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基因的性質及基因體

基因的性質及基因體

Evidence That DNA Can Transform Bacteria • The discovery of the genetic role of DNA began with research by Frederick Griffith in 1928 • Griffith worked with two strains of a bacterium, o[r]

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生長休止基因基因體分析,載體構築及篩選剔除生長休止基因的老 鼠

生長休止基因基因體分析,載體構築及篩選剔除生長休止基因的老 鼠

Gas7-cb 產生蛋白包含 320 個月安 基酸,分子量約 38kDa,分別表現在大腦和 小腦。初步實驗已證實 Gas7 蛋白可與 F-actin 直接作用,而且大量表現 Gas7 蛋白可以促進神經母細胞 neurite-like 生長情形。為了解 Gas7 蛋白在活 功能,我們發展出其基因剔除鼠模式。我亦藉由南方吸漬墨點法篩選到 Gas7

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生長休止基因基因體分析,載體構築及篩選剔除生長休止基因的老鼠

生長休止基因基因體分析,載體構築及篩選剔除生長休止基因的老鼠

生長休止基因基因分析,載構築篩選剔除生長休止基因老鼠 生長休止基因 7 和 8 , ( 簡稱 Gas7 and Gas8) ,是利用基因捕捉法從進入生長休止狀態 小鼠纖維母細胞中篩選出來。 Gas7 ,已有報告指出會表現在大腦皮層,海馬迴, 和小腦。在小鼠中發現兩種不同 mRNA 存在,分別是 Gas7 Gas7 isoform : Gas7- cb 。 Gas7 產生蛋白包含 421 個月安 基酸,分子量約 48kDa ; Gas7-cb 產生蛋白 包含 320 個月安 基酸,分子量約 38kDa ,分別表現在大腦和小腦。初步實驗已證實 Gas7 蛋白可與 F-actin 直接作用,而且大量表現 Gas7 蛋白可以促進神經母細胞 neurit e-like 生長情形。為了解 Gas7 蛋白在活功能,我們發展出其基因剔除鼠模式。
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Aspergillus屬中的水平基因轉移及基因體中的GC變化

Aspergillus屬中的水平基因轉移及基因體中的GC變化

水平基因轉移在原核生物部分真核生物演化中扮演重要角色,不同於 一般有遺傳物轉移,水平基因轉移是一個遺傳物轉移至不同物種過程, 在原核生物中,水平基因轉移事件發生頻繁且原核生物常經由此過程增加對於環 境適應力,最廣為被人提及病人產生抗藥事件就是屬於基因轉移發生 案例。在現在這個基因大量被解碼時代中,水平基因轉移事件逐漸被發現,
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生長休止基因基因體分析,載體構築及篩選剔除生長休止基因的老鼠

生長休止基因基因體分析,載體構築及篩選剔除生長休止基因的老鼠

Gas7-cb 產生蛋白包含 320 個月安 基酸,分子量約 38kDa,分別表現在大腦 和小腦。初步實驗已證實 Gas7 蛋白可與 F-actin 直接作用,而且大量表現 Gas7 蛋白可以促進神經母細胞 neurite-like 生長情形。為了解 Gas7 蛋白在活 功能,我們發展出其基因剔除鼠模式。我亦藉由南方吸漬墨點法篩選到 Gas7 基因剔除鼠。並整理出此老鼠譜系,目前代數。接著將 Gas7 基因剔除 鼠和野生型 B6 老鼠做交配,以期得到純品系 Gas7 基因剔除鼠。希望能夠 更明顯看到老鼠表型。
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非光合作用被子植物質體基因研究

非光合作用被子植物質體基因研究

一、中文摘要 葉綠存在於所有綠色植物內,為 進行光合作用場所。然而有些被子植物 喪失光合作用能力,成為全寄生或腐生 植物。這些非光合作用植物卻仍然保有 一個縮減基因組,其中大部分與光 合作用相關基因,如rbcL等,都已丟失 或成為偽基因(pseudogene) 。本計畫即以 九種台灣非綠色被子植物為材料,進行 其基因分析,探討基因演 化。結果共獲得九條18S rDNA、七條16S rDNA序 列 , 並 依 據 其 序 列 進 行 譜 系 分 析。另外穗花蛇菰、無根藤和列當均利用 PCR得到接近全長rbcL與matK序列。但 是在菟絲子中只得到rbcL,而野菰只能得 到matK序列。而RT-PCR結果顯示菟 絲子rbcL有微量表現,應具有些微光合 作用能力。
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全基因體分析顯示PTEN及TNC為Oct4所調控肺癌惡化及抗藥性的新穎下游基因

