生物晶片之專利保護、授權、侵權及上市前程序之研究(II)

行政院國家科學委員會專題研究計畫 成果報告

生物晶片之專利保護、授權、侵權及上市前程序之研究(II)

計畫類別： 個別型計畫 計畫編號： NSC92-3112-H-009-001- 執行期間： 92 年 05 月 01 日至 93 年 04 月 30 日 執行單位： 國立交通大學科技法律研究所 計畫主持人： 劉尚志 共同主持人： 倪貴榮，陳秀雯 報告類型： 完整報告 處理方式： 本計畫可公開查詢

中 華 民 國 93 年 8 月 3 日

（一）生物晶片相關專利侵權訴訟之介紹

摘要 本文主要以 LexisNexis 及 Westlaw 二資料庫，根據去年所作之生物晶片專利 技術檢索，搜尋相關公司所涉之專利侵權訴訟新聞、判決等。依所牽涉專利特性 將之分為四大類：微陣列晶片(microarray)之製造、其上所載之基因（或核甘酸） 之 生 合 成 原 料 、 生 物 晶 片 相 關 週 邊 產 品 （ 如 掃 描 器 ） 及 微 流 體 生 物 晶 片 (microfluid)。其中以有關微陣列晶片製造及微流體生物晶片相關專利侵權訴訟為 重心，且有地院對專利權利範圍之解釋或進入專利侵害之實體審判，故本文將以 此為重點。Affymetrix 擁有許多的微陣列晶片製造相關專利，亦是相關專利侵權 訴訟之中心，自 1997 年起即與 Hyseq、Incyte 等公司互相指控對方侵權。不過， 在 2001/1/22，北加州地院對 Affymetrix 之專利進行 Markman hearing – claim construction，判決’992 無效、Incyte 不侵害第’934 號專利任何一項專利權利範圍、 不侵害第’305 號專利有關寡核甘酸微陣列晶片部分之專利權利範圍。Affymetrix 於是先後與 Hyseq 等達成和解，並進行專利交互授權，尋求未來商業合作的機 會。Caliper Technologies Corp.與 Aclara Biosciences, Inc.有關微流體生物晶片專利 之侵權訴訟亦是值得關注的另一議題。基本上，地院認為 Caliper 之產品對於 Aclara 之 5,750,015 號美國專利並未構成字義侵害，但卻質疑聯邦巡迴上訴法院 於 Festo 一案對禁反言所定之”complete bar”標準，認為若僅修改專利權利範圍之 一部分即必須受此限制，如此嚴格標準將嚴重損害專利權人之權利。如今聯邦最 高法院已針對 Festo 一案做成判決 地院拒絕採納 Caliper 之主張，即只要專利權人於申請專利時，曾經因可專利性 的問題而對發明專利中元件限制做了任何的限縮，即使此一修改部分之修改原因 與被控侵權物是否均等無關，日後即不得主張均等論。因此，地院拒絕 Caliper 主張其未因均等而侵害的即決審判的請求。目前尚不知雙方是否上訴或已達成和 解，但將來上訴法院對地院此一質疑的回應將值得注意。 關鍵字：生物晶片、專利權利範圍、專利侵害、侵權訴訟

生物晶片相關專利侵權訴訟之介紹 壹、前言 有關生物晶片相關專利可分為兩大類，一為晶片本身，一為其上所載之基因 （或核甘酸）、蛋白質或細胞等等。經搜尋相關廠商涉及之生物晶片相關專利訴 訟，依所牽涉專利特性將之分為四大類：微陣列晶片(microarray)之製造、其上所 載之基因（或核甘酸）之生合成原料、生物晶片相關週邊產品（如掃描器）及微 流體生物晶片(microfluid)。其中有關微陣列晶片製造及其上所載之基因（或核甘 酸）之生合成原料之相關專利侵權訴訟皆以 Affymetrix 為中心。由相關資料庫中 可知牽涉微陣列晶片相關產品專利侵權者尚有 SRU Biosystems, Inc.、Corning Life Sciences、Applied Biosystems, Inc.等，不過在 LexisNexis 及 Westlaw 二資料 庫中並未見到任何相關法院判決。而微流體生物晶片專利侵權訴訟則有(1) Caliper Technologies Corp.與 Aclara Biosciences, Inc.、(2) Caliper 與 Molecular Devices Corp.、(3) Nanogen, Inc.與 CombiMatrix Corp.。其中有就專利權利範圍加 以討論者有 Affymetix 與 Hyseq 等 (Case No. C 99-21163 JF, Case No. C 99-21164 JF, U.S. District Court for the Northern District of California, San Jose Division, 132 F. Supp. 2d 1212; 2001 U.S. Dist. LEXIS 5935)及 Aclara Biosciences 與 Caliper Technologies Corp. (No. C 99-1968 CRB U.S. District Court for the Northern District of California, 2000 U.S. Dist. LEXIS 15940, 18086)兩案。

貳、相關專利侵權訴訟簡介：

一、微陣列晶片製造相關專利侵權訴訟：

主要牽涉包括 Affymetrix、Oxford Gene Technology、Incyte Genomics, Inc.、 Hyseq, Inc.及 Stanford University 等等。

Affymetrix v Oxford Gene Technology (OGT)－ 此案係起因於 Affymetrix 於 1999 年 6 月收購實驗室儀器公司 Beckman Coulter Inc.之微陣列部門，於是自認 合法取得 OGT 之相關專利（OGT 創辦人 Ed Southern 教授之專利，合稱 Southern 專利）的授權。OGT 於是在英國及美國對 Affymetrix 提起告訴，主張 Beckman Coulter 是一研究實驗室，而非真正的公司，因此無權將其得自 OGT 之授權再移 轉與第三者。於初審時，英國 High Court 採信 OGT 之主張，即 Affymetrix 並未 取得授權(2000/4/7)。同年 11 月 2 日，上訴法院(U.K. Court of Appeal)撤銷下級法 院之判決，判決認為 Affymetrix 於併購 Beckman Coulter 時即取得 Southern 專利 之合法授權。不過，美國 District Court for the District of Delaware 則於 11 月 10 日判決 Affymetrix 侵害 OGT 之 5,700,637 號美國專利。而且，Affymetrix 創辦人 Fodor 博士於審判過程中承認其公司之光罩製程無法在晶片上製造出”discrete known regions”，令人不僅擔心 Affymetrix 之產品品質，更懷疑其相關專利是否 有效。雙方於 2001 年 3 月 23 日達成協議，停止所有進行中的侵權訴訟及（OGT

於歐洲專利局所提起之)專利無效舉發案。Affymetrix 除負擔所有律師費用外， 並須支付$1900 萬予 OGT。

自 1997 年 3 月，Hyseq 陸續向美國北加州地方法院(U.S. District Court for the Northern District of California, San Jose Division)提起告訴，指 Affymetrix 侵害其 三項有關 sequencing-by-hybridization (SBH)技術之專利（美國第 5,202,341、 5,525,464 及 5,695,940 號專利）(Case no. C-97-20188 RMW)。Affymetrix 亦提起 反訴，指 Hyseq 侵害其第 5,744,305（以下簡稱’305）、5,795,716（以下簡稱’716） 及 5,800,992（以下簡稱’992）號三項美國專利。

另外，Affymetrix 亦對 Incyte 等提起告訴，指其侵害前三項專利及 Affymetrix 之第 5,445,934（以下簡稱’934）專利。

由於所涉專利重疊，故地院將之合併進行審判。在 2001/1/22，地院針對上 述四項 Affymetrix 專利範圍解釋聽證(Markman hearing – claim construction)。之 後，Affymetrix 先是於 2001/10/25 與 Hyseq 達成和解，同意針對微陣列專利部分 進行雙向商業授權，雙方並共組 Callida 及其子公司 N-Mer, Inc.，由 N-Mer 利用 Hyseq 所有之 SBH 技術及基因晶片技術發展高速晶片。Affymetrix 為 N-Mer 之 專屬晶片、系統供應者，並擁有其產品獨家銷售權。Hyseq, Inc.改名為 Hyseq Pharmaceuticals, Inc.，全力利用其收集之特殊基因開發藥物。之後，Hyseq 又與 Variagenics, Inc.合併，改名為 Nuvelo, Inc.，專注人體藥物之研發。

根據前述之專利範圍解釋，地院判決’992 無效、Incyte 不侵害第’934 號專利 任何一項專利權利範圍、不侵害第’305 號專利有關寡核甘酸微陣列晶片部分之專 利權利範圍。依此判決書內容可知，地院將 Affymetrix 之專利範圍限縮在利用光 或其他能量之製程(arrays where light or another energy source is used to activate a specific region of an array for formation of a polymer)。Affymetrix 於同年 12/6 與 Incyte 等達成和解。雙方撤回下列訴訟及專利異議案：

1. Incyte Pharmaceuticals, The Board of Trustees of Leland Stanford Junior University v. Affymetrix, Inc. Case no. C99-21111 JF (N.D. Cal.), 131 F. Supp. 2d 1154; 2000 U.S. Dist. LEXIS 20571

2. Patrick O. Brown, et al., v. Stephen P.A. Fodor, et al., Patent Interference No. 104,358 (Bd. of Patent App. and Inter.)

