Top PDF 基因的性質及基因體

Evidence That DNA Can Transform Bacteria • The discovery of the genetic role of DNA began with research by Frederick Griffith in 1928 • Griffith worked with two strains of a bacterium, o[r]

Gas7-cb 產生的蛋白包含 320 個月安 基酸，分子量約 38kDa，分別表現在大腦和 小腦。初步的實驗已證實 Gas7 蛋白可與 F-actin 直接作用，而且大量表現 Gas7 蛋白可以促進神經母細胞的 neurite-like 生長情形。為了解 Gas7 蛋白在活體內的 功能，我們發展出其基因剔除鼠的模式。我亦藉由南方吸漬墨點法篩選到 Gas7

生長休止基因基因體分析，載體構築及篩選剔除生長休止基因的老鼠 生長休止基因 7 和 8 ， ( 簡稱 Gas7 and Gas8) ，是利用基因捕捉法從進入生長休止狀態 的小鼠纖維母細胞中篩選出來的。 Gas7 ，已有報告指出會表現在大腦皮層，海馬迴， 和小腦。在小鼠中發現兩種不同的 mRNA 存在，分別是 Gas7 及 Gas7 isoform ： Gas7- cb 。 Gas7 產生的蛋白包含 421 個月安 基酸，分子量約 48kDa ； Gas7-cb 產生的蛋白 包含 320 個月安 基酸，分子量約 38kDa ，分別表現在大腦和小腦。初步的實驗已證實 Gas7 蛋白可與 F-actin 直接作用，而且大量表現 Gas7 蛋白可以促進神經母細胞的 neurit e-like 生長情形。為了解 Gas7 蛋白在活體內的功能，我們發展出其基因剔除鼠的模式。

水平基因轉移在原核生物及部分的真核生物演化中扮演重要的角色，不同於 一般有性的遺傳物質轉移，水平基因轉移是一個遺傳物質轉移至不同物種的過程， 在原核生物中，水平基因轉移事件發生頻繁且原核生物常經由此過程增加對於環 境的適應力，最廣為被人提及的病人產生抗藥性的事件就是屬於基因轉移發生的 案例。在現在這個基因體大量被解碼的時代中，水平基因轉移事件逐漸被發現，

Gas7-cb 產生的蛋白包含 320 個月安 基酸，分子量約 38kDa，分別表現在大腦 和小腦。初步的實驗已證實 Gas7 蛋白可與 F-actin 直接作用，而且大量表現 Gas7 蛋白可以促進神經母細胞的 neurite-like 生長情形。為了解 Gas7 蛋白在活體內的 功能，我們發展出其基因剔除鼠的模式。我亦藉由南方吸漬墨點法篩選到 Gas7 的基因剔除鼠。並整理出此老鼠的譜系，及目前的代數。接著將 Gas7 基因剔除 鼠和野生型的 B6 老鼠做交配，以期得到純品系的 Gas7 基因剔除鼠。希望能夠 更明顯的看到老鼠的表型。

一、中文摘要 葉綠體存在於所有綠色植物體內，為 進行光合作用的場所。然而有些被子植物 喪失光合作用的能力，成為全寄生或腐生 的植物。這些非光合作用植物卻仍然保有 一個縮減的質體基因組，其中大部分與光 合作用相關的基因，如rbcL等，都已丟失 或成為偽基因(pseudogene) 。本計畫即以 九種台灣的非綠色被子植物為材料，進行 其質體基因的分析，探討質體基因的演 化。結果共獲得九條18S rDNA、七條16S rDNA序 列 ， 並 依 據 其 序 列 進 行 譜 系 分 析。另外穗花蛇菰、無根藤和列當均利用 PCR得到接近全長的rbcL與matK序列。但 是在菟絲子中只得到rbcL，而野菰只能得 到matK的序列。而RT-PCR的結果顯示菟 絲子的rbcL有微量表現，應具有些微光合 作用能力。

