废刀令和神风连之反
根据陆军卿山县有朋的建议（明治・十二・七），明治九年三月二十八 日发布了废刀令，禁止穿大礼服者、军人、警察官以外的人带刀。明治四年 的散发脱刀令发布以后，士族带刀的仍未绝迹，在征兵令之后又发出了一次 废刀令，同年八月又实施了废止俸禄制的金禄处理，从而完全剥夺了士族的 特权，至此深怀不满的士族的反抗终于爆发。
明治九年十月，熊本敬神党的 １７０ 余名成员举兵起事。敬神党也称神风 连，由保守的熊本士族组成，反对明治政府的开明政策。这次叛乱由国学者 林樱园的门下太田黑伴雄、加屋霁坚等指挥，袭击了熊本镇台，杀害了镇台 司令官种田政明少将和县令安冈良亮。第二天受到镇台兵的反击，太田黑和 加屋均被杀，叛乱被平息（十・二十四～二十五）。次月，熊本镇台强化了 防御，在第二年的西南战争中死守笼城。
秋月之乱
福冈县旧秋月藩士，同任藩少参事的矶淳和宫崎车之助等人，与主张国 权提倡征韩的神风连以及萩的前原一诚串通一气，当明治九年十月二十六日 熊本神风连之乱的消息传来后，立即在秋月学校等地集会，第二天 ２３０ 余名 士族举兵进入丰津（丰前），准备和萩的前原势力合流，但旧小仓藩士族未 能响应，反遭应福冈县令邀请来的小仓镇台福冈分营兵的袭击，矶、宫崎等 主张解散的 ７ 名同志在江川谷自杀（十・二十八）。宫崎的弟弟今村百太郎 等仍转战于秋月方面，到十一月三日叛乱被平息，今村等 ２ 人被处斩首刑（十 二・三），受惩罚者达 １４４ 人。
萩之乱
熊本之变传到山口县的萩，以前原一诚为中心的 ８０ 余人不满士族立即会 集在明伦馆（十・二十六），第二天以该校为大本营号称殉国军起事，这和 秋月之乱是同一天。前原在大村益次郎死后，由参事转任兵部大辅，后辞职
（明治三・九）返回故里萩。其举兵的主要目的是反对和攻击政府实施的地 租改正、桦太千岛的交换和对士族的处置。叛乱军在冲原的造枪所夺取了武 器准备袭击山口，为避开镇台兵计划转山阴道然后东上，结果在十一月六日 遭到政府军的总攻击，前原在岛根县被捕，和同志奥平谦辅一起被处斩（十 二・三）。处以终身监禁者达 ６４ 名。
对这些叛乱，在萩、福冈、熊本分别设置了临时裁判所，大木乔任司法 卿亲临现场进行指挥，据说与佐贺之乱时不一样，萩临时裁判所所长岩村通 俊（高俊的长兄）和山口县令关口隆吉在对前原等人的待遇上仍不失礼节。
［思案桥事件］ 明治九年十月，在秋月和萩的叛乱发生后不久，又在东 京府下发生了旧会津藩士的叛乱未遂事件（十・二十九）。和前原一诚有联 系的永冈久茂（青森县权大属）在《评论新闻》（海老原穆发行）上攻击了 政府，并与同志一起企图袭击千叶县厅，他们在乘船时被发觉，永冈久茂在 小冈町思案桥附近因杀伤了巡查而被逮捕，后死于狱中。关于这次思案桥事 件还出版了许多带有插图的通俗读物。
西南战争
回。因此，为谴责政府的失政，立志社将开设民选议院建议书的解释全文印 刷出来公布于众。激进派的林有造、大江卓等人串通元老院干事陆奥宗光，
着手进行举兵的准备，但中途事发被捕（六月～八月），而且被除去士族身 份。明治十一年八月，林大江等人受到监禁 １０ 年的判决，陆奥、冈本健三郎、
片冈则分别被判处 ５ 年、２ 年和 １００ 天的监禁。其中，陆奥（十一年六月逮 捕）在山形、宫城两监狱关押期间，翻译了边沁的著书，题名为《利学正宗》，
