Top PDF 01 核酸分子的結構

01 核酸分子的結構

01 核酸分子的結構

在染色質中也發現許多非組蛋白蛋白質,它們會幫忙維持染色體, 有的蛋白質則會調控特定基因表現。 組蛋白(Histones) 組 蛋 白 (histones) 真 核 生 物 體 細 胞 染 色 質 中 鹼 性 蛋 白 質 , 含 ( )(Arginine)和( )(Lysine)等鹼性胺基酸特別多,二 ( )(Arginine)和( )(Lysine)等鹼性胺基酸特別多,二 者加起來約為所有胺基酸殘基1/4。組蛋白與帶負電荷雙螺旋 DNA合成DNA-組蛋白複合物。因胺基酸成分和分子量不同,主要 分成5類。組蛋白是真核生物染色體基本蛋白,是一類小分子鹼 性蛋白質,有五種類型:H1、H2A、H2B、H3、H4,它們富含帶正電 荷鹼性胺基酸 能夠同DNA中帶負電荷磷酸基團相互作用。
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分子美學空間中的分子結構

分子美學空間中的分子結構

「超越」就是研究學者所稱「突現」 。(蕭振邦,2009;劉育成,2011;陳慶 坤,2012) 突現現象無所不在,從大自然界中種子發芽,到科學上模型等都存 在這個現象。一粒小小植物種子,微小一個顆粒可以發展出各種形態且狀 觀植物;在科學領域中各種、模型,尤其是以電腦為基礎,正是我們 可進一步研究突現現象範圍;人們設計出來各種棋盤遊戲也是類似道理,簡 單二十幾遊戲條規則可演繹出一門極複雜遊戲,這些都是一種突現現象 (Holland, 1997)。由此推論,分子及它們所產生所有有生命萬物也是一 種生命突現,地球上所有生命就是這些小到我們肉眼無法看到小顆粒不斷地 運動、排列、組合所創造出來,少許幾項原則或理論就可以創造出驚人複 雜度,這些原則和分子有異曲同工之處。難怪 Feynman 博士要留給後人一 句話是: 「所有物質都是由原子-原子是不停在運動小粒子,當他們分 開遠一點時,彼此間會有吸引力,但是非常靠近時卻又互相排斥。」前半句說 是微觀分子觀,後半句指是巨觀現象,這也是突現現象運作過程。這 些運作產生了更上一層複雜度,複雜產生了大量模式,這些模式就形成了突 現現象,我們要先了解突現現象才能更深層了解生命及有機體奧秘。
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利用核醣核酸的二級結構及基因規劃法找尋其共同結構元

利用核醣核酸的二級結構及基因規劃法找尋其共同結構元

3.3 系統架 本系統主要包含三大部分:系統前處理、預測及轉換二級,與主要核 心基因規劃法。 系統前處理包含兩個步驟,首先是處理系統參數。本系統可供使用者自行定 義系統參數,包含設定莖幹及環狀範圍,以及莖幹內所允許內部環狀 大小等等。完全使用系統預設參數,也能達到一定效果。若使用者對於欲預 測資料有所了解,能提供更嚴謹系統參數,還可大幅增進預測正確性。此 外,基因規劃法有本身系統執行時所需參數,例如族群數量(population size) 、與各運算子發生機會。
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利用共同結構元實作核醣核酸分群

利用共同結構元實作核醣核酸分群

第三章 文獻探討 3.1 為何需要電腦輔助 利用 X-ray 繞射對核醣核酸決定有極高解析度,但此種方法最大 問題在於,很難獲得穩定核醣核酸晶。目前最常用來探測核醣核酸 方法是利用酵素對核醣核酸做部份水解,辨別雙股與單股區域,當判斷核甘酸具 有單股或雙股摺疊後,便能推測其二級(Ehresmann et al., 1987),但因 為酵素之間會互相干擾或有互相矛盾果,提高了實驗困難度。近來,更利 用一系列刪除式突變來獲得配對資訊,但某些點突變無法造成改變,且 大量點突變是不符合經濟效益,也就無法加速核醣核酸確認。
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利用圖形表示的基因規劃法找尋核醣核酸的共同結構元

