我國於97年7月1日成立智慧財產法院專責審理智慧財產案件，並 針對智慧財產權之特性，設有特別的程序規定，堪稱訴訟制度上的一 大突破，其立法重點之一，即是為以往智慧財產侵權訴訟因為公私法 二元體制所造成的弊病，提供權利人有效且及時的司法救濟，使我國 智慧財產權之保護得以提升264，值得肯定。惟審理法第16條第2項規 定法院對於智慧財產權有應撤銷或廢止原因之判斷，僅具有個案效 力，似有值得再思考之空間。
蓋我國以往因為智慧財產之侵權糾紛與權利有效性無法在同一 訴訟程序處理，所導致訴訟延宕之問題，實肇因採取公、私法二元制 之故。然而公法與私法之區別，並非先驗的、絕對的、本質上的必然，
僅為一歷史上之演變，為制度上、技術上之區分方法265。此由英美法 系國家不論政府與人民均服從相同之普通法規範，亦均受普通法院管 轄，行政機關雖有時須受特殊的法規範拘束，但不特別區分適用於行 政機關的公法關係與適用於私人間的私法關係，且亦無窒礙難行之處 亦得到印證266。
公、私法區別的形成，於歐陸法系有其固有之歷史傳統，最早可 遠溯至古羅馬時期，當時公法與私法並非嚴然分立的兩個法律體系，
而是依照規範重點，指稱兩個規範群組：一個是規範國家權利與國家 財產關係之「國家法」，另一個是規範個人及其家屬之權利及其財產 關係之「個人法」。此一區分的根基在於傳統上「國家團體」與「個 人團體」的對立區分，並經過羅馬共和國時期學者的演化而逐步成 形。而概念的發端為公元二世紀羅馬法學家鄔爾匹安於其著作曰「公 法，係關於羅馬國家政體之法，私法，惟關於個人利益之法。」267此 種概念為歐陸國家（法國、德國）所繼受，之後受到19世紀法治主義 興起之影響，乃逐漸發展成公法之紛爭，由設於行政權內部，並與司 法權異其系統之行政法院處理，而普通法院則僅處理民刑事事件的司 法（法院）二元制。
基於公、私法的區分所發展出的法院二元制，肇始於法國，蓋法 國在大革命以前，法院具有特殊地位，特別是巴黎高等法院，有審查 皇帝所頒布命令之權限，這種命令要經過登記以後，各級法院才能適
264 台灣於 98 年 1 月 16 日從美國特別三０一的一般觀察名單中除名，智慧財產法院之成立或許 為關鍵原因之一。
265 翁岳生，行政法與國家賠償法，載於氏著，法治國家之行政法與司法，元照，2009 年 1 月 2 版，182 頁參照。
266 蔡茂寅，郵政利用關係的法律性質－以公法與私法二元論之檢討為中心，月旦法學雜誌 15 期，1996 年 8 月，100 頁參照。
267 李建良，公法與私法的區別（上），月旦法學教室 5 期，2003 年 3 月，38-39 頁參照。
用。當時貴族（法官通常都是貴族）的利益和皇帝的許多改革互不相 合，因此法官常常拒絕登記命令，使得許多改革無法成功。在大革命 以後，有鑑於舊制時期的法院不僅阻撓皇室改革，並且干預立法和行 政活動，制憲者因而對司法權不信任，並認為這是職權混淆所造成之 結果，乃在1790年的大憲章中明文禁止司法干預行政，司法與行政須 永遠分離，法院不能審理有關行政機關的爭議事項。因此行政機關之 法律問題，以及人民不服行政機關之行為而發生之法律上糾紛，行政 機關本身須設法解決。所以法國漸漸地把以前皇宮內部的樞密院（等 於皇帝的法律顧問委員會）加以擴充，人民若不服行政機關之決定，
申訴到最高執行機關－總統時，其法律問題須先由樞密院研究，簽署 意見，送請總統決定，經由總統核定後才去執行。後來樞密院漸漸具 有獨立性，不須經總統批准，便可自行決定並對外公布執行。樞密院 後來演變成今日法國的行政法院（Conseil d'Etat）268，審理因行政權 所生之爭議，有別於審理一般民刑事訴訟的普通法院。此制度嗣後並 影響了德國、奧地利等歐陸國家，亦紛紛設立行政法院。
19世紀中葉時，德國境內邦國林立，不少邦國採行行政法院制度
（司法二元制），其中固然有法國的影響，但主要理由乃著眼於以下 二點：首先，行政案件具有專業性與複雜性，而普通法院法官並不瞭 解（尤其是稅務案件），當時若干邦國固然設有專門之委員會（行政 內部之專門機制）以處理行政案件，但其人事並不完全獨立，難謂妥 當。為此，1748年保羅教堂憲法第182條曾有突破性的規定：「由不 具獨立地位之行政官員所組成之審查機制應予停止，只有法院才得審 查權利之侵害。」可惜此部憲法因當時政治情勢丕變，而未能生效。
