設置機關編列預算支應（《醫師法》第 二十四條）。
此外，在任期及醫師懲戒委員會委員之迴避方面，醫師懲戒委員會、醫師懲 戒覆審委員會委員任期二年。醫師懲戒委員會委員不得同時擔任醫師懲戒覆審委 員會委員（《醫師懲戒辦法》第四條），且該委員會委員對懲戒事件有利害關係者，
應行迴避（《醫師懲戒辦法》第十三條第二項）。
三、懲戒處理程序
醫師懲戒委員會議及醫師懲戒覆審委員會採「審查密行原則」，其會議過程 對外不公開，與會人員對於討論內容均應嚴守秘密（《醫師懲戒辦法》第十三條 第一項、第二十條）。
醫師公會或主管機關移付懲戒時，應提出理由書，敘明事實及移付懲戒之理 由。若醫師公會移付懲戒前已先行處分者，並應於理由書載明公會先行處分情形
（《醫師懲戒辦法》第七條）。醫師懲戒委員會於收案後，應將移付懲戒事件，通 知被付懲戒醫師，並限其於通知送達之翌日起二十日內提出答辯或於指定期日到 會陳述，未依限提出答辯或到會陳述者，該委員會得逕行決議（《醫師懲戒辦法》
第八條）。
醫師懲戒委員會受理懲戒事件，應由委員二人先行審查，並作成審查意見，
提醫師懲戒委員會會議審議（《醫師懲戒辦法》第九條），並應由委員二分之一以 上親自出席，出席委員二分之一以上同意，進行審議及決議；但廢止執業執照或 醫師證書者，應有委員三分之二以上親自出席，出席委員三分之二以上同意（《醫 師懲戒辦法》第十二條）。此外，醫師懲戒委員會對醫師懲戒事件，得衡酌醫師 公會之處分情形，作適當之懲戒（《醫師懲戒辦法》第十四條）；該委員會審議懲 戒事件時，得邀請有關醫學專家學者列席諮詢。又，本法採審查密行原則，因此 被付懲戒醫師於指定期日到會陳述者，應於陳述後先行退席（《醫師懲戒辦法》
第十一條）。
醫師懲戒委員會之懲戒決議，應作成決議書，在決議書應記載事項中，包括
「事實理由及法律依據」（《醫師懲戒辦法》第十五條），且決議書應送達移付懲 戒之醫師公會、主管機關及被付懲戒醫師（《醫師懲戒辦法》第十六條）。
四、懲戒之救濟程序
（一）懲戒覆審處理程序：被懲戒醫師對於醫師懲戒委員會之決議不服者，
得於決議書送達之翌日起二十日內請求覆審，並應提出理由書及繕本於原懲戒之 醫師懲戒委員會，逾期未聲請覆審者，即行確定（《醫師懲戒辦法》第十七條）。
醫師懲戒委員會應將請求覆審理由書繕本送達於原移付懲戒之主管機關或醫師 公會，受送達人得於二十日內提出意見書（《醫師懲戒辦法》第十八條）。醫師懲 戒委員會於接受意見書或提出之期限已屆滿後，應速將請求覆審理由書及懲戒全 卷送交醫師懲戒覆審委員會（《醫師懲戒辦法》第十九條）。另，覆審程序除本章 有特別規定外，準用第二章之規定（《醫師懲戒辦法》第二十條）。
（二）司法救濟程序：懲戒程序係「取代訴願程序」之一例，其性質上屬於 不服行政處分，本得提起訴願，因法律另有規定應依其他途徑救濟，但最後均得 提起行政訴訟而言（例如：司法院大法官解釋第二九五號解釋）231，以保障人民 之訴訟權。因而，受懲戒醫師如因醫師懲戒覆審委員會所為之覆審決議違法，認 為損害其權利者，得逕行提起行政訴訟。
五、執行程序
醫師懲戒委員會、醫師懲戒覆審委員會之懲戒決議，若係廢止醫師證書，送 由中央主管機關執行之；其餘之懲戒方式，送由各該直轄市、縣（市）主管機關 執行之（《醫師懲戒辦法》第二十一條）。主管機關執行醫師懲戒委員會、醫師懲 戒覆審委員會之懲戒決議，應將執行命令及決議書刊登公報，副本並分送其所屬 醫師公會（《醫師懲戒辦法》第二十二條）。