3. Patrick O. Brown, et al., v. Stephen P.A. Fodor, et al., Patent Interference No. 104,359 (Bd. of Patent App. and Inter.)

4. Affymetrix Opposition to European Patent No. EP B 10804 731 5. Affymetrix Opposition to Australian Patent No. AU709276

Affymetrix 付 450 萬予 Incyte，雙方同意對於 Affymetrix 之微陣列生物晶片 專利與 Incyte 之 RNA 放大(amplification)專利進行交互授權，尋求未來商業合作 的機會。

此一專利侵權訴訟是唯一有關微陣列晶片製造相關專利侵權訴訟進入實體 審判的。可惜此一判決書並未公開，因此無法得知地院判決 Incyte 不侵權及撤

銷’992 專利之理由。不過，由於雙方當事人都未上訴，因此判決確定。前述地院 所為之專利進行專利範圍解釋亦值得參考，可了解地院對於這三項專利之權利範 圍的認定。下文將介紹此一專利範圍解釋。

近 期 有 關 微 陣 列 晶 片 製 造 相 關 專 利 侵 權 訴 訟 主 要 有 (1) Oxford Gene Technology 指控之前與其達成和解協議之 Genomic Solutions、Mergen Ltd.、Axon Instruments, Inc.、PE Corp.、Clontech Laboratories, Inc.及 BioDiscovery 等公司違 約(2002/12)，及(2) Affymetrix 及 Genomic Solutions 互相指控對方違反授權契約 (2002/9)。

二、微陣列晶片所載之基因（或核甘酸）生合成原料相關專利之侵權訴訟： 主要係有關 Affymetix 與 PE Corp.、Competitive Technologies, Inc.、Applera Corporation 及 PerSeptive Biosystems, Inc.間之專利侵權訴訟。Affymetix 於 1997 年 9 月與 PerSeptive Biosystems 簽訂 custom amidite 購買契約，其契約中要求 PerSeptive Biosystems 協助取得相關之 Koster 專利的授權。PerSeptive Biosystems 於 1997 年 8 月為 PE 併購，隔年 4 月 15 日之後，PerSeptive Biosystems 即不再 出貨給 Affymetix；至 7、8 月，PE 及 Competitive Technologies、Applera 陸續通 知 Affymetix，謂其侵害所擁有之第 4,458,066、4,500,707、5,132,418、5,153,319 及 4,973,679 號專利。Affymetix 則反訴對方違反契約、以違反誠信原則之手段取 得相關專利授權、企圖獨占不當競爭。由於牽涉過於廣泛，U.S. District Court for the Southern District of New York 於 2002/12/24 先判決 4,973,679 專利已於 2001/3/27 過期，並裁定待確定（其餘）專利權利範圍後，再進行專利無效及不 當競爭之審判(Affymetix, Inc. v. PE Corporation, Competitive Technologies, Inc., Applera Corporation, Perseptive Biosystems, Inc., 01 Civ. 0634, LEXIS 24649; 66 U.S.P.Q.2D BNA 1184)。

三、微流體生物晶片專利之侵權訴訟：

共計二件，一為 Aclara Biosciences 控告 Caliper Technologies 侵害其 5,750,015 專 利 。 於 2000/10/27 ， 北 加 州 地 方 法 院 作 出 Caliper 並 未 字 義 侵 害 Aclara Biosciences 專利的決定(Aclara Biosciences, Inc., v. Caliper Technologies Corp., No. C 99-1968 CRB, LEXIS 15940)，但無法依均等論決定其產品是否構成侵權(LEXIS 18086, 2000/12/11)。目前，尚不知雙方是否上訴或已達成和解。在此一判決書中， 地院針對 Festo 一案之後均等論之適用提出許多問題，附件中將作一簡介。 Caliper 控告 Molecular Devices 之 IMAP 產品侵害其美國第 6,287,774 號有關 微流體分析方法之專利(Assay methods and systems)，雙方於 2003/11/5 達成和解 協議。

另一件則是 Nanogen 與 CombiMatrix（Aclara 為 CombiMatrix 最大股東)。 Nanogen 於 2000 年 11 月向南加州地方法院提起控訴(Case no. 00 CV 2369 JM (RBB))，指其離職員工 Montgomery 博士跳槽至 CombiMatrix 時，不當洩漏營業

秘密，且將應屬 Nanogen 之智慧財產以其個人名義申請專利，要求將美國第 6,093,302、6,280,595、6,444,111 號及其他相關專利之所有權移轉給 Nanogen； Nanogen 同時請求地院發出禁制令，以避免 CombiMatrix 洩漏營業秘密，並賠償 洩漏營業秘密所造成之損害。另外，Nanogen 指控 Montgomery 博士違反其與 Nanogen 在 1996 年 2 月所達成之和解協議、毀約及不當競爭等。於 2002 年 2 月， 地院允許 Nanogen 修改其控訴內容，增加 Montgomery 博士惡意詐欺，使其簽下 和解協議書。同時，地院拒絕 CombiMatrix 及 Montgomery 博士 summary judgment motion 之請求，亦不採信 CombiMatrix 及 Montgomery 博士對和解協議書的解 釋，認為 Montgomery 博士所應保護之 Nanogen 營業秘密不僅限於協議書中所指 名者。

於 2002/10/1，CombiMatrix 及 Nanogen 宣布雙方達成和解協議，Nanogen 撤 銷 所 有 對 CombiMatrix 所 提 之 告 訴 案 ， 並 不 會 再 從 重 行 起 訴 。 相 對 的 ， CombiMatrix 將移轉約 4 百萬股股票予 Nanogen，並將於 30 日內付給$50 萬之權 利金，一年內再付$50 萬。另外，自 2003/10/1 至 2004/10/1 之間，CombiMatrix 每季至少將付給 Nanogen；之後每季支付$25,000，直至專利過期為止。每年最 高權利金金額可達$1500 萬，亦即當 CombiMatrix 年淨歲入達$1200 萬時之 12.5% 。 （ 協 議 書 可 見 http://contracts.onecle.com/nanogen/combimatrix. settle.2002.09.30.shtml） 若是以公司分類，由 LexisNexis 及 Westlaw 二資料庫中新聞得知其他生物晶 片相關專利訴訟尚有：

Oxford Gene Technology

Oxford Gene Technology v. Affymetrix, Abbot Labs, Roche Holding, Nanogen and three others

Oxford Gene Technology v. Mergen Ltd., Clontech Laboratories, Inc., PerkinElmer Life Sciences, Inc., Axon Instruments, Inc., and BioDiscovery, Inc.

Affymetrix

Affymetrix v. Genomic Solutions ID Medical

ID Medical v. Third Wave Technologies Invitrogen

Invitrogen v. Promega, New England Biolabs and Display Systems

Invitrogen v. Strategene Nanogen

參、專利權利範圍

一、第 5,445,934、5,744,305、5,800,992 及 5,795,716 號四項美國專利－

此係美國北加州地方法院(U.S. District Court for the Northern District of California, San Jose Division)將 Affymetix, Inc. Plantiff and counterdefendent, v. Hyseq, Inc. Defendant and counterplaintiff. Affymetix, Inc. Plantiff and counterdefendent, v. Synteni, Inc. and Incyte Pharmaceuticals, Inc., Defendant and counterplaintiff. Case No. C 99-21163 JF 及 Case No. C 99-21164 JF 兩案合併，就 Affymetix 之上述四項專利權利範圍進行審理。(132 F. Supp. 2d 1212; 2001 U.S. Dist. LEXIS 5935, Jan. 22, 2001, Decided and Filed)

'934 專利－ "Array of Oligonucleotides on a Solid Support."

