激进派公卿的登台
在朝廷，激进的少壮公卿开始登台。文久二年十二月，朝廷任命了 ２９ 名国事御用挂，文久三年二月，朝廷又设置了国事参政（４ 名）、国事寄人
（１０ 名）（参与朝廷政治的成员，公卿的官名——译者注），诸职的担任者 都是激进的年轻公卿，从而使朝廷内的尊攘派得势，而公武合体派势力开始 后退了。先前担任督促攘夷敕使的三条实美和姐小路公知二人作为左右朝议 的激进派占有重要的地位。
将军家茂的进京
幕府方面为了抑制尊攘派势力，挽回公武合体势力，以文久二年十二月 京都守护职松平容保到京都赴任为开端，文久三年一月将军后见职一桥庆 喜，二月政事总裁职松平庆永相继进京，三月四日将军德川家茂抵京进入二 条城。将军的进京，是自三代将军家光宽永十一年（１６３４）进京入宫以来未 曾有过的举动。
新选组的结成
文久三年，京都“天诛”横行，二月发生的足利三代木像枭首事件，可 以认为是将军进京前的示威行动。幕府根据清河八郎（庄内藩乡士出身）的 建议，于文久二年十二月在江户府下召集浪士，任命山冈铁太郎（铁舟）和 鹈殿鸠翁（长锐）为主管人组成了浪士组，在将军进京之际作为队列外的警 卫。浪士组先行西上，文久三年二月抵京，驻屯于京郊的壬生村，因此也被 称作壬生浪人。然而清河（清川）八郎却主张尊攘，在得到 １１８ 名同志的赞 同下，向学习院提出了守卫朝廷，实行攘夷的志愿书，交国事参政、国事寄 人（官职名——译者注）受理。幕府对此大感意外，命令清河等二百余人返 回江户（文久三・三・十三），近藤勇、芹泽鸭、土方岁三、沖田总司等 ２０ 余人因和清河意见对立，故继续滞留京都，接受京都守护职的管辖，称之为 新选组（新撰组）。后根据近藤的指令，局长芹泽鸭虽然被清除了，但队员 却有增加，最多时超过 ３００ 人。
［新征组］ 因清河八郎准备带领浪士组捣毁横滨外国人的居留地，文久 三年四月，被同一浪士组的佐佐木只三郎刺杀。残余人员编成了新征组，置 于庄内藩主酒井忠笃的属下，担当府内的警备工作。
庶政委任、攘夷委任
在朝廷和幕府的关系问题上，幕府政权自身存在着大政委任即由朝廷把 政权委任给幕府的思想，所以文久二～三年，松平庆永提出了是将政权交还 朝廷，还是更新委任的问题。幕府在一桥庆喜的努力下，再一次确认幕府政 权是委任政权。将军家茂进京的第二天（文久三・三・五），代理将军庆喜 接到了天皇的敕谕，其中继续委以征夷将军称号，希望他能尽忠节之心，履 行“攘夷之仪”。七日，将军家茂接到了朝廷的敕书，庶政予以委任，但国 事将根据情况由朝廷直接向诸藩下达命令。敕谕和敕书的内容可说是委任形 式的更新，再一次确认了幕府在全国的统治权。攘夷的委任虽说是一定权限
的委任，但庶政的委任却还是全面的委任。
小笠原率兵上京事件
在关东方面，小笠原长行（老中级别）前往横滨，于文久三年五月九日
（１８６３．６．２４）以独断的形式向英国支付了 ４４ 万美元作为生麦事件赔偿金和 东禅寺事件的抚恤金，同日又以小笠原的名义通告各国公使，锁闭三港（横 滨、长崎、箱馆）并撤离三港中滞留的外国人。翌日，各国使臣纷纷指责幕 府的这个形同拒绝国交的通告，并警告幕府，如果强求撤离外国居留民，各 国将采取自卫的行动。
五月二十日，小笠原长行集结了 ５ 艘舰船，其中还包括向英国借的两艘 在内，船上载乘了步、骑、炮三兵种约 １５００ 人，由品川西航，在大阪登陆（五・三 十）向京都进发。朝廷大为惊恐，急命正在京都的将军家茂阻止小笠原的进 京。小笠原率兵进京主要是针对尊攘派的行动，由于当时担任对外交涉的幕 阁和在京都的幕府首脑之间的对立才造成了这种事态。事后小笠原被免除了 老中的职务（六・九），井上清直、水野忠德等也受到了缓办的处分。
攘夷亲征的诏书
尊攘派方面，在长州的真木和泉于文久三年六月进京出任学习院的官 职，他向东山翠红馆的桂小五郎（木户孝允）提出了五事之策，积极策划天 皇的攘夷亲征，其结果，五事之策成了尊攘派的“迫切上言”，八月十三日 朝廷发出了太和行幸・攘夷亲征的诏书，命令各藩充当队列随从。而在另一 方面，萨摩、会津两藩则在策划排除尊攘派的行动。
文久政变（八月十八日的政变）