利用圖形表示的基因規劃法找尋核醣核酸的共同結構元

從已知生物知識可知,褶疊形狀相似核醣核酸很有可能也會有相似功 能。因此,若能由已知核醣核酸序列來預測其褶疊而成二級,進而猜測 其功能,將能更迅速瞭解生命運作機制。 然而,在生物實驗室裡進行實驗來決定一個核醣核酸是很費時,單 用人工方式實驗非常沒有效率。因此,我們希望利用已知序列上資訊,加入 能量預測二級資訊,藉由電腦輔助以提供一個快速方法,希望能預測 出核醣核酸,更進一步從一個家族核醣核酸序列中,預測出他們共 同元(motif),因為這些共同在生物演化上可能是有意義,他們可能 控制著一種重要生物機能,所以在經過長時間演化之後,這些仍然保留 至今。
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核醣核酸二級結構預測與分群分析

核醣核酸二級結構預測與分群分析

計畫參與人員: 鄭家胤,陳柏志,黃全榮 交通大學資訊工程系 一、中文摘要 核醣核酸在後轉譯調控上扮演重要 角色,然而與去氧核醣核酸不同是,去 氧核醣核酸 motif 大多可在序列間發掘 其保留區,而核醣核酸 motif 則必須在 間找尋。目前已有部分分析系統工具 可以在一群功能性相同核醣核酸中尋找 可能共通元,但是其大多僅能從功 能性相同核醣核酸中搜尋,本計畫提出 並完成新核醣核酸共同元預測及分 群系統,且已利用多個已知核醣核酸 家族做系統測試。
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干擾病毒複製的小型干擾性核醣核酸分子

干擾病毒複製的小型干擾性核醣核酸分子

審查人員:黃教威 [57]申請專利範圍 1. 一種小型干擾性核醣核酸(small interfering ribonucleic acid;siRNA)分子,其具有一第一 序列或一第二序列,該第一序列係如序列辨識編號 1 所示,該第二序列係如序列辨識編 號 2 所示,且該小型干擾性核醣核酸分子係用以干擾石斑魚背鰭細胞株 GF1(寄存編號為 BCRC 960094)內之石斑魚神經壞死病毒(red-spotted grouper nervous necrosis virus;

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分子晶體結構之理論研究

分子晶體結構之理論研究

18 常數值,而靜電能有大幅度變化,這些顯示當預測苯環取代合能 (𝐸 𝑏𝑖𝑛𝑑𝑖𝑛𝑔 )靜電能是重要。 30 但 Sherill 等人利用 SAPT0/aug-cc-pVDZ’ 進行如上計算,其 果與 Lewis 等人果相似,但在之前並無人使用∑|𝜎 𝑚 |當作預測相互作 用能量例子,因此無法確定在未來是否可證明其可使用。同時,該研 究也顯示 ππ 相互作用中靜電力與其取代基效應,利用 Distributed Multipole Analysis(DMA)計算,發現關鍵 Charge Penetration Effect,也 就是當兩個分子很靠近時,單體上電子會受另一個單體原子核吸引,
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以單分子光譜研究B細胞淋巴癌致癌基因G-四股結構分子之結構動態學

以單分子光譜研究B細胞淋巴癌致癌基因G-四股結構分子之結構動態學

36 3.2 BCL2MidG4 序列時間軌跡圖(time trace) (Figure A1) 為了更清楚了解 BCL2MidG4 序列 G-四股形變化,因此拍攝了 2000 幅影片,以追蹤在固定濃度下,E FRET 隨時間變化情形。有效時間軌跡圖應 為螢光總強度維持不變,由數百個有效時間軌跡圖發現,在低濃度鉀離子條 件下(小於 100mM),Cy3 及 Cy5 分子螢光強度快速且劇烈地交互變動,使得 E FRET 也隨之快速變動,如 Figure 27 所示,然而我們無法確定此變動是否為真實 狀態轉換,又或者為螢光染料分子本身強度不穩定性所造成,因此作了交叉相 關(Cross-correlation)分析,將所有濃度下觀察到有如此快速交互變動時間軌 跡圖利用 MatLab 程序指令進行 Cross-correlation 分析,接著使用 Origin 軟體繪製 曲線圖,得到了反向單一指數衰減曲線(Inversed single-exponential decay, Figure 28) ,證實了此 E FRET 劇烈變動情形確實為不同形轉換所造成。然而,隨著鉀 離子濃度增加(達到 150mM 或 200mM),開始出現 E FRET 停留在某一狀態現象
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含有超分子結構之共軛樹枝狀高分子的合成與能量轉移之探討

