Top PDF 01 核酸分子的結構

01 核酸分子的結構

在染色質中也發現許多非組蛋白的蛋白質，它們會幫忙維持染色體的結構，有的蛋白質則會調控特定基因的表現。組蛋白(Histones) 組蛋白 (histones) 真核生物體細胞染色質中的鹼性蛋白質，含 ( )(Arginine)和( )(Lysine)等鹼性胺基酸特別多，二 ( )(Arginine)和( )(Lysine)等鹼性胺基酸特別多，二者加起來約為所有胺基酸殘基的1/4。組蛋白與帶負電荷的雙螺旋 DNA結合成DNA-組蛋白複合物。因胺基酸成分和分子量不同，主要分成5類。組蛋白是真核生物染色體的基本結構蛋白,是一類小分子鹼性蛋白質,有五種類型：H1、H2A、H2B、H3、H4，它們富含帶正電荷的鹼性胺基酸能夠同DNA中帶負電荷的磷酸基團相互作用。

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分子美學空間中的分子結構

「超越」就是研究的學者所稱的「突現」。(蕭振邦，2009；劉育成，2011；陳慶坤，2012) 突現現象無所不在，從大自然界中的種子發芽，到科學上的結構模型等都存在這個現象。一粒小小的植物的種子，微小的一個顆粒可以發展出各種形態且狀觀的植物；在科學領域中的各種結構、模型，尤其是以電腦為基礎的，正是我們可進一步研究突現現象的範圍；人們設計出來的各種棋盤遊戲也是類似道理，簡單的二十幾遊戲條規則可演繹出一門極複雜的遊戲，這些都是一種突現現象 (Holland, 1997)。由此推論，分子的結構及它們所產生的所有有生命的萬物也是一種生命的突現，地球上所有生命就是這些小到我們肉眼無法看到的小顆粒不斷地運動、排列、組合所創造出來的，少許的幾項原則或理論就可以創造出驚人的複雜度，這些原則和分子結構有異曲同工之處。難怪 Feynman 博士要留給後人的一句話是：「所有物質都是由原子構成的－原子是不停在運動的小粒子，當他們分開遠一點時，彼此間會有吸引力，但是非常靠近時卻又互相排斥。」前半句說的是微觀的分子觀，後半句指的是巨觀的現象，這也是突現的現象的運作過程。這些運作產生了更上一層的複雜度，複雜產生了大量的模式，這些模式就形成了突現現象，我們要先了解突現現象才能更深層了解生命及有機體的奧秘。

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利用核醣核酸的二級結構及基因規劃法找尋其共同結構元

3.3 系統架構本系統主要包含三大部分：系統前處理、預測及轉換二級結構，與主要的核心基因規劃法。系統前處理包含兩個步驟，首先是處理系統參數。本系統可供使用者自行定義系統參數，包含設定莖幹及環狀結構的範圍，以及莖幹內所允許的內部環狀結構大小等等。完全使用系統預設的參數，也能達到一定效果。若使用者對於欲預測的資料有所了解，能提供更嚴謹的系統參數，還可大幅增進預測的正確性。此外，基因規劃法有本身系統執行時所需的參數，例如族群數量（population size）、與各運算子發生的機會。

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利用共同結構元實作核醣核酸分群

第三章文獻探討 3.1 為何需要電腦的輔助利用 X-ray 繞射對核醣核酸結構的決定有極高的解析度，但此種方法的最大的問題在於，很難獲得穩定的核醣核酸結晶。目前最常用來探測核醣核酸結構的方法是利用酵素對核醣核酸做部份水解，辨別雙股與單股區域，當判斷核甘酸具有單股或雙股的摺疊後，便能推測其二級結構(Ehresmann et al., 1987)，但因為酵素之間會互相干擾或有互相矛盾的結果，提高了實驗的困難度。近來，更利用一系列的刪除式突變來獲得配對資訊，但某些點突變無法造成結構的改變，且大量的點突變是不符合經濟效益的，也就無法加速核醣核酸結構的確認。

