「反核」向來是民進黨的一項政策主張，民進黨前主席林義雄更 長期投入反核運動，致力於建立「非核家園」。2000 年 5 月 20 日陳水 扁就任第十任總統，競選期間以建立「非核家園」做為政見訴求，因 此，推動停止興建核四廠，乃成為民進黨政府一項重要的施政目標。
陳水扁為建立其「全民政府」而任命國民黨籍的唐飛為行政院長，經 濟部長林信義主持多次公開的「核四計畫再評估委員會」會議後，建 議行政院停止興建核四廠。惟唐飛因數度表明續建核四的意見，與陳 水扁意見相左，且引發民進黨籍立委及反核人士的不滿，最後在 10 月 3 日以健康為由宣布請辭，隨後，陳水扁任命民進黨籍張俊雄接任行政 院長。張俊雄上任後，立法院在野聯盟因行政院已醞釀停建核四廠，
而擱置九十(2001)年度總預算案的審議，並計畫以法律案的方式迫使行 政院續建核四廠。最後，張俊雄於 2000 年 10 月 27 日召開記者會，以
「打造非核家園的唯一選擇」為題，提出不建核四廠不會缺電等六大 理由，宣布停止興建核四計畫。
民進黨在第四屆(1999-2001)立法院的席次只有 70 席，僅佔立法院 總席次的 31.11%，是典型的國會少數黨。國民黨擁有 123 席，佔立法
委員總席次的 54.67%而為立法院多數黨。即使國民黨因宋楚瑜參與 2000 年第十屆總統大選而分裂，另成立親民黨，有 18 位國民黨籍立委 脫離國民黨加入親民黨，使國民黨在立法院只剩下 105 席，僅佔立法 委員總額的 46.67%，不過，國民黨仍居於立法院最大黨的優勢。由於 國民黨在總統大選的挫敗，首度失去執政權，正逢療傷止痛時期，士 氣低落幾近於軍心潰散，卻因張俊雄宣布停止核四興建計畫，而製造 國民黨、親民黨和新黨結盟的契機。國民黨、親民黨和新黨三黨共有 134 席佔 59.56%，已經居於立法院絕對多數，若加上親國民黨的無黨 籍聯盟約 15 席，總計在野聯盟共佔有 67%的席次。
因為陳水扁就任後陸續與在野黨領袖會面，企圖營造朝野和解與 政黨合作氣氛，而先後有新黨主席郝龍斌的「扁郝會」、親民黨主席宋 楚瑜的「扁宋會」，以及國民黨主席連戰的「扁連會」。只是張俊雄在
「扁連會」結束後的二小時，召開記者會宣布停止核四廠興建計畫，
讓國民黨有被欺騙的忿怒。誠如國民黨籍立法委員盧秀燕在院會發言 指稱，陳水扁「停建核四，一無是處，唯一成功的是促成在野各政黨 的大團結，促成連宋合」。20 當時仍是國民黨籍的立法委員陳明文也指 出，「難得政黨合作營造得這麼好的氣氛，結果扁連會談一結束，阿扁 就一巴掌打在連戰的臉上，試問，情何以堪？」21 因此，引起在野黨 立法委員的強烈反彈，並形成在野多數聯盟，也種下此後分立政府時 期，各種朝野尖銳對立與衝突。
2000 年 10 月 31 日立法院第四屆第四會期第十次會議，國民黨黨 團、新黨黨團、親民黨黨團、無黨籍聯盟，針對朝野協商結果提出復 議，以 113：62 表決通過決議，以擱置九十(2001)年總預算案審查日程 方式對抗行政院。11 月 10 日立法院第四會期第十三次會議，國民黨黨 團、新黨黨團、親民黨黨團、無黨籍聯盟提案，九十(2001)年度中央政
20 《立法院公報》，第 89 卷第 59 期，頁 43。
21 《立法院公報》，第 89 卷第 59 期，頁 44。
府總預算案直接交付預算及決算委員會召集全院各委員會聯席會議審 查，經表決以 137：0 通過。22 亦即在野黨立法委員將行政院長張俊雄 列入不受歡迎人物，拒絕行政院長張雄蒞立法院報告總預算案的施政 方針與編製經過，直接交由全院各委員會聯席會議審查。而後 11 月 7 日親民黨黨團提案，立法院院會決議通過，將行政院長張俊雄移請監 察院彈劾。而行政院認為，立法院此一決議，是行政與立法兩院政治 僵局的開始，並尋求以釋憲方式解決此一僵局，才開始準備提出釋憲。
因此，行政院在 11 月 10 日，針對停建核四引發行政與立法兩院職權 爭議一事，正式向司法院提出，「行政權與立法權分際之釋憲」與「預 算法等相關法律之統一解釋」的釋憲案。
12 月 7 日立法院科技及資訊、預算及決算兩委員會聯席會議，國 民黨籍立法委員陳清寶提案，將原子能委員會預算退回重編。經表決 結果，在場立法委員 15 人，贊成退回者 9 人，反對退回者 5 人，超過 半數通過。而國民黨籍立法委員丁守中在 12 月 20 日前後，對陳水扁 提出罷免案，並獲得 147 七位立法委員連署，已達罷免案的四分之ㄧ 連署法定人數。 2001 年 1 月 15 日，司法院提出大法官釋憲會議釋字 第五二○號解釋文。1 月 31 日，立法院召開第四屆第四會期第一次臨 時會，以 135：70 表決通過，要求行政院應繼續執行相關預算，立即 復工續建核能四廠。2 月 13 日，行政院長張俊雄與立法院長王金平在 台北賓館，共同簽署核四協議書。2 月 14 日，行政院長張俊雄宣布核 四復工。至此，核四興建計畫自 2000 年 10 月 27 日宣布停止興建，到 2001 年 2 月 14 日宣布復工，經歷 3 個月又 19 天的朝野衝突，行政與 立法嚴重對立，劍拔弩張，雖告落幕，卻也引發行政與立法間的預算 爭議。
22 《立法院公報》，第 89 卷第 62 期，頁 24-34。