'934 係有關高密度基因晶片之陣列之專利，包含二重要之獨立項。其第一項 專利權利範圍為：”A substrate with a surface comprising 103

or more groups of

oligonucleotides with different, known sequences covalently attached to the surface in discrete known regions, said 103 or more groups of oligonucleotides occupying a total area of less than 1 cm2 on said substrate, said groups of oligonucleotides having different nucleotide sequences.”。

第七項為：”An array of more than 1,000 different groups of oligonucleotide molecules with known sequences covalently coupled to a surface of a substrate, said groups of oligonucleotide molecules each in discrete known regions and differing from other groups of oligonucleotide molecules in monomer sequence, each of said discrete known region being an area of less than about 0.01 cm2 and each discrete known region comprising oligonucleotides of known sequence, said different groups occupying a total area of less than 1 cm2.”。

基本上，地院並不認為此一專利權利範圍所謂之 array 必須限定其上之 polymer（長度 2-100 nucleotide）是在表面以 monomer-by-monomer 方式合成的， 但是，(1)所謂”covalently attached”係指 oligonucleotide 之每一個化學鍵與晶片表 面係以共價鍵直接固定或連結，而非如 Affymetrix 所主張的，僅有與表面接觸之 直接（指 oligonucleotide 本身）或間接（指透過 linker）鍵結為共價鍵，(2)所 謂”discrete known regions”係指晶片表面一確認區域，此一區域將被活化以合成 polymer，此一活化反應乃透過暴露於某種能源之下，使活化而合成 polymer，或 透過暴露於能源之下，使已合成之 polymer 固定其上。專利中並未定義”能源”， 地院根據專利說明書之內容，認為係指使帶有保護基(protective group)之官能基 (functional group)暴露於放射線、電場、電流等能源之下而活化；而”formation of a polymer”同時包括 polymer 之合成及固定化。

'305 係關高密度基因晶片之基質(substrates)的專利，其第一項專利權利範圍 為：”An array of oligonucleotides, the array comprising (1) a planar nonporous solid support having at least a first surface; and (2) a plurality of different oligonucleotides

attached to the first surface of the solid support at a density exceeding 400 different oligonucleotides per square centimeter, (3) wherein each of the different

oligonucleotides is attached to the surface of the solid support in a different

predefined region, has a different determinable sequence, and is at least 4 nucleotides

in length.”。除了將 oligonucleotides 改換為 polynucleotides，其專利權利範圍第十 五項與第一項之用字完全相同。

地 院 認 為 此 處 ”array” 或 ”oligonucleotides” 之 定 義 與 前 述 ’934 專 利 者 相 同，”preferred region”之定義與前述’934 專利之”discrete known regions”相同，”at a density exceeding 400 different oligonucleotides per square centimeter”之語言非常 清晰，無須再加解釋。而所謂”attached”是指 secured 或 joined 於晶片表面，並不 要求必須為共價鍵結；”determinable sequences”係指已知序列之 polymer 或可傳 統定序方法定序之 polymer。

'992 專利（無效）－ "Method of Detecting Nucleic Acids."

'992 專利乃有關利用標定之互補核酸進行雜交反應以為定序的方法專利，其 第一項專利權利範圍為：”A method for detecting nucleic acid sequences in two or more collections of nucleic acid molecules, the method comprising: (a) providing an

array of polynucleotides bound to a solid surface, each said polynucleotide

comprising a determinable nucleic acid; (b) contacting the array of polynucleotides with: (i) a first collection of labelled nucleic acid comprising a sequence substantially complementary to a nucleic acid of said array, and (ii) at least a second collection of

labelled nucleic acid comprising a sequence substantially complementary to a nucleic

acid of said array; wherein the first and second labels are distinguishable from each other, and (c) detecting hybridization of the first and second labeled complementary nucleic acids to nucleic acids of said arrays.”。

其第四項專利權利範圍為：”A method of detecting differential expression of each of a plurality of genes in a first cell type with respect to expression of the same genes in a second cell type, said method comprising: [1] adding a mixture of labeled

nucleic acid from the two cell types to an array of polynucleotides representing a

plurality of known genes derived from the two cell types, under conditions that result

in hybridization to complementary-sequence polynucleotides in the array; and [2]

examining the array by fluorescence under fluorescence excitation conditions in which polynucleotides in the array are hybridized to labeled nucleic acid derived from one of the cell types give a distinct fluorescence emission color and polynucleotides in the array that are hybridized to labeled nucleic acid derived from the other cell

types give a different fluorescence emission color.”。

於後續之專利侵權訴訟中，地院判決此一專利無效，認為專利中部分名詞欠 缺定義、說明書(written description)未達充分揭示之要求。由於此一判決書未公 開，因此無法了解其判決無效的詳細理由。因此，在此僅能根據此一解釋了解地 院對此一專利之範圍的認定。

基本上，地院認為”a method for detecting nucleic acid sequences”係指決定二 或多個核酸分子之存在與否的方法。而”a first (or second” collection of labeled nucleic acid”指以第一或第二標幟標示之多數(multiple)核酸分子，並不限定必須 為不同之核酸分子。至於”detecting differential expression”係指基因相對活性之評 估(assessment of relative levels of gene activity)，地院並不認為應如 Incyte 所主 張，應限於必須是以競爭型雜交方法分析。至於”adding a mixture of labeled nucleic acid from the two cell types to an array”乃指在同一步驟將已標幟之二細胞核酸加 到晶片，核酸包括 mRNA、DNA 或其他細胞核酸(cellular other nucleic acid)，可 在自細胞中純化之前或之後加以標幟。cDNA 不是細胞之核酸，不包括在此處。

'716 專利－ "Computer-Aided Visualization and Analysis System for Sequence Evaluation"

'716 專利為有關將實驗數據轉換為基因資訊之電腦軟體專利，其第三項專利 權利範圍可為其獨立項之代表：”A computer program product that identifies an unknown base in a sample nucleic acid sequence, comprising: [1] computer code that

receives a first set of signals corresponding to a first set of probe intensities, each

probe intensity in said first set indicating an extent of hybridization of a nucleic acid probe with a reference nucleic acid sequence, and each nucleic acid probe differing from each other by at least a single base; [2] computer code that receives a second set

of signals corresponding to a second set of probe intensities, each probe intensity in

said second set indicating an extent of hybridization of a nucleic acid probe with said sample sequence, and each nucleic acid probe differing from each other by at least a single base; [3] computer code that performs a comparison of at least one of said probe intensities in said first set and at least one of said probe intensities in said second set; [4] computer code that generates a base call identifying said unknown base according to results of said comparisons said sequence of said nucleic acid probe; and [5] a computer readable medium that stores said computer codes.”。

有關此專利之爭議重點為’716 專利是否為 35 U.S.C. §112 ¶6 所謂之 means-plus-function 專 利 ？ 地 院 認 為 ， 由 於 ’716 專 利 並 非 以 傳 統 means-plus-function 之語法(“computer code that [performs x function])寫成，亦未指 定某一特定結構執行所欲達成之功能，因此應非屬 means-plus-function 專利。地 院則認為被控侵權者若對此有不同的意見，應負舉證責任。

collection 或 group，而非如 Hyseq 主張的所謂”a set of probes”必須同時包括四種 探針。

二、Oxford Gene Technology (OGT)之第 0373203 號歐洲專利－

自 1994 年 8 月 31 日獲證後，Affymetrix、Abbot、Roche 及 Nanogen 等公司 即提出異議。經過長達 6 年的審查，OGT 將此歐洲專利範圍限縮在”arrays of oligonucletides covalently attached to a smooth impermeable surface, whether made by in situ synthesis or deposition of pre-synthesized oligonucleotides, and irrespective of their density”，終於在 2001/11/19 獲准專利。

三、第 5,750,015 號專利（以下簡稱’015 號專利）－

第一項專利權利範圍：”A device for moving charged particles through a medium employing an electric field, said device comprising [1] an electrically non-conductive solid support having an upper surface; [2] a main trench in said solid support extending downward from said upper surface; [3] a plurality of branch trenches connected to said main trench for moving charged particles into and out of said main trench; and [4] a plurality of electrodes positioned to be in electrical contact with a medium when present in said trenches.”。美國北加州地方法院於 Aclara Biosciences, Inc., v. Caliper Technologies Corp. (2000 U.S. Dist. LEXIS 15940, 2000 U.S. Dist. LEXIS 18086)中，在聽取雙方當事人論點後，並經審查相關資料，於 2000/7/17 針對’015 號專利做了 Markman Order，將”trench”定義為「未加蓋之結 構，如溝渠」(uncovered structure such as ditch)，”plurality of electrodes”意味著電 極必須沿著 trench 之（長）軸置放，而非置於 trench 之兩端。雖然，所謂多數個 電極並不限定電極的數目，但根據’015 專利說明書，必須多數個電極沿著 trench 之軸置放，方能產生’015 專利所要達成之移動波(moving wave)必要要件。由於 Caliper 之產品之結構為有永久蓋子的(permanently covered)，且其二電極是置於 結構之兩端，故裁定 Caliper 之產品並未字義侵害’015 號專利。 在第二次提出即決判決案，Caliper 請求地院依據聯邦巡迴上訴法院於 Festo 一案所做出之原則，判決其並未因均等而侵害’015 號專利。上訴法院在 Festo 一 案針對禁反言採用了嚴格的”complete bar”標準，亦即專利權人於申請專利時所做 的任何修改，除非其可證明與可專利性無關，否則於日後即不得針對修改專利元 件主張任何均等論的適用。地院雖然依照上訴法院所定之四步審查原則(four-part inquiry)逐一檢視，亦發現 Aclara 確實於申請專利時針對係爭專利權利範圍進行 修改，不過地院卻不認同上訴法院之看法，認為 Aclara 之修改與電極置放無關， 因此沒有禁反言的適用，亦即仍有可能依據均等論判決侵權。 肆、案件 一、

Affymetix, Inc. Plantiff and counterdefendent, v. Hyseq, Inc. Defendant and counterplaintiff. Affymetix, Inc. Plantiff and counterdefendent, v. Synteni, Inc. and Incyte Pharmaceuticals, Inc., Defendant and counterplaintiff.