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利用圖形表示的基因規劃法找尋核醣核酸的共同結構元

從已知的生物知識可知，褶疊形狀相似的核醣核酸很有可能也會有相似的功能。因此，若能由已知的核醣核酸序列來預測其褶疊而成的二級結構，進而猜測其功能，將能更迅速的瞭解生命運作的機制。然而，在生物實驗室裡進行實驗來決定一個核醣核酸的結構是很費時的，單用人工的方式實驗非常沒有效率。因此，我們希望利用已知序列上的資訊，加入能量預測二級結構的資訊，藉由電腦的輔助以提供一個快速的方法，希望能預測出核醣核酸的結構，更進一步的從一個家族的核醣核酸序列中，預測出他們的共同結構元(motif)，因為這些共同的結構在生物演化上可能是有意義的，他們可能控制著一種重要的生物機能，所以在經過長時間的演化之後，這些結構仍然保留至今。

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核醣核酸二級結構預測與分群分析

計畫參與人員：鄭家胤，陳柏志，黃全榮交通大學資訊工程系一、中文摘要核醣核酸在後轉譯調控上扮演重要的角色，然而與去氧核醣核酸不同的是，去氧核醣核酸的 motif 大多可在序列間發掘其保留區，而核醣核酸的 motif 則必須在結構間找尋。目前已有部分分析系統工具可以在一群功能性相同的核醣核酸中尋找可能的共通結構元，但是其大多僅能從功能性相同的核醣核酸中搜尋，本計畫提出並完成新的核醣核酸共同結構元預測及分群的系統，且已利用多個已知的核醣核酸家族做系統測試。

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干擾病毒複製的小型干擾性核醣核酸分子

審查人員：黃教威 [57]申請專利範圍 1. 一種小型干擾性核醣核酸(small interfering ribonucleic acid；siRNA)分子，其具有一第一序列或一第二序列，該第一序列係如序列辨識編號 1 所示，該第二序列係如序列辨識編號 2 所示，且該小型干擾性核醣核酸分子係用以干擾石斑魚背鰭細胞株 GF1(寄存編號為 BCRC 960094)內之石斑魚神經壞死病毒(red-spotted grouper nervous necrosis virus；

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分子晶體結構之理論研究

18 常數值，而靜電能有大幅度的變化，這些顯示當預測苯環取代的結合能 (𝐸 𝑏𝑖𝑛𝑑𝑖𝑛𝑔 )靜電能是重要的。 30 但 Sherill 等人利用 SAPT0/aug-cc-pVDZ’ 進行如上結構計算，其結果與 Lewis 等人結果相似，但在之前並無人使用∑|𝜎 𝑚 |當作預測相互作用能量的例子，因此無法確定在未來是否可證明其可使用。同時，該研究也顯示 ππ 相互作用中的靜電力與其取代基效應，利用 Distributed Multipole Analysis(DMA)計算，發現關鍵 Charge Penetration Effect，也就是當兩個分子很靠近時，單體上電子會受另一個單體的原子核吸引，

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以單分子光譜研究B細胞淋巴癌致癌基因G-四股結構分子之結構動態學

36 3.2 BCL2MidG4 序列時間軌跡圖（time trace）（Figure A1）為了更清楚了解 BCL2MidG4 序列 G-四股結構的構形變化，因此拍攝了 2000 幅的影片，以追蹤在固定濃度下，E FRET 隨時間變化的情形。有效的時間軌跡圖應為螢光總強度維持不變，由數百個有效的時間軌跡圖發現，在低濃度鉀離子的條件下（小於 100mM），Cy3 及 Cy5 分子的螢光強度快速且劇烈地交互變動，使得 E FRET 也隨之快速變動，如 Figure 27 所示，然而我們無法確定此變動是否為真實的狀態轉換，又或者為螢光染料分子本身強度的不穩定性所造成，因此作了交叉相關（Cross-correlation）分析，將所有濃度下觀察到有如此快速交互變動的時間軌跡圖利用 MatLab 程序指令進行 Cross-correlation 分析，接著使用 Origin 軟體繪製曲線圖，得到了反向單一指數衰減曲線（Inversed single-exponential decay, Figure 28），證實了此 E FRET 劇烈變動的情形確實為不同構形轉換所造成。然而，隨著鉀離子濃度增加（達到 150mM 或 200mM），開始出現 E FRET 停留在某一狀態的現象