文久三年八月十八日凌晨，中川宫紧急进宫，根据诏命京都守护职、所 司代等也匆匆进宫，与此同时会津、萨摩藩兵已经控制了宫中。并且根据敕 令关闭了九门，使未接诏命者停止进宫参拜，命令因州以外的在京诸侯率兵 进宫。接着中川宫在宫中传达了孝明天皇的本意：先前行幸亲征的诏书是因 尊攘派公卿根据长州藩士的内部请愿而向天皇“迫切上言”不得已做出的，
现在看来时机不成熟，故决定大和行幸延期。至此，朝议为之一变，国事参 政和国事寄人被废止，尊攘派公卿被阻止参与朝议，警卫堺町御门的长州藩 被萨摩藩取而代之。
文久政变是公武合体派在京都把尊攘派从朝廷中驱逐出去的一次成功的 宫廷政变。
七卿落
被禁止进宫的尊攘激进派公卿与长州藩士一起撤退到妙法院，十九日，
被剥夺官位、更改姓名（三条实美变为梨木成斋）。七名公卿为东山再起由 妙法院出发前往长州。这七名公卿是：三条实美（２７）、三条西季知（５２）、
东久世通禧（３１）、壬生基修（２９）、四条隆謌（３６）、锦小路赖德（２７）、
泽宣嘉（２９）（括号内为虚年龄），世称七卿落。毛利元纯（清末藩主）、
吉川经干（岩国藩主）以下，真木和泉、水野正名（久留米）、宫部鼎藏（肥 后）等有志者随从前往，身着蓑笠、足穿草履西下的七卿，九月到达三田尻 的毛利别邸招贤阁。其后，由于泽宣嘉被平野国臣迎往但马，变成了六卿，
第二年（元治元年）四月，锦小路赖德在马关炮台巡视之际病死于下关，成
为五卿。以后三条、三条西、东久世、壬生、四条等五卿移居九州的大宰府。
天诛组的举兵（大和之乱）
受文久政变的影响，近畿的大和与但马地区发生了尊攘派的举兵行动。
在得到大和亲征行幸的消息后，文久三年八月十七日，天诛组首先袭击了五 条代官所，把代官铃木源内等五名幕吏作为牺牲品进行了血祭，由此开始了 大和之乱。
天诛组（天忠组）是在大和十津川的天领（幕府的直辖领地——译者注），
以青年公卿中山忠光（１９）为主将结成的尊攘派集团。忠光曾参加过长州藩 炮击外舰的行动，归京后与真木、桂、久坂等尊攘派志士交往，诏书发出的 第二天（十四日），从京都出发，为大和行幸亲征打前站。天诛组的总裁是 吉村寅太郎（２７）——土佐的大庄屋、藤本铁石（４８）——元备前藩士、松 本奎堂（３３）——三河刈谷藩士等 ３ 人，其成员是以土佐等藩的藩士 ２４ 人、
乡士 １８ 人、庄屋 ５ 人共 ７０ 余人为中心，河内的庄屋水郡善之祐在武器粮食 的调配方面也给予协助，另外十津川乡士约 １２００ 人也参加了进来。天诛组在 五条的樱井寺内设置了大本营，并发布了在幕府领内年贡减半的命令。对此，
幕府命令 １１ 个藩前往镇压（八・二十一）。天诛组的军队进攻高取城（植村 氏）遭失败（八・二十六）后主力溃散而逃，十津川乡士也离散，至九月下 旬在吉野郡的某村，三位总裁相继被杀，中山忠光逃奔长州，元治元年也被 刺客所杀。参加大和之乱的国学者伴林光平在京都的狱中写下了《南山踏云 录》。
被评价为早产的大和之乱，从具有共同的倒幕志向的农民阶层开始参加 尊攘运动这一点来看，却具有重要的意义，大和之乱与生野之乱是相通的。
生野的举兵（但马之乱）
原筑前藩士后出仕学习院的平野国臣（次郎・二郎），受三条实美之命 为劝阻大和举兵，八月十七日由京都出发匆匆赶往五条，而此时天诛组已起 兵，在京都也发生了政变。平野进入但马，计划举兵呼应大和，同时前往三 田尻请求三条出马，后从众议，拥戴代替三条的泽宣嘉，奇兵队士兵（总管 河上弥市（２０）等）和浪士二十几人随从，到达纲干（播州）（十・八）后 听到大和败阵的消息。但因处骑虎之势，只得前往但马进入生野银山（十・十 二）占据了代官所，一时气势逼人。当地的农民约 ２０００ 人也应召参加了行动，
但在受到相邻诸藩的攻击时，农民和村里的官吏产生了对立，开始袭击队里 的士兵和浪士，仅 ３ 天举兵便被镇压下去，平野国臣被捕，美玉三平（萨藩）
死亡，泽宣嘉逃往四国。起义军得到当地地主的协助，把减免年贡作为号召 农民参加举兵的条件，于是组成了农兵队（但马农兵），由于组织力量单薄 而招致离叛分裂。庄屋的北垣晋太郎（字国道、京都府知事）于事败后潜往 鸟取。
大和、但马之乱含有讨幕的意向，袭击了幕府的直辖地（天领），虽说 只是局部地区的叛乱，但争取到了乡士、农民层的参加。可以看出作为先驱 者的尊攘派的兵变，给以后的倒幕运动带来了巨大的影响。