成大研發快訊 - 文摘 成大研發快訊 第三十卷 第四期 - 2016年四月一日 [ http://research.ncku.edu.tw/re/articles/c/20160401/3.html ] 全基因體分析顯示PTEN及TNC為Oct4所調控肺癌惡化 及抗藥性的新穎下游基因

基因演算法應用於骨質疏鬆症之不同染色體基因多型性群之關聯性分析 楊正宏 a 何長軒 a 温政浩 b 張學偉 b 莊麗月 c a 高雄應用科技大學 電子工程系 b 高雄醫學大學 生物醫學暨環境生物學系

一、中文摘要 關鍵詞: 致病原, 神經壞死病毒, 原發性之免疫反應, 功能性基因體學, 抗菌 基因 臺灣四面環海，漁業一直是重要產業。然而，水產養殖產業之魚病的 防治又是一個重要課題。尤其，是在高經濟魚種的石斑魚身上，尤顯重要。

我們之前已發展出一個網路伺服器的工具稱為OGtree，其可以讓使用者 根據兩兩原核生物基因體間的重疊基因距離來建構原核生物的基因體 樹。類似於基因內容與基因次序的研究，我們結合重疊基因內容(即兩 個基因體之間共有的直向同源重疊基因對的平均數)與次序(即兩個基 因體之間平均的重疊基因斷點距離)定義出兩個基因體之間的重疊基因 距離。但在利用斷點距離來定義重疊基因距離時有一個缺點，即無法將 其應用在多染色體的基因體並計算出他們的重疊基因距離。除此之外，

人類間質幹細胞最初是由成人骨髓中所分離而得。在近年來的研究中，科學家從 成人其他組織也成功分離具有骨髓間質幹細胞特性的細胞族群。間質幹細胞在人 體中藉由分泌許多細胞生長因子，維持組織正常功能與再生修復。並且藉由提供 細胞外基質成分、分泌驅化因子，提供人體其他幹細胞/前驅細胞族群微環境並 且驅回該組織進行修復的正常機制。過去的研究發現由不同組織分離出的間質幹 細胞表現有相似的細胞表面分子，以及多重分化為中胚層結締組織細胞類型的能 力。然而對於不同組織來源的間質幹細胞特性以及功能差異卻很少被研究探討。

人類骨髓及脂肪間質幹細胞功能性基因體比對分析 人類間質幹細胞最初是由成人骨髓中所分離而得。在近年來的研究中，科學家從成人其他組織也成 功分離具有骨髓間質幹細胞特性的細胞族群。間質幹細胞在人體中藉由分泌許多細胞生長因子，維 持組織正常功能與再生修復。並且藉由提供細胞外基質成分、分泌驅化因子，提供人體其他幹細胞 / 前驅細胞族群微環境並且驅回該組織進行修復的正常機制。過去的研究發現由不同組織分離出的間 質幹細胞表現有相似的細胞表面分子，以及多重分化為中胚層結締組織細胞類型的能力。然而對於 不同組織來源的間質幹細胞特性以及功能差異卻很少被研究探討。為了更進一步了解組織間質幹細 胞分子層面上的差異，本實驗利用人類互補去氧核糖核酸微矩陣列分析以及半定量反轉錄聚合酶連 鎖反應，就脂肪組織間質幹細胞與骨髓間質幹細胞，從事基因體表現比較分析。就多重分化路徑相 關基因以及胚胎早期基因的表現比較，我們發現兩者在這些基因表現上的程度相近，反應脂肪間質 幹細胞與骨髓間質幹細胞具有類同之細胞原始性及分化潛能。這樣的結果與體外分化培養所觀察到 的結果符合。我們更進一步由晶片實驗的結果蒐集各別高度差異表現的基因作比對分析得知，這些 表達差異基因主要包含生長因子、細胞激素、細胞表面分子、細胞外基質分子、以及受器，顯示脂 肪間質幹細胞與骨髓間質幹細胞主要的特性差異可能在於細胞與細胞之間、細胞與微環境之間的調 控功能。本實驗確認數個細胞激素 / 生長因子基因在脂肪間質幹細胞與骨髓間質幹細胞有許多顯著 差異的基因表現：骨髓間質幹細胞在 LIF, SDF-1, BMP-4, PlGF-1, PlGF-2, HGF, HB-EGF, Jagged-1 基 因表現明顯高於脂肪間質幹細胞。也初步利用 Western blottong 確認 LIF, SDF-1, HGF 在蛋白質表現 量上的差異。說明了這些差異因子可能造成骨髓以及脂肪來源的間質幹細胞在調控其他幹原 / 前驅 細胞回歸機制以及對於造血以及血管新生過程的輔助能力上有所差異。此外，骨髓間質幹細胞以及 脂肪間質幹細胞各自表現較高的 MMP-9 以及 MMP-1 ，此為胞外基質成分重組所需的蛋白切割酵素