Case No. C 99-21163 JF 及 Case No. C 99-21164 JF

U.S. District Court for the Northern District of California, San Jose Division 132 F. Supp. 2d 1212; 2001 U.S. Dist. LEXIS 5935

Jan. 22, 2001, Decided and Filed

I. 案由背景：

在 Case No. C 99-21163 JF 及 Case No. C 99-21164 JF 兩案中，Affymetrix 分 別控告 Incyte 及 Synteni（以下合併稱 Incyte）侵害其'934、'305 及'992 專利，Hyseq 侵害其'305、'992 及'716 專利。由於所涉專利重複，因此地院將之合併，一起做 專利權利範圍之解釋。 '934、'305 及'992 三項專利皆源自美國第 362,901 號專利審請案('901 申請 案)，屬其直接或間接的部分申請案(continuation-in-part)。 II. 法律程序： 在進入專利權利範圍(claim)之解釋之前，地院先依據美國聯邦最高法院於 Markman v. Westview Instruments, Inc.一案(517 U.S. 370, 387, 134 L. Ed. 2d 577, 116 S. Ct. 1384, 1996)所作之解釋，說明專利權利範圍之解釋係屬法律問題，由法 院負責審理。應注意事項包括： 1. 於專利權利範圍之解釋時，法院必須是從站在該特定專利之一般技術水準者 之角度來看；當解釋其範圍時，必須先從內在證據(intrinsic evidence)來理解，亦 即由專利權利範圍項及說明書之內容及專利審查紀錄來理解； 2. 當解釋某一名詞時，應先由權利範圍本身之文字來看，且除非在說明書或審 查紀錄中，發明人做了特定的解釋，否則應賦予一般、正常之定義； 3. 專利權利範圍之解釋必須與說明書內容相吻合，不應有前後矛盾之處； 4. 禁反言，亦即發明人於專利審查過程中已為排除、限縮或放棄之專利權利的 範圍，日後即不得再主張； 5. 唯有當內在證據不足以清楚解釋某一特定名詞之定義時，法院方能尋求外在 證據(extrinsic evidence)。 III. 專利權利範圍解釋

A. '934 專利－ "Array of Oligonucleotides on a Solid Support."

Affymetrix 控告 Incyte 侵害此一專利之第 1、5、6 及 7 項，其中第 1 及 7 項 為獨立項。

'934 係有關高密度基因晶片之陣列之專利，其第一項專利權利範圍為：”A

different, known sequences covalently attached to the surface in discrete known

regions, said 103 or more groups of oligonucleotides occupying a total area of less than 1 cm2 on said substrate, said groups of oligonucleotides having different nucleotide sequences.”。

其專利權利範圍第七項為：”An array of more than 1,000 different groups of oligonucleotide molecules with known sequences covalently coupled to a surface of a substrate, said groups of oligonucleotide molecules each in discrete known regions and differing from other groups of oligonucleotide molecules in monomer sequence, each of said discrete known region being an area of less than about 0.01 cm2 and each discrete known region comprising oligonucleotides of known sequence, said different groups occupying a total area of less than 1 cm2.”。

所謂”oligonucleotide”係指長度 2-100 nucleotide，亦不限定於一個個 monomer 合 成 之 單 股 核 甘 酸 (single stranded synthetic nucleotide made monomer by monomer)。

所謂”known sequences”係指於固定在表面上之前，已知前述 oligonucleotide 之序列，並非指如 Incyte 所指，必須是因為經由 monomer-by-monomer 方式合成， 故得知其序列。

所謂” covalently attached”係指 oligonucleotide 之每一個化學鍵與晶片表面係 以共價鍵直接固定或連結，而非如 Affymetrix 所主張的，僅有與表面接觸之直接 （指 oligonucleotide）或間接（指透過 linker）鍵結為共價鍵。

所謂”discrete known regions”係指晶片表面一確認區域，此一區域將被活化 以合成 polymer，此一活化反應乃透過暴露於能源之下，使活化而合成 polymer， 或透過暴露於能源之下，使已合成之 polymer 固定其上(identified localized areas on a surface which are, were, or are intended to be activated for formation of a polymer, where the activation is accomplished through exposure of the localized area to an energy source adapted to render a group active for synthesis of the polymer on the surface or for immobilization of a pre-existing polymer on a surface.)。專利中並 未定義”能源”，地院根據專利說明書之內容，認為係指使帶有保護基(protective group)之官能基(functional group)暴露於放射線、電場、電流等能源之下而活化； 而” formation of a polymer”同時包括 polymer 之合成及固定化。

所謂”array”乃指”a plurality of polymers arranged on solid support”，並不要求 polymer 必須是在表面以 monomer-by-monomer 方式合成的。

B. '305 專利－ "Arrays of Materials Attached To A Substrate"

Affymetrix 指控 Hyseq 侵害此一專利之第 1、2、5、8、15、17 及 20 項，Incyte 侵害第 1、3-13 及 15-25 項，其中第 1 及 15 項為獨立項。

'305 係有關高密度基因晶片之基質(substrates)的專利，其第一項專利權利範 圍為：” An array of oligonucleotides, the array comprising (1) a planar nonporous

solid support having at least a first surface; and (2) a plurality of different oligonucleotides attached to the first surface of the solid support at a density

exceeding 400 different oligonucleotides per square centimeter, (3) wherein each of

the different oligonucleotides is attached to the surface of the solid support in a different predefined region, has a different determinable sequence, and is at least 4 nucleotides in length.”。除了將 oligonucleotides 改換為 polynucleotides，其第十五 項專利權利範圍與第一項之用字完全相同。

所謂”array of oligonucleotides”乃指”a plurality of polymers of nucleotides ranging in length from 2 to about 100 nucleotides, arranged on solid support”，此 處”array”之或”oligonucleotides”之定義於前述’934 專利相同。

所謂”attached”是指 secured 或 joined 於晶片表面，並不要求必須為共價鍵結。 地院認為”at a density exceeding 400 different oligonucleotides per square centimeter”之語言非常清晰，無須再加解釋。”preferred region”之定義與前述’934 專利之”discrete known regions”相同。

所謂”determinable sequences”係指已知序列之 polymer 或可傳統定序方法定 序之 polymer。

所謂” polynucleotides”係指長度 > 2 nucleotide 之 polymer。

C. '992 專利－ "Method of Detecting Nucleic Acids."

Affymetrix 控告 Hyseq 侵害此一專利之第 1 及 3 項，Incyte 侵害第 1、3、4 及 5 項，第 1 及 4 為獨立項。

'992 專利是利用標定之互補核酸進行雜交反應以為定序之方法專利，其第一 項專利權利範圍為：”A method for detecting nucleic acid sequences in two or more collections of nucleic acid molecules, the method comprising: (a) providing an array

of polynucleotides bound to a solid surface, each said polynucleotide comprising a determinable nucleic acid; (b) contacting the array of polynucleotides with: (i) a first collection of labelled nucleic acid comprising a sequence substantially

complementary to a nucleic acid of said array, and (ii) at least a second collection of

labelled nucleic acid comprising a sequence substantially complementary to a nucleic

acid of said array; wherein the first and second labels are distinguishable from each other, and (c) detecting hybridization of the first and second labeled complementary nucleic acids to nucleic acids of said arrays."”。

其第四項專利權利範圍：”A method of detecting differential expression of each of a plurality of genes in a first cell type with respect to expression of the same genes in a second cell type, said method comprising: [1] adding a mixture of labeled nucleic

acid from the two cell types to an array of polynucleotides representing a plurality of

known genes derived from the two cell types, under conditions that result in

examining the array by fluorescence under fluorescence excitation conditions in which polynucleotides in the array are hybridized to labeled nucleic acid derived from one of the cell types give a distinct fluorescence emission color and polynucleotides in the array that are hybridized to labeled nucleic acid derived from the other cell types give a different fluorescence emission color.”。

地院認為所謂”a method for detecting nucleic acid sequences”即指決定二或多 個核酸分子存在與否之方法(a method for determining the presence or absence of two or more nucleic acid molecules.)。而“array of polynucleotides”及”determinable nucleic acid”之定義與前述二專利相同。至於”a first (or second” collection of labeled nucleic acid”指以第一或第二標幟標示之多數(multiple)核酸分子，並不限 定必須為不同之核酸分子。

地院以過去判例已多次討論何謂”relative”、”partially”或”substantially”，及其 對專利權利範圍之影響為由，並未定義”a sequence substantially complementary”。 因 此 ， 地 院 在 此 也 未 對 ”conditions that result in hybridization to complementary-sequence polynucleotide”及”hybridized to labeled nucleic acid”定 義。

所謂”detecting differential expression”係指基因相對活性之評估(assessment of relative levels of gene activity)，地院並不認為應如 Incyte 所主張，應限於是同 時以競爭型雜交方法分析。

至於”adding a mixture of labeled nucleic acid from the two cell types to an array”乃指在同一步驟將二細胞已標幟之核酸加到晶片，核酸包括 mRNA、DNA 或細胞其他核酸(cellular other nucleic acid)，可在自細胞中純化之前或之後加以標 幟。cDNA 不是細胞之核酸，不包括在此處。