明治十六年一月陆奥出狱后此书出版发行。
［西南战争的意义］ 在最大的士族叛乱——西南战争中，士族的武装力 量败在了由百姓町人编成的镇台兵手下，从而证实了征兵制度的效果。自此，
士族的反政府运动不再依赖武力，而是靠言论，或者是开展包括农民层在内 的自由民权运动和开设国会运动。继明治九年的废刀令、废止禄制之后，从 旧武士团、士族的地位、动向来看，可以说西南战争标志着明治维新进入了 新的阶段。作为余波，明治十一年大久保利通被暗杀；被称之为“维新三杰”
的指导人物中的木户孝允在战争期间病死（十・五・二十六）；西乡则在城 山丧生（九・二十四）。３ 人相继去世，维新的指导者和事业都转到了新的 指导者手中。
纪尾井坂之变（暗杀大久保）
明治十一年五月十四日，内务卿大久保利通在东京赤坂纪尾井坂附近的 清水谷，遭石川县士族岛田一郎等 ６ 人袭击而毙命。岛田原为陆军大尉，明 治八年参加了创立爱国社的集会，作为征韩论者，他醉心于西乡隆盛。岛田 怀揣反对藩阀的斩奸状，在采取行动后向政府自首，被处以斩首刑（七・二 十七）。
大久保被暗杀的当天，曾接待了福岛县令山吉盛典的访问，并向山吉表 明维新将分为 ３ 期进行，而现阶段则致力于推进第一期向第二期的转变，随 后即遭暗杀。由伊藤博文（工部卿）继任内务卿。
竹桥事件
大久保被暗杀约 ３ 个月后，竹桥兵营近卫炮兵大队的叛乱对政府是一个 很大的打击。明治十一年八月二十三日夜，该大队的 ２６０ 余名士兵因不满在 西南战争中的奖赏和薪金而发起叛乱。叛乱士兵将大队长和值班士官杀害，
并将大炮拖出来向大隈宅邸发射炮弹，接着向赤坂的临时皇居进发。这次叛 乱原计划直接向天皇上诉，逮捕政府的高官，但因事前被察觉，在很短时间 内便被镇压下去了。经陆军裁判所（裁判长黑川通轨，判事山川浩）审讯，
十月十五日判处 ５３ 名叛乱士兵死刑，即日在深川越中岛执行。第二年又有 ２ 人被处死刑共计 ５５ 人。被称之竹桥骚动的近卫炮兵的叛乱，除对奖赏和薪金 的不满外，根据有关知情者的供述，还涉及到征兵制和民权论等问题。后由 西周起草，以山县陆军卿的名义于明治十一年十月发布的《军人训诫》（明 治十一年八月）中，在解释说明军人精神的同时，还严禁军人干预政治。
增设集治监
士族叛乱相继被镇压下去，监狱中囚满为患，于是政府开始考虑在北海 道新设收容被判徒刑、流放刑、终身监禁刑的囚徒的集治监，并先后在桦户
（明治十四・八，第一任典狱为月形洁）、空知（十五・六）、钏路（十八・九）
进行了新监的建设。在兵库设置了囚犯移送前暂时收监的临时拘留所，同时 在东京（小菅）、宫城、三池的三所集治监也附设了临时拘留所。在开拓北 海道期间，囚徒们被强制进行筑路、垦荒和采矿等劳动。
制定勋章
对国家立下功劳的人，作为一种荣誉，明治八年四月十日制定了赏牌（勋 一等～勋八等）和从军牌制度（太政官布告），第二年改称勋章（明治九・十 一・十四），以后又设立了对有战功者的金 勋章（功一级～功七级），（二 十三・二・十一），并附加了年金（二十八・十）。同时还在正院设立了赏 勋事务局（明治九・十），任命了议定官（参议、省卿、陆海军中将以上），
大给恒因提出此议案而担任了副长官（十一・三赏勋局副总裁，二十八・八 总裁）。