為討論《金門薛氏族譜》記載內容的編寫狀況，以下引用族譜學的基本工作方法，將各版 本《族譜》史料的記載分為三個時期：“老層” 、“中間層” 以及“新層” 36 ：
(1) 老層－傳說時期（史前—西元 1345 年）
老層的定義為移居本地以前的遠祖系譜，正如其他族譜一般，《金門薛氏族譜》在編製此段 歷史之時引述其他地方史書，並與代代口傳的祖先故事混合在一起，將家族源流連接到千年以 前的中國大陸中原地區，成為古老史書有限記載的同姓大臣及將軍的後裔。記載在宗支圖之外 的〈薛氏族譜沿革〉及〈舊序〉前段，以完成開基金門以前家族變遷過程的描述。此層史料最 早可追溯至道光年間，而後各版本《族譜》修纂均同，代表後續修譜者對先祖傳說並沒有增減 的企圖。
(2) 中層－可以考證的聚落歷史（西元 1345 年—1792 年）
中間層的定義是家族移居本地以後至族譜創修以前的歷史。依據各版本《族譜》〈薛氏族譜 舊序〉的記載，原本世居同安城西市的薛貞固，由於逃避 1345 年的戰亂，遷居金門太文山之南 龜山之西的薛厝坑，成為金門薛氏聚落的第一代開基祖，由此時到 1792 年，歷經十五個世代及 五百四十七年的歷史，即是金門薛姓的中間層37。中間層的特色是雖然缺乏連續的文字史料，但 由於時間間隔較近，空間又較為連續，這一個時期歷史可由口述資料的補充而增加。如各版本 宗支圖中的傳略以及序傳，以及 1991 年《族譜》新增附記對開基移民及當時地貌的有限推測。
(3) 新層－最近的祖先事蹟（西元 1792 年—1991 年）
1792 年《族譜》創修以後，金門薛姓的歷史就進入了新層—信史時期。宗族的人口成長以
36 由瀨川昌久(1996)提出的三層分期原則 ，以移民定居及族譜創修作為斷代標準，將族譜中的家族歷史 分為「新層－最近的祖先，族譜記載時期」、「中間層－宗族的開基祖，族譜前的本地傳說」以及「老 層－移居本地以前的遠祖傳說」（頁 3～4）。是故，金門薛氏族譜在不同時期的記載密度落差，亦可以 理解成家族史材料在「老／中／新層」的普遍狀況。
37 雖然在中間層後期發生了具有特殊歷史意義的「遷村」事件，由舊村薛厝坑再遷到今日的珠山村。但 由於兩地位置鄰近，不再將中間層區分為二。關於遷村的描述及分析，詳如第四章。
及聚落發展的歷史也反映記載在各版本《族譜》宗支圖註記及序傳資料的增加，在相當於近代 史的歷史工作之中，有各式各樣的口述及文字史料可以提供研究分析。而就新層的定義來說，《族 譜》的本身就是新層歷史的第一個產物。
依照三層分期論，族譜內容由最早的版本開始，都應該包含老、中及新層，如果在各版本 編修的過程之中沒有發生資料失傳的問題38，新層部份的史料會隨著版本的更新而不斷的增加，
最明顯的表現是在隨著子孫自然繁衍而使宗支圖世代的不斷地向後延伸。
就金門珠山各版本《族譜》的編纂而言，除了極少部份的例外，基本上在宗支圖部份是依 照此方式成長39。而由於宗支圖世代及人數的成長，以及各時代書寫及印刷技術的不同，不同版 本在宗支圖編排上有不同的作法。
資料年代最早的【道光譜系】，由於目前僅存重編打字的資料，尚不知其原始編排方式。依 照目前所見的重編頁，在世代的垂直成長記載部份，以最底部人名換行或換頁從頂部接續編排 的方式，但具有接續前後關係的人名常常不重覆出現，如果不參照後續版本的《族譜》，難以 確認宗支圖的承續關係。
現存最早的實體族譜 1866 年《族譜》，則是以毛筆繕寫宣紙所成。其採用的格式體例，根 據其〈序〉40，在創修之時是採用「五世圖式」修譜方法41。由此一現存實體最早版本來看，《族 譜》的宗支圖以「五世圖式」為原則而分為二部份：第一部份描述移居金門以後最初五個世代 丁口的血緣關係。其他部份則記錄第五世以後至編輯時期的世系，並區分為「仁義禮智信」五 房。後續的宗支圖版本的基本內容則是抄錄先前版本其他部份的資料，再補充新增加的世系。