九種蝴蝶蘭原生種進行 rDNA 實質定位的結果，P. fasciata、P. mariae、P. pallens、P. lueddemanniana、P. bastianii 及 P. pulchra 各 具一對 5S rDNA 及 45S rDNA 基因座，且均位於小型染色體的末 端；然而 P. amboinensis、P. venosa 和 P. violacea 卻各具有 1、1、2 對 5S rDNA 基因座及 7、5、4 對 45S rDNA 基因座，且 5S rDNA 皆 位於大型染色體，而 45S rDNA 則大都位於小型染色體的末端，僅 少部份出現在中型染色體的末端 ( 表 5)，顯示兩群植物有明顯差 異。過去高 (2001) 曾利用 5S rDNA 之 IGS 序列分析 28 種蝴蝶蘭原 生種，結果 P. fasciata、P. mariae、P. pallens、P. lueddemanniana 及 P. pulchra 歸為一群，而 P. amboinensis、P. venosa 與 P. violacea 則 屬於另一群。Tsai 等人 (2006) 利用 45S rDNA 的 ITS 序列建立親缘 關係樹亦將此九物種分為兩群。再綜合 rDNA 實質定位、染色體形 態以及 DNA 的含量，均有助於此 9 種蝴蝶蘭在親緣關係上的確 認。

1.認知面：[使學生理解、應用、分析、綜合、比較、推論、評估本課程之理論與概念]： 讓學生瞭解後基因體時代基因體學最新之知識及培養研究之能力。 2.技能面[使學生能獲得運用與實做本課程理論與概念之技巧]： 讓學生對基因體學有初步瞭解，並且可充分利用Internet之資源解問題。

種以上的次單元所構成的複合體，hetero-complexes）及同複合體（單體或是單一 種次單元所構成的複合體，homo-complexes）之間存在明顯的差異。然而，基因 的可移除性則是隨著蛋白質複合體次單元種類數目的增加而逐漸降低。這代表劑 量平衡假說（dosage balance hypothesis）雖然能夠解釋蛋白質複合體的基因可複 製性，卻無法完美的解釋不同的異複合體之間基因可移除性的差異。可能的情況 是當一個異複合體次單元基因被剔除的時候，整個複合體的功能都會受到影響。

由比較祖先型核質體 DNA 與現生核質體 DNA 的 rps8 基因，我們發現現生核質體 DNA 的 rps8 基因轉譯起始碼子包含了一個 C 變成 U 的 RNA 修飾。我們的研究進 一步的指出紅豆杉科植物的色質體基因組大約在白堊紀就已經轉移到核基因組 中，這些核質體 DNA 不僅保留了祖先型色質體基因組排列方式與核酸組成，也提 供了線索，讓我們可以瞭解與研究針葉樹色質體基因組的演化過程。

行政院國家科學委員會專題研究計畫成果報告 非小細胞肺癌之微衛星體複製突變與核酸修補基因(hMSH2基因及 hOGG1基因)發生基因變異之相關聯姓 Microsatellite Instability and Genetic Alteratin of Two DNA Repair Genes – hMSH2 Gene and hOGG1 Gene in Non-Small Cell Lung Cancer