D. '716 專利－ "Computer-Aided Visualization and Analysis System for Sequence Evaluation"

Affymetrix 指控 Hyseq 侵害本專利之第 3、4 及 7-10 項，第 3、4、7 及 8 為 獨立項。

'716 專利為將實驗數據轉換為基因資訊之電腦軟體專利，其專利權利範圍第 三項可為其獨立項之代表：”A computer program product that identifies an unknown base in a sample nucleic acid sequence, comprising: [1] computer code that receives a

first set of signals corresponding to a first set of probe intensities, each probe intensity

in said first set indicating an extent of hybridization of a nucleic acid probe with a reference nucleic acid sequence, and each nucleic acid probe differing from each other by at least a single base; [2] computer code that receives a second set of signals corresponding to a second set of probe intensities, each probe intensity in said second set indicating an extent of hybridization of a nucleic acid probe with said sample sequence, and each nucleic acid probe differing from each other by at least a single

base; [3] computer code that performs a comparison of at least one of said probe intensities in said first set and at least one of said probe intensities in said second set; [4] computer code that generates a base call identifying said unknown base according to results of said comparisons said sequence of said nucleic acid probe; and [5] a computer readable medium that stores said computer codes.”。

有關此專利之爭議重點為’716 專利是否為 35 U.S.C. §112 ¶6 所謂之 means-plus-function 專 利 ？ 地 院 認 為 ， 由 於 ’716 專 利 並 非 以 傳 統 means-plus-function 之語法(“computer code that [performs x function])寫成，亦未指 定某一特定結構執行所欲達成之功能，因此應非屬 means-plus-function 專利。被 控侵權者若有不同的意見，需負舉證責任。當事人之另一爭議為”set”的定義，地 院採用此一名詞的一般定義，即指 collection 或 group，無須如 Hyseq 所指的所謂”a set of probes”必須同時包括四種探針

二、

Aclara Biosciences, Inc., v. Caliper Technologies Corp. No. C 99-1968 CRB

U.S. District Court for the Northern District of California 2000 U.S. Dist. LEXIS 15940

Oct. 27, 2000, Decided

(一)訴訟背景資料

I.本訴訟涉及的專利：US Patent No.5,750,015（以下簡稱’015 號專利） II.案情：

Aclara 控告 Caliper 之產品侵害其’015 號專利。Caliper 除主張未侵權外，亦 反 訴 Aclara 之 ’015 號 專 利 應 被 撤 銷 ， 理 由 是 (1) 違 反 誠 信 行 為 (inequitable conduct)、(2)為可預見的(anticipation by prior art) 、未充分揭示該發明(因此不符 合 written description 之要求) 、未達使熟悉該項技術者可據以實施該發明的程度 (因此不符合 enabling requirement 之要求)。雙方都請求地院就其主張作出即決審 判(summary judgment)。

Davis 及 Zoya Soanes 兩位博士於 1990/2/28 向美國專利商標局(USPTO)提出 07/478,021 申請案：Method and device for moving molecules by the application of a plurality of electric fields”（以下簡稱’021 申請案），於 1992/6/30 獲准，專利號為 5,126,022（以下簡稱’022 號專利）。自 1992 年 3 月，兩位博士根據’021 申請案 陸續提出三項繼續申請案(continuation application)。Rowland 博士於 1996/5/13 根 據前述繼續申請案提出 08/615,642 之部分繼續申請案(continuation-in-part)（專利 律師為 Flehr 等人）。此一部分繼續申請案於 1996/3/28 獲准，即為係爭’015 號專 利。此案之另一爭點即為 Aclara、Soanes 博士、Rowland 博士及 Flehr 等人於申

請’015 號專利時是否有違誠信原則之行為。 （二）爭論點 (1) ’015 號專利之專利權利範圍？ (2) ’015 號專利是否無效？ （三）判決 (1) Caliper 之產品並未字義侵害’015 專利，但駁回其未因均等論而侵權為即 決審判的請求。 (2)駁回 Caliper 對’015 專利無效之即決審判請求。 （四）判決依據及理由 I .專利侵害鑑定 專利侵害鑑定之法律程序包括兩階段，首先解釋系爭專利之權利範圍；然後 據此與被控侵權產品進行比較。 A. 字義侵權(literal infringement)

’015 號專利之第一項專利權利範圍：”A device for moving charged particles through a medium employing an electric field, said device comprising [1] an electrically non-conductive solid support having an upper surface; [2] a main trench in said solid support extending downward from said upper surface; [3] a plurality of branch trenches connected to said main trench for moving charged particles into and out of said main trench; and [4] a plurality of electrodes positioned to be in electrical contact with a medium when present in said trenches.”。地院於聽取雙方當事人的論 點，並經審查相關資料，於 2000/7/17 針對’015 號專利做了 Markman Order， 將 ”trench” 定 義 為 「 未 加 蓋 之 結 構 ， 如 溝 渠 」 (uncovered structure such as ditch)，”plurality of electrodes”意味著電極必須沿著 trench 之軸置放。

由於 Caliper 之 LabChip 上有蓋子，又僅有二電極置於結構之兩端，故並未 字義侵害’015 號專利。

B. 依均等論判斷是否侵權(infringement under the doctrine of equivalents)

美國聯邦最高法院於 Warner-Jenkinson Co. v. Hilton Davis Chem. Co. (117 S. Ct. 1040, 1997)表明，依據均等論，一未字義侵權之產品仍有侵權的可能。而其 判斷原則則為其自 Graver Tank 一案以來所建立之所謂功能/方法/結果三步 (function-way-result tripartite test)檢驗。另外，均等的判斷方式應採全要件原則(all element rule or element-by-element rule)，即將被控侵權物與專利權利範圍技術個 別比較，當兩者實質相同時，才成立均等。

地院在應用全要件原則判斷是否均等時遭遇最大的問題就在它對’015 號專 利權利範圍所做的解釋。既然定義”trench”為「未加蓋之結構」，就無法說有加蓋

之結構（如 Caliper 之產品）是實質上等同。至於”plurality of electrodes”一要件， 地院先是說明其係採用所謂「假設性專利權利範圍」(hypothetical claim)方法加以 檢視。亦即先假設 Caliper 產品落入’015 專利權利範圍內，然後檢視 USPTO 於 Aclara 申請專利之時點，是否會核准此一專利。地院表示將採用此方法來判斷是 否如 Caliper 所主張的，依當時之習知技術(prior arts)水準，”plurality of electrodes” 一要件已排除電極必須沿著 trench 之軸置放。然而，地院接著並未針對針對申請 專利時之習知技術水準加以討論，以確認”plurality of electrodes”一要件之範圍， 卻認為適當的檢測應是”whether Caliper’s own device would have been precluded by prior art if it had been the subject of a patent application”，而非“whether what Aclara deems as equivalent to (but not literally infringing) its patent claim is precluded by prior art”。地院於是認為，合理之陪審會認為 Caliper 之設計與’015 專利為實質相同的，故駁回 Caliper 未因均等論而侵害即決審判的要求。

II. ’015 專利無效之審理

Caliper 主張’015 號專利無效，因為 Aclara (1)違反誠信行為(inequitable conduct)、(2)為可預見的(anticipation by prior art)，未充分揭示該發明(以符合 written description)，使熟悉該項技術者可據以實施該發明的程度(符合 enabling requirement)。

A. 可預見性

Caliper 之舉證證據為 J. Samuel Batchelder 於 1983/6/28 獲准之”Method and apparatus for dielectrophoretic manipulation of chemical species”專利(稱 Batchelder reference)，係有關以 electrokinetics 方法進行化學反應及分離。在 Aclara 提出’642 申請案時，PTO 審查員即以 Batchelder reference 為由，認為 Aclara 之申請為可預 見的，駁回其申請。當時 Aclara 主張其申請案與 Batchelder reference 有兩大不同 點 - 一是將其申請專利權利內容修改限定為”the electrodes had to be in electric contact with the medium when present in the trenches”，而在 Batchelder reference 中 電極必須與 medium 絕緣；二是 Batchelder reference 係用 dielectrophoresis，而其 申請專利技術係採用 electrophoresis 及 electroosmosis。審查員接受 Aclara 之解釋 與限縮內容。Caliper 主張同一審查員在後續審查過程中，體認到之前的錯誤， 因此陸續拒絕 Aclara 多項申請專利權利內容，故 Caliper 主張此一專利審查是有 問題的。Caliper 同時主張 Aclara 所作之差異比較是錯誤的。Aclara 則反駁道， 在其提 出’642 申請案時，熟悉該領域技藝之一般人是無法依據 Batchelder reference 作出’015 專利所描述的設計。

地院認為，(1) Batchelder reference 並未教導’015 專利權利範圍第一項中每一 要件(each and every element)，(2)在’642 申請案提出時，Batchelder reference 是否 可使熟悉該行技藝之一般人作出’015 專利所描述之設計仍有待審判，Caliper 所 舉證據無法使陪審員合理地相信’015 專利無效，因此拒絕 Caliper 以可預見性為 由所提之即決審判請求。

