意圖推翻立法院所主導的結果。
當年〈公民投票法〉在立法院審議時，朝野總共有四個版本，分別 是：行政院版、台聯黨團版、蔡同榮版與國親黨團版，前三者內容大同 小異，與國親黨團版的差異及爭議，除了行政機關可否發動「諮詢性公 民投票」、立法院有無公民投票提案權、總統可否發動公民投票外，「公 民投票審議委員會」的設立與否，一直是朝野之間重大歧異。
當時執政的民進黨主張公民投票事務應由中央選舉委員會主管即 可，而反對設立公民投票審議委員會；但在野的國、親聯盟則主張在中 央選舉委員會之外，設立專責審議公民投票事務的公民投票審議委員 會。平心而論，選舉是對「人」的投票，公民投票則無分創制、複決都 是對「事」的投票，如果純粹就「投（開）票作業程序」的角度來看，
確實沒有必要疊床架屋，在中央選舉委員會之外，另設公民投票審議委 員會的必要。但國、親何以堅持運用立法院的優勢席次，而通過設立公 民投票審議委員會的條文，則必須回到當時的政治環境中去理解。
話說民國89 年陳水扁先生雖僅以 39%的得票率當選總統，但在就任 之初，他所具有的民意正當性基礎，以及刻意營造朝野合作的氛圍，一 度令他個人的聲望在民調中超過 80%的支持度。但是當行政院張俊雄院 長於10 月 27 日片面宣布「停建核四」之後，朝野的關係便急速的惡化。
公民投票審議委員會的委員，由各政黨依立法院各黨團席次比例推薦等規定，有牴觸 憲法第27 條第 1 項第 4 款、第 53 條、第 174 條第 2 款及憲法增修條文第 1 條第 2 項 第1 款、第 3 條第 2 項之疑義；4.公民投票法第 18 條之審查過程，欠缺立法應具備之 三讀程序，及違反三讀不得進行實質修正之規定；是否違憲。司法院遲至民國 97 年 7 月11 日方做成釋字第 645 號解釋，除宣告公民投票審議委員會組成方式違憲外，其他 聲請解釋事項均與憲法尚無牴觸。
「停建核四」的政治僵局雖於民國 90 年 1 月 15 日，因司法院做成了釋 字第520 號解釋而暫告化解，但朝野幾無任何互信可言。
再加上後來行政院有意針對「停建核四」舉辦「諮詢性公投」，而中 央選舉委員會內除主任委員黃石城先生明確反對舉辦沒有法源的諮詢性 公投外，大多數的委員都表態支持行政院的立場，當然也造成了在野的 國、親聯盟對中央選舉委員會應具有的「獨立性」不信任，才有在〈公 民投票法〉另設公民投票審議委員會的構思，而且為了防範公民投票審 議委員會委員的任命，一如中央選舉委員會委員的任命4，會受到民進黨 的完全操控，進而又規定「依立法院黨團比例」5為組成原則。國、親版 的〈公民投票法〉草案所提出的立法說明為：「由於公民投票案件多為重 大爭議性之法案或政策，為突破政治僵局，並認定公民投票案件之成立，
自應組成公民投票審議委員會，以增加其公共性。而該委員會委員，應 由各政黨依立法院各政黨黨團席次比例推薦，送交主管機關提請總統任 命之，以避免特定政黨或政治勢力操縱公民投票案件之審議。」6
坦白說，沒有任何一種任命程序的制度，可以保證「避免特定政黨 或政治勢力操縱公民投票案件之審議」的結果，換句話說，完全交由「行 政院長提請總統任命」，中央選舉委員會委員於執行職務時可能偏袒行政 機關，同樣的，「依立法院黨團比例推薦，再提請總統任命之」的結果，
也不能排除公民投票審議委員會的委員會傾向維護國會多數黨意向的可
4 當時的〈中央選舉委員會組織規程〉第3 條第 1 項規定：「本會置委員…由行政院院 長提請總統派充之，並指定一人為主任委員…。」
5 92 年 11 月 27 日原先制定之第 34 條第 1 項規定：「行政院公民投票審議委員會…由各 政黨依立法院各黨團席次比例推荐，送交主管機關提請總統任命之。」
6 參見立法院公報，第92 卷，第 54 期，第 139 頁，院會記錄。
能。但是在當時分立政府且缺乏互信的政治結構下，在野的國、親聯盟 當然只能選擇由自己掌控任命結果的模式，消極而言才能「避免特定政 黨或政治勢力，這當然只得是民進黨操縱公民投票案件之審議」的結果，
因為這是「理性選擇理論」下的唯一選項。