全基因體分析顯示PTEN及TNC為Oct4所調控肺癌惡化及抗藥性的新穎下游基因

成大研發快訊 - 文摘 成大研發快訊 第三十卷 第四期 - 2016年四月一日 [ http://research.ncku.edu.tw/re/articles/c/20160401/3.html ] 全基因分析顯示PTENTNC為Oct4所調控肺癌惡化 抗藥新穎下游基因

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基因演算法應用於骨質疏鬆症之不同染色體基因多型性群之關聯性分析

基因演算法應用於骨質疏鬆症之不同染色體基因多型性群之關聯性分析

基因演算法應用於骨疏鬆症之不同染色基因多型群之關聯分析 楊正宏 a 何長軒 a 温政浩 b 張學偉 b 莊麗月 c a 高雄應用科技大學 電子工程系 b 高雄醫學大學 生物醫學暨環境生物學系

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石斑魚優質種苗之功能性基因研究-石斑魚致病原之原發性免疫反應的功能性基因體研究

石斑魚優質種苗之功能性基因研究-石斑魚致病原之原發性免疫反應的功能性基因體研究

一、中文摘要 關鍵詞: 致病原, 神經壞死病毒, 原發之免疫反應, 功能性基因學, 抗菌 基因 臺灣四面環海,漁業一直是重要產業。然而,水產養殖產業之魚病 防治又是一個重要課題。尤其,是在高經濟魚種石斑魚身上,尤顯重要。

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使用重疊基因建構原核生物的基因體樹

使用重疊基因建構原核生物的基因體樹

我們之前已發展出一個網路伺服器工具稱為OGtree,其可以讓使用者 根據兩兩原核生物基因重疊基因距離來建構原核生物基因 樹。類似於基因內容與基因次序研究,我們結合重疊基因內容(即兩 個基因之間共有直向同源重疊基因平均數)與次序(即兩個基 因之間平均重疊基因斷點距離)定義出兩個基因之間重疊基因 距離。但在利用斷點距離來定義重疊基因距離時有一個缺點,即無法將 其應用在多染色基因並計算出他們重疊基因距離。除此之外,
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人類骨髓及脂肪間質幹細胞功能性基因體比對分析

人類骨髓及脂肪間質幹細胞功能性基因體比對分析

人類間幹細胞最初是由成人骨髓中所分離而得。在近年來研究中,科學家從 成人其他組織也成功分離具有骨髓間幹細胞特性細胞族群。間幹細胞在人 中藉由分泌許多細胞生長因子,維持組織正常功能與再生修復。並且藉由提供 細胞外基成分、分泌驅化因子,提供人其他幹細胞/前驅細胞族群微環境並 且驅回該組織進行修復正常機制。過去研究發現由不同組織分離出幹 細胞表現有相似細胞表面分子,以及多重分化為中胚層結締組織細胞類型能 力。然而對於不同組織來源幹細胞特性以及功能差異卻很少被研究探討。
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人類骨髓及脂肪間質幹細胞功能性基因體比對分析

人類骨髓及脂肪間質幹細胞功能性基因體比對分析

人類骨髓脂肪間幹細胞功能性基因比對分析 人類間幹細胞最初是由成人骨髓中所分離而得。在近年來研究中,科學家從成人其他組織也成 功分離具有骨髓間幹細胞特性細胞族群。間幹細胞在人中藉由分泌許多細胞生長因子,維 持組織正常功能與再生修復。並且藉由提供細胞外基成分、分泌驅化因子,提供人其他幹細胞 / 前驅細胞族群微環境並且驅回該組織進行修復正常機制。過去研究發現由不同組織分離出幹細胞表現有相似細胞表面分子,以及多重分化為中胚層結締組織細胞類型能力。然而對於 不同組織來源幹細胞特性以及功能差異卻很少被研究探討。為了更進一步了解組織間幹細 胞分子層面上差異,本實驗利用人類互補去氧核糖核酸微矩陣列分析以及半定量反轉錄聚合酶連 鎖反應,就脂肪組織間幹細胞與骨髓間幹細胞,從事基因表現比較分析。就多重分化路徑相 關基因以及胚胎早期基因表現比較,我們發現兩者在這些基因表現上程度相近,反應脂肪間 幹細胞與骨髓間幹細胞具有類同之細胞原始分化潛能。這樣結果與外分化培養所觀察到 結果符合。我們更進一步由晶片實驗結果蒐集各別高度差異表現基因作比對分析得知,這些 表達差異基因主要包含生長因子、細胞激素、細胞表面分子、細胞外基分子、以及受器,顯示脂 肪間幹細胞與骨髓間幹細胞主要特性差異可能在於細胞與細胞之間、細胞與微環境之間調 控功能。本實驗確認數個細胞激素 / 生長因子基因在脂肪間幹細胞與骨髓間幹細胞有許多顯著 差異基因表現:骨髓間幹細胞在 LIF, SDF-1, BMP-4, PlGF-1, PlGF-2, HGF, HB-EGF, Jagged-1 基 因表現明顯高於脂肪間幹細胞。也初步利用 Western blottong 確認 LIF, SDF-1, HGF 在蛋白表現 量上差異。說明了這些差異因子可能造成骨髓以及脂肪來源幹細胞在調控其他幹原 / 前驅 細胞回歸機制以及對於造血以及血管新生過程輔助能力上有所差異。此外,骨髓間幹細胞以及 脂肪間幹細胞各自表現較高 MMP-9 以及 MMP-1 ,此為胞外基成分重組所需蛋白切割酵素
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三種蝴蝶蘭屬植物核糖體 RNA 基因的實質定位