含有超分子結構之共軛樹枝狀高分子的合成與能量轉移之探討

中 文 摘 要 本論文主要是在合成出具有超分子氫鍵性質奈米複合材料,並探討 其之間能量轉移效應,我們首先合成具有 Thiol 官能基之 perylene bisimide 表面修飾材料,將其分別命名為 T-PNH 及 T-PC6,並且合 成了氧化鋅奈米棒,目為增加電子傳導出去機率。最後利用氫鍵 受體及氫鍵給體理論,我們成功合成出擁有 2,4-bis(ethyl-amino)- 1,3,5-triazine 塞酚樹枝狀高分子,將其命名為 15T5N。 期待 此類奈米複合材料藉由氫鍵形成,能有良好能量轉移效應,未 來可以應用於太陽能電池及化學感測材料上,來增進效率以及感測靈 敏度,這些奈米複合材料利用 ESCA、變溫 FT-IR、UV-visible、PL、
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高效率小分子太陽能電池之分子結構設計與研究

高效率小分子太陽能電池之分子結構設計與研究

溶液製程有機太陽能科技在近年來已成為未來替代能源中 主要發展方向,因其具有低成本及可大量印刷特性,並有發 展於可撓性基板 1-3 潛力。而其中,由 P 型共軛高分子或小分 子以及 N 型傅勒烯衍生物所塊狀異質介面在此系 統中已成為不可或缺主動層技術,因為此技術在元件製程中使 主動層有較佳異質接觸面積並能產生較高能量轉換效率,而 在此層中也可透過調整分子 4-9 ,表面形貌,晶性以達較高 效率。
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含OH或 NH2端基分子鍵結於銅的結構、反應和CO2的作用研究

含OH或 NH2端基分子鍵結於銅的結構、反應和CO2的作用研究

行政院國家科學委員會補助專題研究計畫 ■成果報告 □期中進度報告 含 OH 或 NH 2 端基分子於銅、反應和 CO 2 作用研究 計畫類別:■個別型計畫 □整合型計畫 計畫編號:NSC 97-2113-M-006-004 -MY2

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高分子奈米結構在生物分子上之應用

高分子奈米結構在生物分子上之應用

於微流道中,並用來偵測單一 DNA 分子在其中行為。 本論文研究第一部分主要探討如何在高分子材料表面製造出奈米尺度形貌, 其主要可分為兩種方法,一為將含氟高分子旋轉塗佈在基材表面再利用氧電漿漿 做表面處理,藉由改變氧電漿處理時間可得到不同粗糙度表面,其對應水滴 接觸角(Water Contact Angle)可從120 o 改變成169 o 。第二個製程是利用奈米壓印技術將 高分子材料轉為具有週期性奈米陣列形貌,其主要是先利用奈米球微影術將奈米 球緊密排列於矽基板上,再利用氧電漿將奈米球縮小到適當大小,最後再經由濺 鍍金屬薄膜、舉離及蝕刻步驟可得到具有奈米矽基板;稱之為母模。將母 模放置於高分子薄膜表面並加熱、加壓,等待溫度回到室溫將其分離便可得與母模 相反高分子奈米,其對應水滴接觸角可達167度。
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分子雲面狀結構之塌縮與穩定分析

分子雲面狀結構之塌縮與穩定分析

中 中 中文 文 文摘 摘 摘要 要 要 恆星形成發生在分子雲內高密度區域,近年來觀測發現分子雲裡普遍存在絲狀 (filamentary structure) ,並且與前恆星核 (prestellar core) 形成有高度相關。Monocerous R2 (Mon R2) 分子雲區域觀測資料呈現有類似面狀 (sheet-like structure),並且

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一、化學分子的紅外光譜圖能提供分子結構資訊,測得特定吸收峰波數

一、化學分子的紅外光譜圖能提供分子結構資訊,測得特定吸收峰波數

代號:10840 頁次:2-1 一、化學分子紅外光譜圖能提供分子資訊,測得特定吸收峰波數 (wavenumber)可用作化學鍵官能基鑑定及定性分析使用,請回答下列 問題。(每小題 10 分,共 20 分)

