再征长州的布告
先前由于长州藩表示服罪，所以幕府征长未动干戈，其后在长州藩内激 进派掌握了藩权，加强了武备。为此，幕府将五卿和藩主父子召至江户给予 了处分，企图重新恢复幕府的权力，这样一来幕长之间的关系再度恶化。幕 府针对长州藩的反抗发出了将军亲征讨伐的布告。庆应元年四月，任命了征 长先锋德川茂德总督（前尾张藩主）及以下将领，制定了行动部署，并命令 诸藩从军前往。五月，将军家茂由江户出发（五・十六），以长州藩有“重 大企图”为出兵理由，于闰五月进京向朝廷上奏要求再征，然后进入大阪城。
随后又命令代替长州藩主父子的支藩的毛利元蕃（德山藩主）及吉川经干（岩 国）上大阪，但未得到回应，这以后只是派家老井原主计上大阪复命。尽管 将军发出了进军的号令，但仍未见长州藩臣服之意，于是家茂于同年九月进 宫取得了征长的敕许（九・二十一）。因家茂不在江户，外国舰队来航大阪 要求条约敕许，为处理这一问题，征长不得不一时延期。
［反对再征］ 再征长州之举，在幕府内部遭到胜海舟、松平庆永等人的 反对，很多藩也都表示了反对的态度。因为出征的军费不仅会成为诸藩财政 的沉重负担，同时诸藩也不希望幕权恢复到原有的强有力地位。特别是第一 次征长时协助了幕府的萨摩藩，这次也转到了反对派方面，这无疑给征讨的 前景带来了巨大的影响。西乡吉之助在给小松带刀（藩家老）的书信中指出：
征长是幕府自找灾祸，非但不能张扬幕威，反而会带来天下的动乱，招致德 川幕府的厄运。
长州藩的形势
长州藩在迎击第二次征伐之时，由于激进派掌握了藩政，庆应元年三月 把藩论定为“武备恭顺”。对外采取恭顺的态度，内部却致力于充实武备，
并根据诸队的要求，将藩厅从萩迁移到山口，改革藩政机构，使高杉晋作、
广泽兵助（真臣）、佐世八十郎（前原一诚）、伊藤俊辅（博文）、井上闻 多（馨）、桂小五郎（木户孝允，从潜伏的但马归藩）等人有了用武之地。
提拔了町医出身的村田藏六（大村益次郎），并于庆应二年采用西洋式兵制 进行军制的改革。为了富国强兵，藩厅致力于制订商业政策，让高杉、桂二 人兼任下关越荷方（藩营的税关、海运、仓库业的办事机构）的头人，并扩 大权限，强化物产专卖制，扩充藩营工场，制订产业培育的长期计划等等，
这些被推进的殖产兴业政策，可说是以后的明治政府产业政策的原型。
［大割据的构想］ 高杉晋作和伊藤俊辅均抱有外游之志，庆应元年三月 赴长崎，由于受到英商格洛瓦的忠告决定暂不渡欧，归藩后与井上闻多协商 下关的开港问题，因此受藩内攘夷派的攻击，不得已离藩逃到四国，暂时潜 伏在赞岐的日柳燕石（勤王家的赌徒）处。以后高杉又返回长州参与了藩政，
并开始构想新的政治局面，即设定防长二州的“大割据”，也就是要建立独 立王国长州藩，把下关辟为开港场所，输出藩的物产，购买武器舰船，推进 富国强兵政策。但最终下关的开港还是未能实现。
萨长接近
曾一时被长州人称之为“萨贼会奸”（萨摩、会津两藩在文久政变和禁 门之变中曾驱逐了长州藩士）的萨摩藩，在庆应元年开始和长州藩接近。因 为两藩都受到过西洋炮火的洗礼（萨英战争、下关战争），而在藩论转变为 开国策这一基础上，长州藩的武器输入成了两藩接近的契机。大村益次郎在 军制改革之际要求补充新式的施条枪（来福枪），为此井上、伊藤二人于庆 应元年七月赴长崎，通过英商格洛瓦购入了枪支。与此同时，在得到萨摩藩 家老小松带刀的许诺后，长州藩借用萨摩藩的名义购得枪支 ７３００ 枝（米涅枪 和戈贝尔枪）和汽船一艘（同盟号）。
土佐藩士的仲介
在此之际，在萨长两者之间进行斡旋的是土佐藩的坂本龙马和中冈慎太 郎。京都的文久政变后，土佐藩内对尊攘派进行了镇压，勤王党的指导者武 山市瑞山（半平太）被捕入狱（庆应三年闰五月剖腹自尽），坂本、中冈二 人离藩逃难。坂本经神户海军操练所当时的教官胜海舟介绍于元治元年八月 在京都会见了西乡吉之助，从而开始接近萨摩藩，第二年（庆应元年）四月 访问了鹿儿岛，闰五月到下关，中冈也同行会见了桂小五郎（木户孝允）。