三種蝴蝶蘭屬植物核糖體 RNA 基因的實質定位

九種蝴蝶蘭原生種進行 rDNA 實定位結果,P. fasciata、P. mariae、P. pallens、P. lueddemanniana、P. bastianii P. pulchra 各 具一對 5S rDNA 45S rDNA 基因座,且均位於小型染色末 端;然而 P. amboinensis、P. venosa 和 P. violacea 卻各具有 1、1、2 對 5S rDNA 基因 7、5、4 對 45S rDNA 基因座,且 5S rDNA 皆 位於大型染色,而 45S rDNA 則大都位於小型染色末端,僅 少部份出現在中型染色末端 ( 表 5),顯示兩群植物有明顯差 異。過去高 (2001) 曾利用 5S rDNA 之 IGS 序列分析 28 種蝴蝶蘭原 生種,結果 P. fasciata、P. mariae、P. pallens、P. lueddemanniana P. pulchra 歸為一群,而 P. amboinensis、P. venosa 與 P. violacea 則 屬於另一群。Tsai 等人 (2006) 利用 45S rDNA ITS 序列建立親缘 關係樹亦將此九物種分為兩群。再綜合 rDNA 實定位、染色形 態以及 DNA 含量,均有助於此 9 種蝴蝶蘭在親緣關係上確 認。
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基因體學

基因體學

1.認知面:[使學生理解、應用、分析、綜合、比較、推論、評估本課程之理論與概念]: 讓學生瞭解後基因時代基因學最新之知識培養研究之能力。 2.技能面[使學生能獲得運用與實做本課程理論與概念之技巧]: 讓學生對基因學有初步瞭解,並且可充分利用Internet之資源解問題。

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酵母菌基因體的演化分析研究

酵母菌基因體的演化分析研究

種以上次單元所構成複合,hetero-complexes)同複合(單或是單一 種次單元所構成複合,homo-complexes)之間存在明顯差異。然而,基因 可移除則是隨著蛋白複合次單元種類數目增加而逐漸降低。這代表劑 量平衡假說(dosage balance hypothesis)雖然能夠解釋蛋白複合基因可複 製,卻無法完美解釋不同異複合之間基因可移除差異。可能情況 是當一個異複合次單元基因被剔除時候,整個複合功能都會受到影響。
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紅豆杉科與傘松科植物色質體基因組分析:洞悉其核質
體DNA 與重組基因群

紅豆杉科與傘松科植物色質體基因組分析:洞悉其核質 體DNA 與重組基因群

由比較祖先型核 DNA 與現生核 DNA rps8 基因,我們發現現生核 DNA rps8 基因轉譯起始碼子包含了一個 C 變成 U RNA 修飾。我們研究進 一步指出紅豆杉科植物基因組大約在白堊紀就已經轉移到核基因組 中,這些核 DNA 不僅保留了祖先型色基因組排列方式與核酸組成,也提 供了線索,讓我們可以瞭解與研究針葉樹色基因演化過程。
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非小細胞肺癌之微衛星體複製突變與核酸修補基因 (HMSH2基因及HOGG1基因) 發生基因變異之相關聯性(I)

非小細胞肺癌之微衛星體複製突變與核酸修補基因 (HMSH2基因及HOGG1基因) 發生基因變異之相關聯性(I)