其次，當時學術界盛行的見解為公法與私法應嚴格區分，其背後思想 實即區分國家與社會，就社會部門內之爭議事項，係交由普通法院審 理，就國家事項，則因其性質特殊，具有公益色彩，必須交由專門之 行政法院負責269。
法國設立行政法院之原意雖係在保護行政機關，以避免司法法院 以監控權力之名，達到使其臣服之實，不過時至今日，造成大革命時 期對司法法官不信任的政治理由已不復存在，法國學者於是紛紛改以 行政法之特殊性為理由來正當化行政法院的存在，例如有謂「兩個審 判系統的存在可同時由歷史大革命時期立法者組織權力分立之條 件，以及邏輯上注重審判系統特別化之實際效率之考量而獲得解釋。
司法法院比行政法官不適於裁判有關公務或公益活動之訴訟、受理公 法上之爭議。此經驗上之觀察對解決權限分配之經常是決定性的。」
268 翁岳生，註 265 前揭文，161 頁參照。
269 黃錦堂，行政法的概念、起源與體系，載於翁岳生編，行政法（上），元照，2000 年 7 月 2 版，82 頁參照。
或謂「一個新的現實的理由已取代原始的理由，其仍涉及到對於司法 法院的不信任，但此不信任是關於技術能力而非其政治作為。這是因 為適用於行政訴訟的行政法已成為一個很特別、徹底不同於民法的法 律，而要求一個專門的法院。」270由此可知，因公私法二元論所導致 的法院二元制，有其歷史背景與政治環境，然而發展至今時空背景早 已變更，歐陸國家卻仍維持二元審判系統的理由，應係審判專業化的 要求，以使人民受專業法院更佳的保護。
既然訴訟二元制的現代意義是基於法院專業化的要求，則在法院 法官具有相同專業能力的條件下，理應具有相同的判斷權限，且所作 的判斷亦應具有相同效力為是。按我國智慧財產法院組織法第13條規 定，智慧財產法院法官的來源包括法官、律師、教授、研究員或其他 辦理智慧財產權之審查、訴訟等執行業務之相關人員，且於正式任用 前須經司法院設立的遴選委員會施予有關專利法、商標法、著作權法 以及其他基本法學，包括民事、刑事與行政有關之訴訟法學訓練且合 格方得任用之。又依據目前智慧財產法院內部事務分配的結果，法官 係同時兼辦行政訴訟事件、民事訴訟事件及刑事訴訟案件，並無行政 庭、民事庭或刑事庭法官之區別，因此智慧財產法院的法官不論係審 理侵權訴訟或行政訴訟，理應具有相同的專業能力，此由智慧財產案 件審理法第16條之立法說明謂：「智慧財產法院之民事法官，已具備 判斷智慧財產權有效性之專業能力，則就其終結訴訟所必須認定之權 利有效性爭點，自無另行等待行政爭訟結果之必要。」亦可窺知。是 以，審理法既然肯定智慧財產法院法官有能力於民事訴訟程序中，判 斷智慧財產權有效性之專業問題，並賦予其判斷權限，則其就權利有 效性之判斷理應與於行政爭訟程序中所為之判斷具有相同之對世效 力。然依審理法第16條第2項規定，智慧財產法院法官於民事訴訟中 所為權利有效性之判斷僅具有個案效力，明顯不足，而當事人仍必須 面對可能提起的再審之訴，也使侵權糾紛與權利有效性在同一訴訟程 序處理的立意，大打折扣。何況目前智慧財產法院針對同一智慧財產 權所生之民事或行政訴訟，均盡量交由同一法官辦理，亦將產生何以 相同法官，於不同訴訟程序中對於相同事物之認定卻產生不同效力的 不公平現象。按審判權之劃分，時至今日，其功能在使人民受專業法 院更佳的保護，而智慧財產法院之民事法官既具備判斷智慧財產權有 效性之專業能力，其對於權利有效性之認定，亦應使其具有對世效 力，以讓紛爭能真正一次解決，才是對人民最佳的保障。
依照新的智慧財產訴訟制度，任何人對智慧財產主管機關所核准 之智慧財產權有所質疑，除得於民事侵權訴訟提出無效抗辯外，仍須
270 王必芳，法國行政審判權之研究，載於行政訴訟制度相關論文彙編第 5 輯，司法院，2007 年 12 月，225-226 頁參照。
向智慧財產主管機關提出舉發、撤銷、異議、評定或廢止，經智慧財 產主管機關作出准或駁之決定後，必然有一方不服，不服者即以智慧 財產主管機關為被告提起訴願及行政訴訟，至於勝利之一方則以利害 關係人的身分參加訴訟。此一做法從行政訴訟及行政處分之觀點固無 不妥，因為智慧財產主管機關對於舉發、撤銷、異議、評定或廢止所
向智慧財產主管機關提出舉發、撤銷、異議、評定或廢止，經智慧財 產主管機關作出准或駁之決定後，必然有一方不服，不服者即以智慧 財產主管機關為被告提起訴願及行政訴訟，至於勝利之一方則以利害 關係人的身分參加訴訟。此一做法從行政訴訟及行政處分之觀點固無 不妥，因為智慧財產主管機關對於舉發、撤銷、異議、評定或廢止所