B. 可據以實施(enablement) 依據美國專利法 35 U.S.C. § 112 第一項(35 U.S.C. §112, ¶1)，於專利申請， 除了發明的技術實體內容本身必須符合三大專利要件外，用以揭示該發明之專利 說明書之內容，尚須符合「完全、清晰、簡潔、明確」，「使熟悉該項技術者可據 以實施」的要求。 Caliper 主張’015 號專利不符合此項要求，因為它未教導(1)如何解決當不同 離子強度之液相相遇時所引起之壓力蓄積(pressure build-up)問題，(2)如何在一無 蓋的 trench 之儲存槽(reservoir)維持液面高度。 地院採納 Aclara 之說詞，即 Caliper 僅提出有待審判之待證事實，故拒絕 Caliper 即決審判之請求。 C. 充分揭示(written description) 如前所述，35 U.S.C. §112, ¶1 要求「﹒﹒﹒說明書，除應載明申請專利範圍 外，並應載明有關之先前技術、發明之目的、技術內容、特點及功效，使熟悉該 項技術者能瞭解(發明者專利權利範圍之)內容並可據以實施」。 Caliper 主張’012 申請案之說明書中對於設計中之每一要件的絕對及相對大 小設有相當限制，然而’015 專利卻無任何限制，欠缺原申請案中之必要元件，使 其專利權利範圍大於原申請案。Caliper 主張，於’012 申請案提出之時，熟悉該 項技術者無法根據原申請案之說明書作出’015 專利之較大專利權利範圍的設 計。Aclara 則反駁，熟悉該項技術者可根據原申請案之說明書作出。 地院表示無法在此解決此一爭議，故拒絕 Caliper 即決審判之請求。 III. 違反誠信原則之行為 對於訴訟雙方皆指對方有違反誠信之行為，乃屬法院審判權責，亦為是否有 濫用裁量權之審理範圍。因此，地院在此僅針對雙方所提即決審判進行審理。 三、

Aclara Biosciences, Inc., v. Caliper Technologies Corp. No. C 99-1968 CRB, related Case No. C 00-145 CRB U.S. District Court for the Northern District of California 2000 U.S. Dist. LEXIS 18086

Dec. 11, 2000, Decided (一)訴訟背景資料 於前案，地院經審判後，判決 Caliper 之產品並未字義侵害’015 號專利（見 附件二）。原先地院定於 2000/12/6 進行侵權審判，但在 11/30，於雙方當事人另 一相關案件之專利權利範圍聽證後，Caliper 之律師請求地院依聯邦巡迴上訴法 院 Festo 一案有關均等論最新的意見，作（不侵權之）即決審判，地院於是先就

此進行審理。

聯邦巡迴上訴法院於 Festo 一案，對均等論之適用做了嚴格的限制，即當專 利權人於申請專利時，若因可專利性而修改其專利，則嚴格限制其以均等論主張 權利範圍。Caliper 主張，由於 Aclara 於申請專利時，為了使專利獲准曾針 對”plurality of electrodes”進行修改；因此，依據 Festo 一案，Aclara 不得再主張 均等論之適用，故請求地院為即決判決。Aclara 則反駁其修改係針對絕緣 (insulation)的問題，對電極之配置沒有影響，本案不適用 Festo。 （二）爭論點 依均等論原則判斷，Caliper 之產品是落入’015 號專利之第一項專利權利範 圍？ （三）判決： 駁回 Caliper 未侵權即決審判的要求。 （四）判決依據及理由 I. 聯邦巡迴上訴法院於 Festo 一案對均等論適用的限制 在 Warner-Jenkinson 及 Festo 二案之前，法院向來認為均等論須受全要件原 則（及習知技術）的約束。美國聯邦最高法院在 Warner-Jenkinson 一案明白指出， 若是專利權人於申請專利過程中，為獲准專利而作的任何修改，若是與可專利性 實 質 相 關 (the amendment was made for a substantial reason related to patentability)，則於日後有禁反言(prosecution history estoppel)的適用，即日後不 得再主張其專利權利範圍包含此一部分。

在 Festo 案之前，對於禁反言之適用標準，曾有不同法院在不同案件分別採 用”flexible bar”或”complete bar”之標準。所謂”flexible bar”乃依各案不同，禁反言 標準有所不同；而”complete bar”主張者認為只要專利權人曾經修改過專利，則完 全禁止主張均等論。回應最高法院之判決，聯邦巡迴上訴法院於 Festo 案以全院 審(en banc)的方式提出幾項問題，以釐清適用禁反言所需之修改專利程度，及均 等論之禁止。

問題一，何謂” a substantial reason related to patentability”？上訴法院認為係 指，專利權人為法律要求所為之任何限縮專利權利範圍的修改(any amendment that narrows the scope of a claim for any reason related to the statutory requirements)，於日後有關此一要件之權利範圍判斷時，皆有禁反言之適用。

問題二， 禁反言 是否 適用於自 願性或 未經 解釋(voluntary or unexpected amendments)之下所做的修改？上訴法院認為除非專利權人可以舉證證明其修改 與可專利性無關，否則亦有適用。

因此，上訴法院在 Festo 一案採用了”complete bar”之標準。專利權人於申請 專利時所做的任何修改，除非其可證明與可專利性無關，否則於日後即不得針對

修改專利元件主張任何的均等論適用。上訴法院認為，唯有如此，大眾才能由一 專利之專利權利範圍明確其範疇。 上訴法院並訂定一四步審查原則(four-part inquiry)： (1)首先地院必須確認哪一項被侵害之專利元件主張均等論之適用， (2)確定這些專利元件是否曾經在申請過程中修改過， (3)若是曾經修改，則地院需考慮這些修改是否限縮專利權利範圍之字義範 圍(literal scope) － 若是未限縮其字義範圍，則專利權人仍得主張均等論， (4)若是確實限縮其字義範圍，則有禁反言之適用。 II. 地院之審理 地院依據上述四步審查原則，逐一檢視。由於在’015 號專利中專利權利範圍 第一項之要件間，係爭問題乃「依據均等論，Caliper 產品是否落入”trench” 及”plurality of electrodes”二要件範圍內」，而在申請專利過程中，專利權人唯一 修改之權利範圍為”plurality of electrodes”，故地院針對此一修改進行第三步的審 查。

’015 號專利申請審查文件顯示，在申請之初，Aclara 對”plurality of electrodes” 一詞未做任何限制，可包含任何設計，只要其電極可與 trench「作用相連」 (operatively connected)，因此亦包含 Batchelder reference 中將電極與介質(medium) 絕緣之設計。為了克服此一先前技藝之障礙，Aclara 限縮”plurality of electrodes” 之範圍，將之限定於電極必須與介質直接接觸(in direct electric contact)的設計。 因此，Aclara 之修改確實限縮其字義範圍，故應受禁反言之限制，不得再主張均 等論。

不過，地院並未就此作出不侵權的即決判決，卻質疑禁反言之適用範圍是只 在解釋”plurality of electrodes”要件，抑或是包含整句話。地院認為，上訴法院並 未回答此一問題，而依其前案之判斷，”plurality of electrodes positioned to be in electric contact with a medium when present in said trenches”一句包含三項獨立的 要求，(1)至少有二電極，(2)當介質存在 trench 中時，電極必須與介質直接接觸， 但電極本身不需位於 trench 內，(3)電極必須沿著 trench 長軸中間置放，而非置 於兩端。地院認為，若是禁反言之範圍僅適用在”plurality of electrodes”一要件， 則因為 Aclara 之修改並未拋棄(surrender)有關電極置放位置，故無禁反言之適 用。因此，地院認為本案之中心問題乃”plurality of electrodes”一詞之三項要求是 三項獨立的限制，抑或是一項限制之部分。 地院接著表示，上訴法院在判決書中說到採用”complete bar”的原因，是為了 去除有關專利權人得以主張均等的確實範圍的猜測及不確定性，以鼓勵創新發 明，減少侵權訴訟。地院進一步論道，然而當專利權人僅修改專利權利範圍中之 部分時，公眾卻無法根據上訴邏輯確認專利之確切範疇，因為根據 Festo，一方 面公眾會以為’015 號專利之修改使其完全不得主張均等論，然而，另一方面，公 眾亦可由專利申請資料中完全明白’015 號專利之修改與極置放位置無關，不會有

不確定專利權利範圍的問題。地院認為，對於專利權人而言，若是任何專利權利 範圍部份元件之修改就必須有禁反言”complete bar”之適用，此一修改之代價過於 昂貴(expansive)，是故其認為應將”plurality of electrodes”一詞之三項要求依 Festo 分析分別檢視。地院據此認為 Aclara 為”plurality of electrodes”一詞所作之修改並 未限縮其電極置放位置的範圍，因此無禁反言之適用，亦即仍得主張均等論，駁 回 Caliper 之請求。 肆、結論 專利侵權訴訟案件之解析有助於了解法院對於相關專利之確切權利範疇，可 以幫助此一技術領域研究廠商避免侵權、訂定正確之研發策略，並迴避他人所屬 專利權利範圍。根據去年建立之專利地圖，本研究盡量搜尋所有與這些生物晶片 公司相關侵權訴訟，並依據法院判決書或新聞報導，由 Markman Order 或判決書 內容，分析法院對所涉專利之專利權利範圍的定限，期能對國內相關研究人員及 廠商有所助益。