隨著DNA定序技術的進步，越來越多物種的完整基因體序列變得更 容易取得。因此，藉由完整基因體來建構出物種之間的演化樹，將有助 於了解物種演化的親屬關係。除了以序列為主的方法之外，還有利用整 個基因體基因內容和基因次序，這些都能被用來建構出更準確和穩定的 演化樹。然而已有文獻指出，只利用基因內容或基因次序來建構微生物 的基因體樹可能是不合適的。為了克服這個問題，Luo所屬的研究團隊 最近提出一個利用重疊基因的內容來建構出細菌演化樹的新方法。所謂 的重疊基因是指在染色體位置相鄰的兩個基因，它們的序列會部份或全 部重疊。實際上，重疊基因在微生物的基因體上是非常普遍的，而且他 們比非重疊基因在演化上是更具有保留性的，這意味著重疊基因在微生 物中是比非重疊基因更適合當作建構物種演化關係的特徵。事實上，物 種的基因在演化過程中是會很容易地發生基因體的重組，這導致了即使 在兩個親屬關係很近的物種上，他們之間的直向同源基因的次序可能會 不同，這當然也會造成他們之間的直向同源重疊基因的次序也會不同。

香米、糯性及低直鏈澱粉含量等具有相當變異性之族群。配合近遠紅外光分析儀（NIR）快 速分析技術，可對蛋白質進行實際育種上的分析和操作，並提高選拔效率（Villareal et al., 1994；Delwiche et al., 1996） ，唯對此些蛋白質的生理功能所知則相當有限。 近年來植物功能性基因組 functional genomics 的研究中，蛋白質體研究上也發展出 proteomics 的觀念，及利用更精細之 2D 雙向電泳及 LC/MS/MS 或 Q-TOF 等定序技術，可篩 選出在某發育生理作用或對環境反應過程中差異表現（differential expressed）的蛋白質，並依 其序列推論它們的功能。本研究室目前已建立各種儲藏性蛋白質的分析方法，包括電泳及逆 向色層分析（RP-HPLC），亦建立多個品種稻米蛋白質圖譜，並確認此圖譜上 50 點以上之蛋 白質種類，包括合成直鏈澱粉之主要酵素及主要儲存性蛋白質 prolamin 及 glutelin 群分子（Lin et al., 2003） 。本研究室擬利用此已建立的蛋白質研究技術，篩選前述之誘變族群，期望能篩 選出具特殊蛋白質性質之品系，開發出新的基因型（育種材料）或品種。

上游及 3’UTR 下游多餘的 DNA 序列進行刪除（deletion） ，留下多餘的基因 序列（請參照表三） 。在蛋白質合成出來後，即便合成出完整的登革熱病毒， 感染到下一個細胞，但由於 5’及 3’UTR 兩側多出來的 RNA 序列，可能影 響 RdRp 與 RNA 的結合，干擾 RNA 的複製，使得病毒不具感染性。根據 稍早文獻指出， RNA 病毒的 5’及 3’端若存在有非病毒本身的核苷酸會大幅 減少病毒的感染力（infectivity） ，並推測這些多出的核苷酸可能會妨礙 RNA 的合成。至於影響的程度，則與非病毒本身核苷酸的序列、長度及病毒的 種類有關(Boyer et al., 1994)。在 Kunjun virus（同屬 flavivirus）的研究中指 出，在 3’UTR 後面加上一個 HDVr（hepatitis delta virus ribozyme），將多餘 的 RNA 切除，可以使整個感染率上升大約 2.6 倍(Liu et al., 2003)。關於 flavivirus 在 5’端的非病毒序列與病毒感染力的分析，並沒有查詢到相關的 文獻記載；但過去在設計病毒感染性質體時，皆採取直接在啟動子後方加 上 5’端的病毒序列，減少 5’端的非病毒序列的生成。雖然多餘的 3’端的非 病毒序列並不至於造成病毒感染力完全喪失，但亦無法排除 5’端的非病毒 序列或者 5’與 3’端的非病毒序列同時存在時，使得病毒感染力喪失的可能 性。