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含有超分子結構之共軛樹枝狀高分子的合成與能量轉移之探討

中文摘要本論文主要是在合成出具有超分子氫鍵性質的奈米複合材料，並探討其之間的能量轉移效應，我們首先合成具有 Thiol 官能基之 perylene bisimide 的表面修飾材料，將其分別命名為 T-PNH 及 T-PC6，並且合成了氧化鋅奈米棒，目的為增加電子傳導出去的機率。最後利用氫鍵受體及氫鍵給體理論，我們成功合成出擁有 2,4-bis(ethyl-amino)- 1,3,5-triazine 結構的塞酚樹枝狀高分子，將其命名為 15T5N。期待此類的奈米複合材料藉由氫鍵的形成，能有良好的能量轉移效應，未來可以應用於太陽能電池及化學感測材料上，來增進效率以及感測靈敏度，這些奈米複合材料利用 ESCA、變溫 FT-IR、UV-visible、PL、

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高效率小分子太陽能電池之分子結構設計與研究

溶液製程的有機太陽能科技在近年來已成為未來替代能源中的主要發展方向，因其具有低成本及可大量印刷的特性，並有發展於可撓性基板 1-3 的潛力。而其中，由 P 型的共軛高分子或小分子以及 N 型的傅勒烯衍生物所構成的塊狀異質介面的結構在此系統中已成為不可或缺的主動層技術，因為此技術在元件製程中使主動層有較佳的異質接觸面積並能產生較高的能量轉換效率，而在此層中也可透過調整分子結構 4-9 ，表面形貌，結晶性以達較高效率。

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含OH或 NH2端基分子鍵結於銅的結構、反應和CO2的作用研究

行政院國家科學委員會補助專題研究計畫 ■成果報告 □期中進度報告含 OH 或 NH 2 端基分子鍵結於銅的結構、反應和 CO 2 的作用研究計畫類別：■個別型計畫 □整合型計畫計畫編號：NSC 97－2113－M－006－004 －MY2

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高分子奈米結構在生物分子上之應用

構於微流道中，並用來偵測單一 DNA 分子在其中的行為。本論文研究第一部分主要探討如何在高分子材料表面製造出奈米尺度的形貌，其主要可分為兩種方法，一為將含氟的高分子旋轉塗佈在基材表面再利用氧電漿漿做表面處理，藉由改變氧電漿的處理時間可得到不同粗糙度的表面，其對應的水滴接觸角(Water Contact Angle)可從120 o 改變成169 o 。第二個製程是利用奈米壓印技術將高分子材料轉為具有週期性的奈米陣列形貌，其主要是先利用奈米球微影術將奈米球緊密排列於矽基板上，再利用氧電漿將奈米球縮小到適當的大小，最後再經由濺鍍金屬薄膜、舉離及蝕刻的步驟可得到具有奈米結構的矽基板；稱之為母模。將母模放置於高分子薄膜表面並加熱、加壓，等待溫度回到室溫將其分離便可得與母模相反的高分子奈米結構，其對應的水滴接觸角可達167度。

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分子雲面狀結構之塌縮與穩定分析

中中中文文文摘摘摘要要要恆星形成發生在分子雲內的高密度區域，近年來的觀測發現分子雲裡普遍存在絲狀結構 (filamentary structure) ，並且與前恆星核 (prestellar core) 形成有高度相關。Monocerous R2 (Mon R2) 分子雲區域的觀測資料呈現有類似面狀的結構 (sheet-like structure)，並且

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一、化學分子的紅外光譜圖能提供分子結構資訊，測得特定吸收峰波數