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干擾素誘導之表現雙股RNA之核酸分子

干擾素誘導之表現雙股RNA之核酸分子

發明 全 4 頁 【54】名 稱:干擾素誘導之表現雙股RNA之核酸分子 【21】申請案號:094102265 【22】申請日: 中華民國 94 (2005) 年 01 月 26 日 【11】公開編號:200626719 【43】公開日期: 中華民國 95 (2006) 年 08 月 01

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§ 3-2 CO 和 H 2 O 分子的吸附結構和吸附能探討

§ 3-2 CO 和 H 2 O 分子的吸附結構和吸附能探討

§ 3-2 CO 和 H 2 O 分子吸附和吸附能探討 為了探討各個中間產物吸附於表面時吸附能大小及變 化,我們首先計算了這些中間產物於單一氣態分子與能量, 經過幾何優選果呈現在圖 4 中(包括 species 1-6)。計算後系統 能量記錄於表 4 當中。VASP 計算程式一般使用於計算週期性大分 子系統,將其應用在模擬單一氣態分子時,我們作法是先將單位晶 格擴大到 25×25×25 Å 3 ,以避免分子作用力;其他收斂條件則相 同。將我們果比較文獻上實驗值或計算值 46-48 發現,無論在鍵 長或是鍵角都能夠非常吻合,與文獻差值皆少於±0.02 Å 和±1.0 degree。因此在隔離系統中(isolate system),VASP 程式也能夠得到 相當可信模擬果。
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醣胜肽抗生素生合成酵素蛋白晶體結構及反應機制為基礎的新化學結構生物活性分子設計

醣胜肽抗生素生合成酵素蛋白晶體結構及反應機制為基礎的新化學結構生物活性分子設計

需之甲基轉移酶,並且知道 MppJ 如何在碳原子上發生甲基化反應催化機制。 多個複合體蛋白使我們了解 MppJ 利用鐵離子與酮基酸(-ketoacid)合配位 與活化,並且發展出兩個水分子裝置來控制酵素專一性進行碳上甲基化反應。如 此發現使我們更進一步將甲基轉移酶改變成與功能不相關新酵素。我們藉 由改變金屬離子配位化學,使得原本酵素變成具有水合酶及甲基轉移酶雙重 功能,進而產生具有立體特異性新化學分子
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生物分子於矽基礎結構之選擇性組裝

生物分子於矽基礎結構之選擇性組裝

摘 要 近年來,跨領域奈米科技發展非常蓬勃,其中重要應用之ㄧ便是 合半導體產業以及生物科技所產生生物感測器。生物感測器首先必須 將生物分子固定至半導體元件表面,然後靈敏且專一偵測目標分子。本 論文主要在於研究如何選擇性將生物分子組裝固定到以矽為相關材料 上面。

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宮燈百合Gloriosa stripe mosaic virus 之核酸分子和免疫法鑑定

宮燈百合Gloriosa stripe mosaic virus 之核酸分子和免疫法鑑定

本研究以細菌生合成系統所製備 GSMV- CB 多元抗體,於 indirect ELISA 和西方墨點法 中,均可與其同源抗原 BEPCB 表現蛋白、宮燈 百合和火焰百合罹病組織產生正反應,顯示此 多元抗體,可應用在此兩種花卉上對 GSMV 免疫檢測與鑑定。本研究也發現 GSMV-CB 多 元抗體可與同屬於 Potyvirus TuMV 反應;然 而,於 indirect ELISA 中雖可與 TuMV 產生高於 1.0 之正反應讀值,但於西方墨點法中可依病毒 分子量大小而區分出此兩種不同病毒;且另於 RT-PCR 法中,可用本研究所設計 3 組 GSMV 引 子 對 並 不 與 TuMV 產 生 3 種 預 估 核 酸 片 段 (715、660 或 500 bp) 之條帶而加以區分 (果 未出示 )。綜合上述果顯示,本研究所製備之 GSMV-CB 多元抗體在兩種免疫檢測中,雖不具 有對 GSMV 檢測專一性,但可藉由西方墨點 法依病毒 CP 分子量大小,或由 RT-PCR 法依增 幅核酸片段分子量大小,做不同 potyvirus 鑑別性檢測。尤其本研究所設計 GSMV715u/
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