行政院國家科學委員會專題研究計畫成果報告 非小細胞肺癌之微衛星複製突變與核酸修補基因(hMSH2基因 hOGG1基因)發生基因變異之相關聯姓 Microsatellite Instability and Genetic Alteratin of Two DNA Repair Genes – hMSH2 Gene and hOGG1 Gene in Non-Small Cell Lung Cancer

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利用重疊基因建構原核生物的基因體樹之研究

利用重疊基因建構原核生物的基因體樹之研究

隨著DNA定序技術進步,越來越多物種完整基因序列變得更 容易取得。因此,藉由完整基因來建構出物種之間演化樹,將有助 於了解物種演化親屬關係。除了以序列為主方法之外,還有利用整 個基因基因內容和基因次序,這些都能被用來建構出更準確和穩定 演化樹。然而已有文獻指出,只利用基因內容或基因次序來建構微生物 基因樹可能是不合適。為了克服這個問題,Luo所屬研究團隊 最近提出一個利用重疊基因內容來建構出細菌演化樹新方法。所謂 重疊基因是指在染色位置相鄰兩個基因,它們序列會部份或全 部重疊。實際上,重疊基因在微生物基因上是非常普遍,而且他 們比非重疊基因在演化上是更具有保留,這意味著重疊基因在微生 物中是比非重疊基因更適合當作建構物種演化關係特徵。事實上,物 種基因在演化過程中是會很容易地發生基因重組,這導致了即使 在兩個親屬關係很近物種上,他們之間直向同源基因次序可能會 不同,這當然也會造成他們之間直向同源重疊基因次序也會不同。
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利用基因體技術研發特殊用途性質稻米品系(1/3)

利用基因體技術研發特殊用途性質稻米品系(1/3)

香米、糯低直鏈澱粉含量等具有相當變異之族群。配合近遠紅外光分析儀(NIR)快 速分析技術,可對蛋白進行實際育種上分析和操作,並提高選拔效率(Villareal et al., 1994;Delwiche et al., 1996) ,唯對此些蛋白生理功能所知則相當有限。 近年來植物功能性基因組 functional genomics 研究中,蛋白研究上也發展出 proteomics 觀念,利用更精細之 2D 雙向電泳 LC/MS/MS 或 Q-TOF 等定序技術,可篩 選出在某發育生理作用或對環境反應過程中差異表現(differential expressed)蛋白,並依 其序列推論它們功能。本研究室目前已建立各種儲藏蛋白分析方法,包括電泳逆 向色層分析(RP-HPLC),亦建立多個品種稻米蛋白圖譜,並確認此圖譜上 50 點以上之蛋 白種類,包括合成直鏈澱粉之主要酵素主要儲存蛋白 prolamin glutelin 群分子(Lin et al., 2003) 。本研究室擬利用此已建立蛋白研究技術,篩選前述之誘變族群,期望能篩 選出具特殊蛋白之品系,開發出新基因型(育種材料)或品種。
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探討登革熱二型病毒PL046之質體建構及報導基因的選擇

探討登革熱二型病毒PL046之質體建構及報導基因的選擇

上游 3’UTR 下游多餘 DNA 序列進行刪除(deletion) ,留下多餘基因 序列(請參照表三) 。在蛋白合成出來後,即便合成出完整登革熱病毒, 感染到下一個細胞,但由於 5’ 3’UTR 兩側多出來 RNA 序列,可能影 響 RdRp 與 RNA 結合,干擾 RNA 複製,使得病毒不具感染。根據 稍早文獻指出, RNA 病毒 5’ 3’端若存在有非病毒本身核苷酸會大幅 減少病毒感染力(infectivity) ,並推測這些多出核苷酸可能會妨礙 RNA 合成。至於影響程度,則與非病毒本身核苷酸序列、長度病毒 種類有關(Boyer et al., 1994)。在 Kunjun virus(同屬 flavivirus)研究中指 出,在 3’UTR 後面加上一個 HDVr(hepatitis delta virus ribozyme),將多餘 RNA 切除,可以使整個感染率上升大約 2.6 倍(Liu et al., 2003)。關於 flavivirus 在 5’端非病毒序列與病毒感染力分析,並沒有查詢到相關 文獻記載;但過去在設計病毒感染時,皆採取直接在啟動子後方加 上 5’端病毒序列,減少 5’端非病毒序列生成。雖然多餘 3’端非 病毒序列並不至於造成病毒感染力完全喪失,但亦無法排除 5’端非病毒 序列或者 5’與 3’端非病毒序列同時存在時,使得病毒感染力喪失可能 性。
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