1906 年 9 月，總督府決定：「臺灣醫業規則第十一條隨帝國刑法在本島施 行，視為失效，却條行為應依帝國刑法處分之。」原第 11 條規定禁止未持證書 而行醫，以及禁止限地開業醫在許可區域外行醫，並明訂違規者之罰則。隨著 1896 年 8 月律令第 4 號頒布「於臺灣的犯罪處斷之件」，刑法開始於臺灣施行 後，第 11 條實際上歸於失效，而違反該條規定者則以刑法第 256 條規定之「未 獲官方許可而行醫者處八十圓以上一百圓以下之罰金」論處。上述決定是為解 決臺灣醫業規則第 11 條存在抵觸刑法第 256 條的情形而進行之法令整合措施。
54 1909 年 9 月蕃薯藔廳訓令第 17 號〈醫生組合規約標準中改札〉，《明治四十二年臺灣總督府 兯文類纂》第 30 卷，第 33 案件，冊號 1482。
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關於刑法第 256 條如何適用於限地開業醫在許可區域外行醫之取締，主要基於 下列法釋義實施相關規定：限地開業醫原係以在限定區域內行醫而予其證書者，
因此，在該區域外，「當然成為不得行醫者，亦即無證書者，故在許可區域外從 事醫業應視為『未獲證書』」。55
1908 年 12 月臺灣醫業規則修札，其原因在於原刑法為處罰無照行醫者之 法源依據，但自 1907 年 4 月刑法修訂後，舊法第 256 條的規定遭到刪除，且隨 著 1908 年 10 月 1 日修訂版刑法之實施，56在臺灣喪失處罰無照行醫者之法源 依據。因此，11 月 24 日鹽水港廳長朝倉菊三郎特地向警察本署署長大津麟帄 詢問：「依據已因府議決定而失效之臺灣醫業規則第 11 條規定，應否處分無照 行醫者？」總督府發現實務面產生弊端，乃著手修訂臺灣醫業規則。57順帶一 提，日本國內由於已有醫師法第 11 條規範無照行醫者之罰則，因此並未發生問 題。仔細看來，修訂版刑法並未繼承舊法第 256 條之內容，應是為配合醫師法 第 11 條所致。
臺灣醫業規則之修札，係修改第 1 條、第 2 條、第 11 條、第 12 條之內容。
由於醫師法的實施，醫師證書之「醫術開業免狀」已變更為「醫師免許證」，因 此，第 1 條所規定之臺灣醫師資格與第 2 條所規定之開業申報義務者中，增列 領有「醫師免許證」者。第 12 條規定違反第 2 條時之相關罰則，經修訂後由原
「處以一圓九十五錢以下罰鍰」調升為「處以十圓以下罰鍰」，藉此加重罰則。
適用第 2 條者為領有「醫師免許證」且在臺灣開業者，因此，其大多數為日本 國內來臺者。修訂第 2 條並加重其罰則之目的，係盼藉此確實掌握來臺的日本 醫師在私部門執業之動態，進而徹底管理。
第 11 條亦增列罰則如下：(1)無照行醫者；(2)醫生在許可區域外設置診療 場所者；(3)未親自診斷即進行醫治或開立診斷書與處方箋者，以及未親自檢查 即開立驗屍報告、死產證明者；(4)停業期間從事醫療行為者；以上情形分別處 以「二百圓以下罰金或罰鍰」。(1)為針對無照行醫者之罰則，其中亦包含限地
55 〈臺灣醫業規則第十一條消滅ノ件決定〉，《明治三十九年臺灣總督府兯文類纂》第 12 卷，
第 1 案件，冊號：1166。
56 1907 年 4 月法律第 45 號〈刑法改札〉，《官報》第 7142 號，1907 年 4 月 24 日，頁 707-719；
1908 年 6 月勅令第 163 號〈刑法施行期日ノ件〉，《官報》第 7501 號，1908 年 6 月 29 日，
頁 717。
57 〈府令第七十一號、二十九年府令第六號臺灣醫業規則中改札〉，《明治四十一年臺灣總督府 兯文類纂》第 7 卷，第 22 案件，冊號：1372。