（二）技術鑑價

壹、前言 知識經濟時代下，「技術」即是公司的知識資產。且在全球化的網狀經濟裡， 知識的流通勢必帶動技術的流動。而技術將成為公司重要的智慧資產及買賣交易 標的物。但技術並不是一種可以標準化的產品！因此，在市場上無法找到可以比 較的基準，進而無法藉由相互比較來確立其價值。目前技術交易市場上，所面臨 的最大問題就是無法評鑑技術的價值，使得技術價格模糊難定。如何透過合理的 鑑價機制來決定這些技術或專利在技術交易市集中的價值，將是發展整個交易市 集的核心關鍵！ 技術鑑價是近年來赤手可熱的課題。技術資產可說是公司最重要的無形資 產，而技術的價值大概決定公司所運用技術的貢獻、公司的營業秘密、know-how 及所申請的專利等方面進行評估。但公司獲利並不單單是靠技術所帶來的市場利 益，技術必須要融入公司整體的經營，搭配有效的經營策略，才能有效落實於技 術 的 商 品 化 。 因 此 ， 價 值 (value) 並 不 單 單 只 是 技 術 上 的 價 值 (technological valuation)，更應考慮技術所帶來市場價值(market valuation )，而公司為了避免公 司技術被侵害，而多方著手專利地圖的佈局，在未來可能發生的侵害訴訟中可能 獲得的利益，也是考量技術價值的重要因素。由此可知，技術的價值是全方面的， 不能單單只考量技術層面所帶來的收益，更應融入公司經營層面、市場層面及法 律層面等可能帶來的收益。如此，才能確實反應出技術的價值。 貳、技術價格的考量因素 技術是公司重要的智慧資產及買賣交易標的物，然而進行技術的交易所取決 的並不只是技術所創造的價值，而是買、賣雙方都能接受的交易「價格」。價格 是個客觀的數值，但要如何定下買賣雙方都能接受的價格。其可歸納出以下幾點： 1. 技術的創新性 2. 商品化之收益 3. 對市場造成的競爭性 4. 技術與產品的生命週期 5. 授權的家數與限制 (1).技術的創新性 具有創新性的技術才能帶動新的市場興起，且新的市場又會創造新的 需求，而新的需求又會刺激新技術的創新。因此，新的技術不但能創造出

一連串的附加價值，且又能刺激技術的創新。所以具有創新性的技術即具 有較高的市場價值，也隨之反應出較高的市場價值。 (2).商品化之收益 技術從研發到商品化需經歷一連串的市場考驗，而其商品化的結果更 左右了一項投資案的成功與否！每一個投資案都具有一定程度風險性，其 評估的方式即在於商品化所帶來的收益多寡，具有高收益的商品化技術， 即表示市場看好此技術的發展，這類具有高報酬的技術，其價值便反應在 其技術價格上。反之，較低收益的技術即不受市場看好，價格也隨之偏低。 (3) 對市場造成的競爭性 如果一項技術容易被競爭者的技術取代，該技術即不具市場的競爭 性。因為該技術所創造的價值容易受其他同質性的技術取代，而其所創造 的價值便無法突顯出該技術的存在價值。反之，如果一高競爭性的技術， 由於其所創造的價值並不是一般技術所能取代，如果能掌握該技術即表示 能掌控市場技術的發展。由於其對市場的影響性較高，其價格也相對較高。 (4). 技術與產品的生命週期 技術研究到商品化的過程是一段冗長的程序，每一階段都有其存在的 不確定性，而不確定性的高低缺深深影響到一技術的價格，不確定性越高 越讓人不易投入該技術的開發，如能降低技術的不確定性，即能有效哄抬 技術的價值。而技術或產品的不確性往往與其技術與產品的生命週期有 關，越接近成熟期的技術其具有的不確定性一定比在導入期的技術來得 低，相對的在成熟期的技術即具有較高的市場價格。 (5). 授權的家數與限制 物以稀為貴，越稀有的物品即具有越高的價格。反應到技術的授權 上，如果一技術授權的家數多且不具任何限制，則該技術所創造的價值隨 手可得，該技術所創造的價值即不具任何獨特性，而其價格也隨之降低。 相對的，如果一技術授權的家數越少且限制多，該技術就越容易提升對市 場的控制力，所以其價格也隨之水漲船高。 參、技術鑑價之發展 技術鑑價是個複雜且多層面的問題，如要一一釐清問題的爭點，需要先界定 鑑價的方向及鑑價的標的物，在此提出了兩個發展主軸： 一、從需求面來看或是供給面來看技術的價格 技術的鑑價需要多方面的資訊才能確實反應出技術的市場價值，然而資訊的 取得即是一困難的難題，為了能減化在鑑價過程中可能面對到的問題，大致可從

需求面或供給面來評鑑一技術的價格。需求面主要是從市場上的資訊為主，從該 技術可能獲得的未來收益、或是在市場成交的類似價格，去推敲市場對該技術的 評價。由於從需求面比較能將市場對該技術的評價反應出在價格上，所以也較市 場喜愛。然而若市場資訊不易取得，可以從供給方即是技術的提供者來看，從供 給方研發一技術所耗費的成本，可以概略了解如要買賣該技術至少需花費多少成 本才能購得該技術，但由於供給面往往忽略了技術所帶來的市場價值，所以較為 人垢病。 二、評鑑單一技術價值或是整體的無形資產價值 鑑價的標的物是單一技術或是整體的無形資產，這是需要釐清的一個問題。 如果評鑑的只是單一技術，我們所需觀注的焦點只需擺在該技術所創造的價值， 該技術創造多少獲利？提升多少生產力？只要我們能清處界定一技術真正貢獻 價值有多少，我們即能評鑑單一技術的價格。但若是評鑑一整體的無形資產，其 所考量的因素則不單單只是單一技術所創造的價值，而需將整個公司的運作、市 場的前景及外在的環境因素納入考量，其所考量的因素將極為複雜且多層面。如 能一一掌握個個層面間的影響，才能確實反應出整體的無形資產價值。 肆、技術鑑價原則 在考慮技術鑑價時，可分別從”成本”、”收益”、”交易的慣例”這三個計價觀 點切入。 （一）成本的觀點 主要分為”買方”與”賣方”兩個不同的基準。若根據賣方的成本來看，由 於以賣方過去投入的成本為技術鑑價的基準，通常所估算出來的價格可能會過於 偏高，且與現時的市場狀況不甚相符。而若以買方的觀點來看，則是從購入技術 的那一時點所需的成本為技術鑑價的依據，也就是以重置成本(replacement cost) 的觀念為基準，站在買方的觀點所估算出來的技術價值將會較為合理，因為它考 量的是在技術交易那一時點及未來的成本，而不是像賣方的觀點考慮的是過去的 成本。因此，採用”成本”為主要技術鑑價觀點時，通常是以買方的成本為鑑價的 基準。 （二）市場收益的觀點 一般來說，較少人採用成本的計價觀點，較常見的是採用”市場收益”為技術 鑑價的依據，此一觀點乃是依技術所能產生之未來收益來推算技術的價值，常見 的計算方式為將可歸屬於技術的未來收益折現，而技術的價值便是其折現值的總 合；或是以估計之未來營收乘上一定之百分比，來決定技術的價值，通常此百分 比是依據市場上交易的習慣來決定。所以，當以市場的收益為技術鑑價的基準時

常會與市場上交易的習慣一起考慮。 （三）交易習慣的觀點 此觀點是最常見的。此觀點是以市場上交易的慣例來作為技術鑑價的基準， 然後以市場收益乘上此基準來計算技術的價值。較常提到的有三個： (1) 25% Method (經驗法則)－ 乃以稅前毛利之 25%為權利金，此毛利 包括材料成本、勞力成本、製造成本及設備的折舊，但未考慮行銷成本及 管理成本。 (2) 產業習慣－ 即依照過去的統計數字為計算技術價值的依據，例如 以淨利的 2% ~ 5%為技術的價值。通常較成熟的產業會有較低的權利金比 率，台灣曾經統計過幾個產業的權利金比率，統計結果為 PC 產業所付的權 利金約營收的 1%以下、光電產業約營收的 6%、生物科技產業約 15%。而 在 1960 年代，聯合國也做過統計，其平均觀察的結果為企業的稅前盈餘中 有 25%~33%是技術的貢獻，也就是約 1/4 到 1/3 的稅前盈餘是因為技術所 產生。 (3) Established Royalty－ 即依已存在的權利金為技術鑑價的依據，考 量類似的技術及情況，來判定技術的價值。以美國的例子，通常這些權利 金比率可從法院的判例中找到。Reasonable royalty 則是在沒有相似例子下， 依據產業標準或雙方議價來討論出一個合理的權利金範圍。 由於技術通常具有獨特的性質，在市場上可能找不到相同的技術，每個 技術都有它一定的特質，因此採用交易慣例作技術鑑價時，較容易忽略每一技 術的差異性，但即使如此，任何技術在市場上交易的行為、習慣，應會有一定 的模式可以依循，所以依照交易慣例之計價觀點仍成為最常使用的一種方式。 伍、技術鑑價方法 基於不同的評估目的、可蒐集的評價資料，必需採用不同的計價方式。傳統 的技術鑑價方式主要有下列幾種：(1)成本法 (2)市場法 (3)收益法 (4)產業習 慣，而以選擇權的方式進行無形資產評鑑則是目前較新的理論。 （一）、成本法 以重置成本(replacement cost)的觀念為依據，新資產的價格相當於其在壽 命年限內所能貢獻的經濟價值，因此此價格(成本)即可作為技術的價值。一般 成本的算法有兩種，一是計算取得相同智慧財的成本，稱再生成本(cost of reproduction new，CRN)；另一則是計算取得具有相同功能的的成本，稱重置 成本(cost of replacement，COR)。