这时坂本正在聚集同志，组织同伙，并以长崎为据点开始经营海运业（组织 的龟山会后成为海援队），因此，秘密输入武器实际上成了社中最初的工作。
英国公使帕克斯在四国之间虽有禁止秘密贸易的约定，但却默认了社中的这 种贸易。
萨摩藩的开明政策
萨英战争的结果使萨摩藩迅速转向开国政策，同时也开始接近英国。五 代才助（友厚）于元治元年五月以长篇呈报书向藩厅陈述富国强兵之策，提 议：（１）扩大与上海的贸易；（２）向英法派遣留学生；（３）输入军舰、大 炮、蒸汽机械和农耕机械；（４）使制糖机械化等。萨摩藩早在岛津齐彬时代 就开始重视近代科学了。集成馆的工场群虽在炮击鹿儿岛的战火中被烧掉了 大半，但从庆应元年开始又重建了以蒸汽铁工机械所为中心的诸工场。同年 三月，五代才助、町田民部（久成）、松木弘安（寺岛宗则）等作为特使被 派往英国，同时，从藩的洋学机关开成所（文久四・六设置）中选拔的森金 之丞（有礼）、鲛岛诚藏（尚信）、松村淳藏等 １５ 名学生被送往英国留学，
而关照这些密航者的人是格洛瓦。
萨长联合的成立
萨摩藩和长州藩自文久二年以来，无论在政治上还是在感情上都处于对 立的状态，但与此同时，在采取富国强兵的文明政策和反幕的倾向上却也产 生了共鸣，西乡、大久保等萨摩藩的要人也开始采取行动接触长州藩。庆应 二年一月二十一日（一说二十二日），长州藩代表木户贯治（孝允）和萨摩 藩的代表小松带刀、西乡吉之助在京都的藩邸举行了会晤，坂本龙马作为证 人同席协议，缔结了萨长两藩联合的六条密约。这是长州藩在和幕府交战时，
萨摩藩根据状况守约进行合作的一种攻守同盟。从此两藩作为讨幕势力的主 体开始进行活动，所以说萨长的联合是幕末维新史上具有重要意义的事件。
长州藩处分案
幕府于庆应元年九月得到了再征长州的敕许，十月又解决了条约敕许的
将军家茂之死和征长军的解散
幕军在失败已不可避免的形势中，将军家茂在大阪城患病，终于在庆应 二年七月二十日死去，终年仅 ２０ 岁。一桥庆喜作为将军的代理人决定于八月 十二日继续征讨，但接到小仓城陷落的报告后，只好暂停进军，八月二十日 公布了将军死亡的消息，二十二日接到朝廷停战的命令。为了停战交涉，庆 喜派胜义邦（军舰奉行）前往广岛，后来胜义邦在江户开城中首当其冲，此 时他已经具备了处理战败事宜的经验。九月二日，胜义邦在严岛会见了长州 藩代表广泽兵助（真臣）、井上闻多（馨）等人，长州藩方面做了在征长军 撤退之际不予追击的许诺。九月十九日幕府命令撤兵。以十二月孝明天皇大 丧为契机，庆应三年一月幕府接到了解散征长军的命令（一・二十三）。
从被称之为“征伐长州”的幕长战争的全过程及其结果来看，幕府的虚 弱本质已完全暴露在世人面前。这对在第二年发生的戊辰战争中的诸大名的 去向产生了很大的影响。
幕长交战时的社会形势
幕府为筹集征长大军的军费大伤脑筋，由于财政的空虚，不得不于庆应 二年四月命令大阪的巨商交纳御用金 ２５２５０００ 两黄金。
［一揆・捣毁］ 庆应二年以米价为中心各种物价暴涨，结果各地都发生 了贫民的骚动。五月，兵库、西宫发生了暴动，数日后又波及到将军坐阵的 大阪，大阪市内发生了捣毁事件。从五月末到六月初旬，江户各地也有捣毁 事件发生。随后以在秩父的幕领村为发端的武州一揆（农民武装暴动——译 者注）成了涉及武州 １４ 郡、上州 ２ 郡的大一揆（六・十三～六・十八）。一 揆以生活困苦的贫农、自耕农为主体，袭击了代官所、米商、典当铺、横滨 商人等，幕府命令各藩出兵镇压。大约在同一时间，奥州（岩代国）的信夫、
伊达两郡以伞状的联署文书联络了 １８０ 个村而爆发了信达一揆（六・十五～
六・二十），要求撤回生丝新税。
一揆捣毁事件虽年年都发生，但庆应二年与往年相比却有迅猛增长之 势，而且在五月～八月的幕长交战期间更是频繁发生。这主要是由于长州出 兵而招致米等各种物价的高涨以及贡税增加所致。武州、信达的一揆暴动又 被称为改变世道一揆。反对再次征讨长州的大名的意见书中包含着对物价未 曾有的昂贵与民众困苦的忧虑，上下的厌战情绪和一揆捣毁的爆发，无疑给 幕府政治带来了某种程度的压力，使幕藩统治阶层深感不安。