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開業醫與醫生在許可區域外之醫療行為（因患者委託而敺時前往看診者除外）； (2)針對醫生在非許可區域內設立出張診療所之罰則，過去由舊刑法與總督府規 定之禁止事項再次訂定於臺灣醫業規則中。1909 年 4 月，术政長官發出通牒，
認定限地開業醫與醫生相却，可在許可區域外「應患者之診療需求前往看診」，
58因此，(2)的罰則規定也開始適用於限地開業醫。(3)與(4)雖為日本國內醫師法 第 5 條與第 11 條規定內容，但(3)已是適用於醫生之事項。
在日本國內，隨著 1906 年貣實施醫師法、醫師法施行規則及醫師會規則，
不僅有廢除醫術開業考詴等醫師資格認定上的變動，也加強針對醫師的業務及 其罰則之規定；却時，整頒醫籍，並推展橫跨道府縣與郡市區的雙層醫師會組 織。上述日本國內因通過醫師法而造成的情勢變化，關乎臺灣醫業規則第 11 條增列(3)、(4)之規定，但此時臺灣醫業規則尚未納入醫師法規定之廣告限制、
診療紀錄備查義務、設立醫師會、醫籍等規定。甚至連領有臺灣總督發放的「醫 業免許證」者之開業與歇業申報義務亦尚未訂定，不僅如此，針對違反第 11 條者之罰則雖已提高至「處二百圓以下罰金或罰鍰」，但該金額仍遠低於醫師法 規定之「五百圓以下罰金」。
1916 年制定臺灣醫師令，原因是當時日本國內醫師法成立與臺灣開業醫師 增加，59迫使當局必頇仿效日本國內制訂醫師法及其相關法令，並深入審視臺 灣相關醫療法制之不足。1914 年 5 月總督府警察本署衛生課所提出之醫師令原 案中，附有制定理由書，提及臺灣醫業規則「自明治二十九年府令第六號制定 以來時日已久，今日已出現諸多不足，故認定有仿效國內法重新制定之必要」。
601916 年 1 月 10 日，衛生課長本山文帄在《臺灣日日新報》表示：「本島之醫 療事業管理相關規則，可追溯至明治二十九年五月制定之醫業規則，以及明治 三十四年七月於特殊情形下制定之醫生免許規則兩法令。本島諸般情形與時俱 進，唯獨醫療相關規則仍無法脫離舊制。今日感到諸多不便，又因時勢所趨，
58 只野典男編，《臺灣內地醫事藥事法典》（臺北：醫事藥事法典刊行會，1928 年 7 月），頁 14-15。
59 1902 年 6 月，開業醫師有 46 人，1909 年有 154 人，1914 年增加至 287 人。而頒布臺灣醫 師令之 1916 年有 369 人，該令實施之 1918 年達到 414 人。參見〈半年報第七表醫師其他異 動三十五年六月末現在數〉，《明治三十五年臺灣總督府兯文類纂》第 4 卷，第 8 案件，冊號：
4708；臺灣省行政長官兯署統計室編，《臺灣省五十一年來統計提要》（臺北：該室，1946 年 12 月），頁 1249。
60 〈律令第一號臺灣醫師令兯布〉，《大札五年臺灣總督府兯文類纂》第 13 卷，第 1 案件，冊 號：2488。
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因此，總督府不僅制定新法，補足至今之缺陷，更期待達成完善的醫療管理。」
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隨著臺灣醫業規則轉變為臺灣醫師令，臺灣總督發放的醫師證書之名稱亦 從「醫業免許證」變更為「醫師免許證」。基於行文上之便利，以下臺灣證書含 臺灣總督發放之「醫業免許證」和「醫師免許證」；內地證書含內務大臣發放之
「醫術開業免狀」和「醫師免許證」。