我們觀察第一次在民進黨執政期間，依立法院黨團比例推薦產生的 公民投票審議委員會，就曾經否決過由民進黨游錫堃所提出的「以臺灣 名義加入聯合國」全國性公民投票案，後來游錫堃係透過向行政院提出 訴願，而由行政院主導組成的訴願委員會做成「原處分撤銷」的決定，
再直接交給中央選舉委員會辦理該提案之公民投票，都同樣被質疑有特 定政黨或政治勢力的影響。
對照的觀察事例，則是立法院於民國98 年 6 月 2 日根據司法院釋字 第 645 號解釋旨意，修正〈公民投票法〉第 35 條為：「行政院公民投票 審議委員會，置委員二十一人，任期三年，由主管機關提請總統任命之。」
不過，當時已經是政黨二次輪替，而且由國民黨重新「完全執政」的政 治結構了，因此，公民投票審議委員會的組成又成為國民黨所掌握的權 力，這也是第二屆公民投票委員會委員名單公布後，就受到民進黨一再 地抨擊，尤其是民進黨主席蔡英文女士領銜提出「你是否同意台灣與中 國簽訂之經濟合作架構協議（ECFA），政府應交付台灣人民公民投票決 定？」全國性公民投票案，於民國98 年 8 月 27 日遭到第二屆公民投票 委員會以13 人「認定不合於規定」，4 人「認定合於規定」，2 人棄權的 表決結果所否決，民進黨立即表示不能接受，並宣稱不排除提出訴願7， 或走向街頭。
7 目前該訴願案尚由行政院處理中，仍未做出決定。
平心而論，行政處分幾乎都具有「零和競爭」的性質，換句話說，
行政處分不應該是和稀泥的結果，而任何一個清楚的決定，一定會有一 方認同，另一方不認同的情形。所以，民進黨總是對公民投票審議委員 會做出對他不利的決定時，不僅加以抨擊，而且反覆宣稱應廢除公民投 票審議委員會，其實卻反映了民進黨一種「順我則昌、逆我則亡」的霸 權心態。基於個人的好惡而主張某一機關的存廢，根本不值得有識者與 之對話。
不過，隨著政治情勢的變化，特別是〈中央選舉委員會組織法〉已 於民國98 年 5 月 22 日經立法院三讀通過，並於民國 98 年 6 月 10 日經 總統公佈實施，〈中央選舉委員會組織法〉第3 條對中央選舉委員會委員 產生方式採用了「行政、立法協力模式」8，以及「任期交錯」9等設計，
理論上，此一任命程序將大幅降低被中選會委員行政或立法機關單獨操 控的可能，相對於中央選舉委員會委員「依據法律、獨立行使職權」的 期望，更有落實的空間。
「行政、立法協力」模式當然不會是一個完美的模式，但是不論我 國政府運作的模式，未來是「分立性政府」或「一致性政府」，該一模式 都不可能讓立法院多數黨或聯盟，繼續發生不信任中央選舉委員會的情 節。依常理推論，當政府體制又出現「分立性政府」時，立法院的多數 黨可以藉由「同意權」的行使，排除明顯具有特定政治立場的中央選舉 委員會委員的被提名人，以維護中央選舉委員會運作的獨立性；反之，
8 「主任委員、副主任委員及委員均由行政院院長提名經立法院同意後任命。」
9 「委員任期為四年，任滿得連任一次。但本法施行後，第一次任命之委員，其中五人 之任期為二年。」
當政府體制為「一致性政府」時，立法院多數黨所通過的被提名人，即 使仍有特定政治立場的可能，但這個特定政治的立場，絕對不會被立法 院多數黨所不信任。
在中央選舉委員會委員的產生方式，做出了重大而正確的改變以 後，公民投票審議委員會其實已經算是完成了「階段性的任務」，而可以 退出政治角力的舞台了。尤其是，當第二屆公民投票審議委員會在民國 99 年 1 月 9 日，以 16:0 的表決結果，通過了執政下的（總統）府、（行 政）院、（國民）黨應該不樂見的「禁止美國牛肉進口」10全國公民投票 案，顯見即使是自己所任命的公民投票審議委員會，這些委員卻能依據 法律獨立行使職權，其後果也不見得一定符合執政黨所期待。換句話說，
當中央選舉委員會委員也能夠依據法律獨立行使職權之際，哪裡還需要 公民投票審議委員會來當防火牆呢？◢
10 公投主文為「要求否決衛生署98 年 11 月開放美國 30 月齡以下帶骨牛肉、絞肉、牛 內臟、牛脊髓之政策，重啟『美國牛肉輸台議定書』談判」
自國民黨重新執政後，兩岸兩會已經簽署十二項協議並達成 一共識，兩岸兩岸的制度化已然形成，代表兩岸關係往前邁進一大 步。兩岸今年度的焦點在於『兩岸經濟協議』，如能儘速完成簽 署，將是兩岸關係近幾年來最大之成就。