代號：10840 頁次：2－1 一、化學分子的紅外光譜圖能提供分子結構資訊，測得特定吸收峰波數（wavenumber）可用作化學鍵官能基的鑑定及定性分析使用，請回答下列問題。（每小題 10 分，共 20 分）

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干擾素誘導之表現雙股RNA之核酸分子

發明全 4 頁【54】名稱：干擾素誘導之表現雙股ＲＮＡ之核酸分子【21】申請案號：094102265 【22】申請日：中華民國 94 (2005) 年 01 月 26 日【11】公開編號：200626719 【43】公開日期：中華民國 95 (2006) 年 08 月 01 日

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§ 3-2 CO 和 H 2 O 分子的吸附結構和吸附能探討

§ 3-2 CO 和 H 2 O 分子的吸附結構和吸附能探討為了探討各個中間產物吸附於表面時的吸附能大小及結構變化，我們首先計算了這些中間產物於單一氣態分子時的結構與能量，經過幾何優選的結果呈現在圖 4 中(包括 species 1-6)。計算後的系統能量記錄於表 4 當中。VASP 計算程式一般使用於計算週期性的大分子系統，將其應用在模擬單一氣態分子時，我們的作法是先將單位晶格擴大到 25×25×25 Å 3 ，以避免分子間的作用力;其他的收斂條件則相同。將我們的結果比較文獻上的實驗值或計算值 46-48 發現，無論在鍵長或是鍵角都能夠非常的吻合，與文獻的差值皆少於±0.02 Å 和±1.0 degree。因此在隔離的系統中(isolate system)，VASP 程式也能夠得到相當可信的模擬結果。

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醣胜肽抗生素生合成酵素蛋白晶體結構及反應機制為基礎的新化學結構生物活性分子設計

需之甲基轉移酶，並且知道 MppJ 如何在碳原子上發生甲基化反應的催化機制。多個複合體蛋白結構使我們了解 MppJ 利用鐵離子與酮基酸(-ketoacid)結合配位與活化，並且發展出兩個水分子裝置來控制酵素專一性進行碳上甲基化反應。如此發現使我們更進一步將甲基轉移酶改變成結構與功能不相關的新酵素。我們藉由改變金屬離子的配位化學，使得原本酵素變成具有水合酶及甲基轉移酶的雙重功能，進而產生具有立體特異性的新化學分子。

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生物分子於矽基礎結構之選擇性組裝

摘要近年來，跨領域的奈米科技發展的非常蓬勃，其中重要的應用之ㄧ便是結合半導體產業以及生物科技所產生的生物感測器。生物感測器首先必須將生物分子固定至半導體元件表面，然後靈敏且專一的偵測目標分子。本論文主要在於研究如何選擇性的將生物分子組裝固定到以矽為相關材料的結構上面。

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宮燈百合Gloriosa stripe mosaic virus 之核酸分子和免疫法鑑定

本研究以細菌生合成系統所製備的 GSMV- CB 多元抗體，於 indirect ELISA 和西方墨點法中，均可與其同源抗原 BEPCB 表現蛋白、宮燈百合和火焰百合罹病組織產生正反應，顯示此多元抗體，可應用在此兩種花卉上對 GSMV 的免疫檢測與鑑定。本研究也發現 GSMV-CB 多元抗體可與同屬於 Potyvirus 的 TuMV 反應；然而，於 indirect ELISA 中雖可與 TuMV 產生高於 1.0 之正反應讀值，但於西方墨點法中可依病毒分子量大小而區分出此兩種不同病毒；且另於 RT-PCR 法中，可用本研究所設計的 3 組 GSMV 引子對並不與 TuMV 產生 3 種預估 核酸 片段 (715、660 或 500 bp) 之條帶而加以區分 (結果未出示 )。綜合上述結果顯示，本研究所製備之 GSMV-CB 多元抗體在兩種免疫檢測中，雖不具有對 GSMV 的檢測專一性，但可藉由西方墨點法依病毒 CP 分子量大小，或由 RT-PCR 法依增幅核酸片段的分子量大小，做不同 potyvirus 的鑑別性檢測。尤其本研究所設計的 GSMV715u/

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