成本法計算的步驟：(1)計算該專利的再生成本(CRN)及重置成本(COR)， 並取其較小者，(2)扣除實體折舊(physical depreciation)與功能的退化(functional obsolescence)，(3)以上評估過程中皆由成本面考量，如果進一步考慮公平市場 價格(fair market value)，必須將經濟汰舊(economic obsolescence)反應在成本 中。成本法的計算公式，如下：

再生成本(CRN)或重置成本(COR) 減: 實體折舊(physical depreciation) 減: 功能汰舊(functional obsolescence) 減: 經濟汰舊(economic obsolescence) 等於: 市場價值(fair market value)

（二）、市場法 市場法主要運用的方法就是比較類似產業特性的專利、比較獲利能力類似 的專利、比較類似進入障礙的專利、比較具有類似成長率的專利…等，利用既有 的市場資訊去比較市場內類似的專利以訂出一技術價值。 依據有效市場的假說，市場法利用股價來反應企業的價值。其所假設的有 效市場是指市場是由許多具有理性、追求利潤極大且知道規避風險的投資者所組 成。且該有效市場存在的目的主要在尋求無形資產的價值，其無形資產包括有專 利、商標及 know-how…等。市場法有四個假設前提，(1)活絡的市場、(2)可參 考的交易資料、(3)價格資訊的取得、及(4)買賣雙方的連接。 （三）、收益法 收益法是以專利未來的收益為評估基準的方法，以其未來所能帶來的收益折 現，而專利的價值便是其折現值的總合。所謂收益是指資產在公司營運過程中可 用來獲得經濟利潤的效益，對企業經營來說，就是其生產產品出售取得的銷售收 入，減去生產成本、稅金和為生產及銷售支出的各項費用餘額。任何資產的價值 皆可以未來預期帶來的經濟收益折現成現值來表示。因此，要計算一專利的價值 可以該專利帶來的預期未來經濟貢獻之折現值客觀表達。 而如何計算一專利的未來收益？可假設在未來可獲利的年限內，每年該專利 都會替公司賺進一筆利潤，而當該利潤扣除執行的成本且呈現獲利的狀態，公司 將穫利一筆盈餘的現金。而在未來可獲利的年限內，每年該專利都會替公司賺進 一筆盈餘。亦即可想像成每年都有一筆現金流流入公司，而這一筆筆現金流即是 淨現金流(net cash flow)。因此採用收益法時，要考慮的主要為：(1)淨現金流量(net cash flow)、(2)未來預期獲利的期間(cash flow duration)、及(3)折現率(discount rate) 的決定。

（四）、日本專利計價方法 日本特許廳在 1972 年提出運用國有專利成果的專利計算方法，此一方法可 用於權利金率的一般行情不太明顯的情況，其觀念是收益法和產業習慣的綜合 體。計算公式表示如下。 實施費＝基本額 x 基準率 x 利用率 x 增減率 x 開拓率 基本上，上述公式是以收益法為基礎，乘上基準率，此基準率就是權利金 比率，一般產業的習慣為 2％~4%。若此率不甚明確，另一種計價方式，可以利 用技術所創造的附加價值，乘上 10％~20%。 「利用率」指產品的生產依賴此技術的程度，此率的範圍是 0~100%，若此 技術為此產品之關鍵技術，對於生產是不可缺少，則利用率可設為 100%。「增減 率」是日本政府在進行公共部門技術移轉時，依當時之政策考慮與環境予以增減 技術移轉價格之變數，其範圍為 50~150%。「開拓率」指在市場開發時還需要投 入金額的多寡相較於研發投資的比率，目的也是在調整技術價格，此率的範圍是 50~100％。 （五）、選擇權計價模式 一、選擇權的理論 Black 和 Scholes 在推導整個模型前，做了以下的基本假設： 1. 資本市場為一個完美的市場。 2. 標的證券為零漏損資產，買權為歐式買權。 3. 在買權存續期間的利率為常數，股票報酬的變異數亦為常數。 4. 股價是連續的，不會有跳動現象。 5. 股票報酬具有對數常態分配性質。 Black 和 Scholes 的選擇權估價公式 ) 2 ( ) 1 (d Ke N d SN C= − −rT T T r K S In d σ σ ) 5 . 0 ( 1 2 + + = T d d2= 1−σ C：表示該選擇權價值（權利金） S：表示該選擇權所對應之股票的現值 K：表示選擇權之執行價格

T：表示選擇權之執行時間 R：表示一預定利率 σ：表示該股票價格之標準差 二、選擇權鑑價法之基本精神為將計畫未來之變動風險考量在鑑價之內 選擇權鑑價法是將技術或專利的購買或移轉對應到選擇權理論，購買或授 權一項技術或專利，係取得以後可以在一段時間投入一定生產成本、生產某一產 品、並進而銷售該產品的權利。就技術買賣或技術授權而言，此種「選擇權」只 有在後續產品開發成功而且市場銷售有利可圖的狀況下才會被「執行」。 選擇權的評價模式與習知的市場法、成本法及收益法最大的不同，在於選 擇權具備的選擇權利，它具有選擇執行與放棄執行的權利。就一般選擇權理論， 購買一買權選擇權(call option)係取得日後可以在一特定時間、用一定之執行價 (executive price)、取得某一種股票的權利。而該買權選擇權只有在該特定時間該 股票的市價大於執行價時，選擇權持有人才會執行(execute)此選擇權，反之則會 放棄執行的權利。而購買或授權一項技術或專利，係取得以後，可以在一段時間 投入一定生產成本、生產某一產品，並進而銷售該產品的權利。就技術買賣或技 術授權而言，此種「選擇權」只有在後續產品開發成功，而且市場銷售有利可圖 之狀況下才會被「執行」。因此，選擇權與專利或技術的授權兩者間有相類似之 處，如果將技術或專利授權對應到選擇權理論，則選擇權的價值如同該技術或專 利的價值，而選擇權的執行價或履約價格如同被授權人或技術買受人因要達到量 產所需再投入的費用，包含建廠成本與營業費用與成本等，而選擇權的到期日如 同被授權人或技術買受人因要達到量產所需的時間。

陸、各種計價方式之比較 評價 方法 基本原理與基礎 評價方式 優點 缺點 適用時機 市 場 法 有效市場的假設 (專利的公平的 市場價格存在) 找尋市場上既 有類似的交易 價格作為比較 的基點，藉由 兩相比較以得 出一合理的價 格 1.屬較簡便的方 法，並能直接反應 市場價格 2.單純性具有說 服力 1.很難找到合適的比 較對象 2.收益性之考慮不足 3.既定契約所發生的 錯誤會延伸至後續之 合約者 4.對經濟環境之變動 亦無法適時對應 1.需有一資訊充分公 開的交易市場 2.可找到類似資產的 舊有交易價格，且其 與欲評價資產具有可 比較性 3.能充份獲得價錢的 資訊 成 本 法 隱含假設智慧財 產之購買或自行 開發成本應不低 於智慧財產所能 帶來的經濟價值 利用歷史資 料，找出相關 成本花費或由 歷史資料找出 一個趨勢來預 測成本。 利用所定義的 再生成本或重 置成本來當作 成本計價的基 礎 可參考現有的專 利成本資料進行 評估 1.未考慮到專利資產 真正的經濟效益與技 術經濟年限 2.未將風險的概念納 入考量 3.對於折舊項目及金 額量化的問題 4.歷史成本的紀錄取 得不易 1.研發成本之回收 2.成本的攤銷(主要用 於會計和稅務上) 收 益 法 理論基礎為期望 原理 資產價值為在 資產壽命年限 內所獲得經濟 上收益的現值 1.反應出專利資 產的經濟效益與 存續年限 2.除了時間因素 的考量，並納入了 風險的概念 財務預測的假設容易 落入過於主觀的爭議 把專利技術當成一種 獲利的能力，專利的 價值高低和實施之後 所帶來的超額經濟利 益一致