38 如 1931 年修譜沒有收入已記載在地方方志及舊譜之中的墓誌銘等資料，若無道光譜系資料的出現，在 1866 年譜後附記載書頁殘破的狀況之下，〈修職公墓舊誌〉的部份文字記載將因此失傳。
39 例外是指 1866 年譜修譜到信房(6)為止，而在信房 6 最後收入舊譜不知譜系之「德聰」及「益栽」。之 後版本的宗支圖則不再出現。
40 原文為「昔之譜其族者不一家。至歐陽公其法大備。有條不紊。余不揣固陋竊仿而效之。」。現存各版 本〈序〉有部份用字不同，本文之中除非特別說明，均使用 1866 年版本。
41 五代圖式譜法由歐陽修及蘇洵創修於宋代，對於明清以後盛行的修譜活動有極大的影響。至於採用五 代圖式的家譜類型，由王鶴鳴(2000)對於徽州族譜的研究，共歸納出四種模式，主要內容由宗支圖世系 及各個祖先的小傳組成(頁 403-407)。而劉志偉在研究宋代歐陽修所開啟的修譜原則以及各地區明清家 譜實例以後，曾經提出原譜「親不出五代」的原則是源自於先祖記憶及口述歷史的限制。
至於第一部份的內容則不再變動。
其五房制的原則可由第一部份及其他部份宗支圖之間關係的分析得知。房的劃分是建立在 第五代及第六代丁口的重新編組：長房「仁」有二丁，依此發展為二個次分支。其次，「義」、「禮」、 及「智」房各一丁，並無次分支。至於尾房「信」房，除了由第六代六丁發展出六個次分支，數 代後又加入三個次分支42，共有九個次分支，如圖 2- 7。43
由於 1866 年《族譜》採用了五世圖式的格式，宗支圖除由右向左水平展開分支以外，在世 代的垂直成長記載部份則是由上而下，至每頁最底部人名換行或換頁從頂部接續編排的方式，
具有接續前後關係的人名會重覆出現，以確保宗支圖承續關係被正確的閱讀。如下圖 2- 8，以 仁房宗支圖卷首的進安-永祥-本旺-純號-宗虛-伯達-英聯-懷集-仕任-孟霸-起近-繼喜-立扶-允倪 世系承接為例，其他版本的仁房宗支圖卷首的編排方式，則如圖 2- 8、圖 2- 9 及圖 2- 10。
1931 年《族譜》面對世代及家族成員增加的問題，則引進了新的鋼版油印技術，取代了先 前的「五世圖式」手抄本作法44。1991 年版本則採用電腦打字印刷，可以在同一頁之中完整呈 現各房在第五世以後的世系關係。以上作法取代了傳統「五世圖式」每隔四世必需換頁重畫的 方式，也減少世系關係閱讀上的困難。(如圖 2- 9 及圖 2- 10 所示)
42 信(7)及信(8)次分支的譜系記載始於第十二世，面對早期譜系的空白，在 1866 年版宗支圖的註記原文是
「舊譜從此起」，後續的 1931 及 1991 年版則再補充為「此間派別未詳，舊譜從此起」，至於這二個次分 支是世代居住村中但早期譜系因戰亂而遺失？或類似於信(9)次分支，由外地遷回而被接納的宗族成員 皆被編入信房？尚無相關資料可供考證。
43 關於尾房顯然擁有最多次分支的原因，尚無相關資料可供考證。而五房制人丁分配及世代混和的現象，
由於最早的資料整理工作從第十六世才開始，無法由族譜或其他家族史料之中得到解釋，亦無法肯定 目前所見的族譜宗支圖就是其五房制最早的狀況。另外，五房制度除了應用在丁口區分之上，是否也 關係到土地資源的劃分？經過比對珠山新舊村及附近田地的地權資料，無法觀察出五房制區分的痕 跡。如本論第五章附圖的分析。
44 1931 年版本印刷數量為 45 本(《顯影》頁 833)
圖 2- 7《金門薛氏族譜》五房分支關係圖 branch / sub branch